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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

LXL04_022309
当前版本: OH-1004 染色体: Chr04 坐标: 147940749-147942564 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

894 bp · LXL04_022309|LXL04_022309|OH1004|cDNA

ATGGCGGTCCAAGCACAGTGCTACTCTGATCTTTATCAGAATAATAGCATGGGGTTCGCTAATTTACCTCAGGATTGGGTTCTCATGACTGGTTCCTCTGTTTTCGGAATTGGGGATGAAAACAGAGCTTTATGTTCTTACGAACAACAACAAGATCAAAGGCTTCTTGAGTCTATGAATTCCGCTTCTGATTACCATAATCTCGTCATGTCTTCTTCAAATTCGAGAAGAAATGGGATGATTGGGTTTCAAAATTTGTC...

CDS

下载 CDS FASTA

894 bp · LXL04_022309|LXL04_022309|OH1004|CDS

ATGGCGGTCCAAGCACAGTGCTACTCTGATCTTTATCAGAATAATAGCATGGGGTTCGCTAATTTACCTCAGGATTGGGTTCTCATGACTGGTTCCTCTGTTTTCGGAATTGGGGATGAAAACAGAGCTTTATGTTCTTACGAACAACAACAAGATCAAAGGCTTCTTGAGTCTATGAATTCCGCTTCTGATTACCATAATCTCGTCATGTCTTCTTCAAATTCGAGAAGAAATGGGATGATTGGGTTTCAAAATTTGTC...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

297 aa · LXL04_022309|LXL04_022309|OH1004|PROTEIN

MAVQAQCYSDLYQNNSMGFANLPQDWVLMTGSSVFGIGDENRALCSYEQQQDQRLLESMNSASDYHNLVMSSSNSRRNGMIGFQNLSSELERQRLEMDCFLHFQNEKLKAVLNEESRRRDLIMMQGYESKMKAIMEAKDDVLNTAANRTRELQNCLLMAEKDAKDWERKAIETEAMVTDLNRKLYEARERNNEDAESVCNGGNNDDEREREREKKKKMACKVCHVRSSCVLLLPCRHLCSCRGCEGLLMFCPVCETVKNG...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDLXL04_022309
TK1151 IDTkA05G457970
OH-1004 IDLXL04_022309
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)100.000
蛋白覆盖度 (%)TK1151 98.502 / OH-1004 88.552
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDLXL04_022309
位置Chr04:147940749-147942564 (+)
描述Similar to BRG3: Probable BOI-related E3 ubiquitin-protein ligase 3
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At3g12920 可能的 E3 泛素蛋白连接酶。
DELLA proteins and their interacting RING Finger proteins repress gibberellin responses by binding to the promoters of a subset of gibberellin-responsive genes in Arabidopsis.2013 · DOI: 10.1105/tpc.112.108951
At5g45100 E3 泛素蛋白连接酶参与非生物应激反应的调节。
DELLA proteins and their interacting RING Finger proteins repress gibberellin responses by binding to the promoters of a subset of gibberellin-responsive genes in Arabidopsis.2013 · DOI: 10.1105/tpc.112.108951
At4g19700 E3 泛素蛋白连接酶，参与通过促进 MYB108/BOI 的降解来调控病原体和非生物胁迫响应。 暂无已核实直接文献
At1g79110 可能的 E3 泛素蛋白连接酶。
DELLA proteins and their interacting RING Finger proteins repress gibberellin responses by binding to the promoters of a subset of gibberellin-responsive genes in Arabidopsis.2013 · DOI: 10.1105/tpc.112.108951

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_022309 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006511 ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程
GO:0006952 defense response 生物过程
GO:0007032 endosome organization 生物过程
GO:0009739 response to gibberellin 生物过程
GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程
GO:0032479 regulation of type I interferon production 生物过程
GO:0042742 defense response to bacterium 生物过程
GO:0043067 regulation of programmed cell death 生物过程
GO:0043069 negative regulation of programmed cell death 生物过程
GO:0043161 proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程
GO:0050687 negative regulation of defense response to virus 生物过程
GO:0050832 defense response to fungus 生物过程
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G79110
ath:AT3G12920
ath:AT4G19700
ath:AT5G45100
hsa:79102
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.923
排名 1 · LXL04_022309 · OH-1004
细胞质0.129
排名 2 · LXL04_022309 · OH-1004
细胞膜0.036
排名 3 · LXL04_022309 · OH-1004
内质网0.019
排名 4 · LXL04_022309 · OH-1004
质体0.014
排名 5 · LXL04_022309 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13920.13zf-C3HC4_3217-257 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
LXL04_022309PF13920.13zf-C3HC4_32172575e-0833.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9LDD1拟南芥Probable BOI-related E3 ubiquitin-protein ligase 328.365%Swiss-Prot低置信数据库同源证据
Q9FHE4拟南芥BOI-related E3 ubiquitin-protein ligase 126.042%Swiss-Prot低置信数据库同源证据
O81851拟南芥E3 ubiquitin-protein ligase BOI27.861%Swiss-Prot低置信数据库同源证据
F4IDI6拟南芥Probable BOI-related E3 ubiquitin-protein ligase 225.238%Swiss-Prot低置信数据库同源证据

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