LXL04_022408 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_022408

当前版本: OH-1004 染色体: Chr04 坐标: 149637529-149640586 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2118 bp · LXL04_022408|LXL04_022408|OH1004|cDNA

ATGGAGCAGCATTTACAAAATCCTGTTTCAGGTCACCCAAAATCTCAAATAACCTCAACAATATTTCAAGAAGTGGAAAGCGAATGGGGGATTCGACACATAATGGATCCATATGAAGCATCAAAGGACATCAGCTTGTTTTCAAGCTCATTGCCTGTCATTCCACATAAAAAATGTGGTAGTGAAGATACACTTGGTGATATCATTAACAGTTTAACCGAAAGCATGCTTCCTGGTGATGAAGATGACCTATTAGCCGG...

CDS

下载 CDS FASTA

2118 bp · LXL04_022408|LXL04_022408|OH1004|CDS

ATGGAGCAGCATTTACAAAATCCTGTTTCAGGTCACCCAAAATCTCAAATAACCTCAACAATATTTCAAGAAGTGGAAAGCGAATGGGGGATTCGACACATAATGGATCCATATGAAGCATCAAAGGACATCAGCTTGTTTTCAAGCTCATTGCCTGTCATTCCACATAAAAAATGTGGTAGTGAAGATACACTTGGTGATATCATTAACAGTTTAACCGAAAGCATGCTTCCTGGTGATGAAGATGACCTATTAGCCGG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

705 aa · LXL04_022408|LXL04_022408|OH1004|PROTEIN

MEQHLQNPVSGHPKSQITSTIFQEVESEWGIRHIMDPYEASKDISLFSSSLPVIPHKKCGSEDTLGDIINSLTESMLPGDEDDLLAGINDDFDLADLPTQLEDLEDDLFESGGGMEMDDGIRFGHSNLSMSDGVPFIGGNRHELPHTGNNVVVGEHPYGEHPSRTLFVRNINSNVEDSELKSLFEEYGEIRNLYTACKHRGFVMISYYDIRHARIAMRELQNKPLRRRKLDIHFSIPKDNPSEKDINQGTLVVFNLDSSI...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_022408`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_022408

位置 Chr04:149637529-149640586 (+)

描述 Similar to ML2: Protein MEI2-like 2

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g29400`	可能的RNA结合蛋白，在减数分裂和营养生长中发挥作用。	暂无已核实直接文献
`At4g18120`	可能的RNA结合蛋白，在减数分裂和营养生长中发挥作用。	暂无已核实直接文献
`At2g42890`	可能的RNA结合蛋白，在减数分裂和营养生长中发挥作用。	The Arabidopsis Mei2 homologue AML1 binds AtRaptor1B, the plant homologue of a major regulator of eukaryotic cell growth.2005 · DOI: 10.1186/1471-2229-5-2 The Arabidopsis-mei2-like genes play a role in meiosis and vegetative growth in Arabidopsis.2006 · DOI: 10.1105/tpc.105.039156

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os02g0719800`	可能的RNA结合蛋白，可能在生长调节中发挥作用。	暂无已核实直接文献
`Os02g0319100`	可能的RNA结合蛋白，可能在生长调节中发挥作用。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_022408 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0045836 positive regulation of meiotic nuclear division 生物过程

GO:0045927 positive regulation of growth 生物过程

GO:0051321 meiotic cell cycle 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0003723 RNA binding 分子功能

GO:0003729 mRNA binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G29400

ath:AT2G42890

dosa:Os02g0319100

dosa:Os02g0719800

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.579

排名 1 · LXL04_022408 · OH-1004

细胞质0.424

排名 2 · LXL04_022408 · OH-1004

细胞膜0.086

排名 3 · LXL04_022408 · OH-1004

内质网0.037

排名 4 · LXL04_022408 · OH-1004

溶酶体／液泡0.031

排名 5 · LXL04_022408 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00076.29RRM_1166-230 aa

PF13893.13RRM_5248-323 aa

PF16842.12RRM_occluded250-316 aa

PF00076.29RRM_1251-316 aa

PF04059.19RRM_2544-640 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_022408	`PF00076.29`	RRM_1	166	230	2.9e-29	101.5
LXL04_022408	`PF13893.13`	RRM_5	248	323	1.6e-11	44.7
LXL04_022408	`PF16842.12`	RRM_occluded	250	316	5.9e-10	39.6
LXL04_022408	`PF00076.29`	RRM_1	251	316	2.9e-29	101.5
LXL04_022408	`PF04059.19`	RRM_2	544	640	7.4e-54	180.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8VWF5`	拟南芥	Protein MEI2-like 5	51.809%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9SVV9`	拟南芥	Protein MEI2-like 3	51.271%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9SJG8`	拟南芥	Protein MEI2-like 2	44.254%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q6ZI17`	水稻	Protein MEI2-like 2	50.558%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q6EQX3`	水稻	Protein MEI2-like 5	46.536%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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