LXL04_022284 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_022284

当前版本: OH-1004 染色体: Chr04 坐标: 147521080-147524978 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2772 bp · LXL04_022284|LXL04_022284|OH1004|cDNA

ATGCCTTTATTCACTCTTTTTCCGGATCCTCCACGTGTTTTACGGTTACGTTTTTGGTTGCCAACCACAACCACCTCACACATCCTTGTATTCTTGGCCCCCACCGCTGCAGCCATCTATATTTGCACTCACAATCCGCCGTCATTCGCCGGAGATTCAAACGGCACTTCCACCACCACCGTATCTCCGGCGATCAGTCGGTTACGCAACCAACATTGTGGTGCACCGATGATTTCTAGCTGTGATTCGGATTCAGATTC...

CDS

下载 CDS FASTA

2772 bp · LXL04_022284|LXL04_022284|OH1004|CDS

ATGCCTTTATTCACTCTTTTTCCGGATCCTCCACGTGTTTTACGGTTACGTTTTTGGTTGCCAACCACAACCACCTCACACATCCTTGTATTCTTGGCCCCCACCGCTGCAGCCATCTATATTTGCACTCACAATCCGCCGTCATTCGCCGGAGATTCAAACGGCACTTCCACCACCACCGTATCTCCGGCGATCAGTCGGTTACGCAACCAACATTGTGGTGCACCGATGATTTCTAGCTGTGATTCGGATTCAGATTC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

923 aa · LXL04_022284|LXL04_022284|OH1004|PROTEIN

MPLFTLFPDPPRVLRLRFWLPTTTTSHILVFLAPTAAAIYICTHNPPSFAGDSNGTSTTTVSPAISRLRNQHCGAPMISSCDSDSDSVVYLHGDLDLTIAEARCLPNMDLLSDRMHRCFTIFNFCKSPLWRKRRKLQHRRKIITSDPYVTVSIGGATIARTRVISNSQNPVWNEHSVTPLAHPVSQLEFLVKDNDLFGADLIGIVVIPAERVMSGDLIDDWFPIIGPSGKPPKPNTAIRLKIKFTSCDDRNDGKPIATDE...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_022284`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_022284

位置 Chr04:147521080-147524978 (-)

描述 Similar to PLDDELTA: Phospholipase D delta

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g35790`	在末端磷酸二酯键处水解甘油磷脂，生成磷脂酸。	Involvement of a novel Arabidopsis phospholipase D, AtPLDdelta, in dehydration-inducible accumulation of phosphatidic acid in stress signalling.2001 · DOI: 10.1046/j.1365-313x.2001.01060.x Kinetic analysis of Arabidopsis phospholipase Ddelta. Substrate preference and mechanism of activation by Ca2+ and phosphatidylinositol 4,5-biphosphate.2002 · DOI: 10.1074/jbc.m209598200
`At2g42010`	在末端磷酸二酯键处水解甘油磷脂，生成磷脂酸 (PA)。	暂无已核实直接文献
`At4g00240`	在末端磷酸二酯键处水解甘油磷脂，生成磷脂酸 (PA)。	暂无已核实直接文献
`At4g11850`	在末端磷酸二酯键处水解甘油磷脂，生成磷脂酸。	Expression and characterization of Arabidopsis phospholipase Dgamma2.2006 · DOI: 10.1016/j.bbalip.2006.09.017
`At4g11840`	在末端磷酸二酯键处水解甘油磷脂，生成磷脂酸 (PA)。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_022284 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006643 membrane lipid metabolic process 生物过程

GO:0006979 response to oxidative stress 生物过程

GO:0009395 phospholipid catabolic process 生物过程

GO:0009409 response to cold 生物过程

GO:0009789 positive regulation of abscisic acid-activated signaling pathway 生物过程

GO:0009793 embryo development ending in seed dormancy 生物过程

GO:0010044 response to aluminum ion 生物过程

GO:0012501 programmed cell death 生物过程

GO:0042742 defense response to bacterium 生物过程

GO:0045087 innate immune response 生物过程

GO:0046470 phosphatidylcholine metabolic process 生物过程

GO:0046473 phosphatidic acid metabolic process 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G42010

ath:AT4G00240

ath:AT4G11840

ath:AT4G11850

ath:AT4G35790

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.288

排名 1 · LXL04_022284 · OH-1004

细胞膜0.284

排名 2 · LXL04_022284 · OH-1004

内质网0.180

排名 3 · LXL04_022284 · OH-1004

细胞核0.173

排名 4 · LXL04_022284 · OH-1004

高尔基体0.151

排名 5 · LXL04_022284 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00168.37C2134-223 aa

PF00614.30PLDc314-912 aa

PF13091.13PLDc_2769-808 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_022284	`PF00168.37`	C2	134	223	7.5e-17	62.2
LXL04_022284	`PF00614.30`	PLDc	314	912	2.4e-218	726.7
LXL04_022284	`PF13091.13`	PLDc_2	769	808	5.7e-09	36.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9C5Y0`	拟南芥	Phospholipase D delta	63.188%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`P93733`	拟南芥	Phospholipase D beta 1	54.688%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`O23078`	拟南芥	Phospholipase D beta 2	53.015%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9T053`	拟南芥	Phospholipase D gamma 1	51.688%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9T052`	拟南芥	Phospholipase D gamma 3	51.957%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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