LXL04_022259 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_022259

当前版本: OH-1004 染色体: Chr04 坐标: 147017104-147021153 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1265 bp · LXL04_022259|LXL04_022259|OH1004|cDNA

ATGTTTCAGTATTATCTTCTTAGCAGGAAGGATATCCCTCCAAGCCATGAAATTAGAGCTGTTCAGATAAATCTTGATTTGGATTCAGAAGATGAAACTCTTTGAGAAGATTCTGAAATTGCTTTGAAACAAGAATTAGCTTGGCCTTCTCATCTGTCTTTACAGGCATGTCTTCTTCCTACACCCAAGGGGCGATCTTGTGTTGTGGCTTCGGATTCCTCTGGAAAAGTctgatggtgatgatgatgtTGTCAATGGGG...

CDS

下载 CDS FASTA

1125 bp · LXL04_022259|LXL04_022259|OH1004|CDS

TTGGCCTTCTCATCTGTCTTTACAGGCATGTCTTCTTCCTACACCCAAGGGGCGATCTTGTGTTGTGGCTTCGGATTCCTCTGGAAAAGTCTGATGGTGATGATGATGTTGTCAATGGGGTTACTGATCGAATGGTCTTCACTACCTTATCCAAATTCACTTGGGCGTTGGATTGGAGAGCCTATAAAATCTGCCATTCTTCATACTGATTCTTTTTTAACAAATGCACGCGGGTACCTTTGTCTATCCAAACGTCATCA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

374 aa · LXL04_022259|LXL04_022259|OH1004|PROTEIN

MAFSSVFTGMSSSYTQGAILCCGFGFLWKSLMVMMMLSMGLLIEWSSLPYPNSLGRWIGEPIKSAILHTDSFLTNARGYLCLSKRHQNLLSSFFYYSVQIVLSGKAVHKVAASGATQPNAQQAQRHELRSYLEPLPEQERFEPLMDNLEAQTYETFEKDGVKYIQYQRVVSKALLDRISDENASTTTVVLMVVGAGRGPLVRASLQVHNYTVWPNSPSQSRLLRKLNKQEERMCKVRDLSTIIMSDEIVDHNAAKTETVM...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_022259`
TK1151 ID	TkA05G454030
OH-1004 ID	LXL04_022259
关系 / 置信度	序列支持，注释或模型存在差异 / 待复核
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 35.027 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_022259

位置 Chr04:147017104-147021153 (+)

描述 Similar to PRMT5: Protein arginine N-methyltransferase 5

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g31120`	体外甲基化髓磷脂碱性蛋白的精氨酸残基。	SKB1-mediated symmetric dimethylation of histone H4R3 controls flowering time in Arabidopsis.2007 · DOI: 10.1038/sj.emboj.7601647

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os02g0139200`	甲基化蛋白中的精氨酸残基，如组蛋白H4。	暂无已核实直接文献
`UniProt: A2X0Q3`	甲基化蛋白中的精氨酸残基，如组蛋白H4。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_022259 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000387 spliceosomal snRNP assembly 生物过程

GO:0006325 chromatin organization 生物过程

GO:0006338 chromatin remodeling 生物过程

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006353 DNA-templated transcription termination 生物过程

GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0007088 regulation of mitotic nuclear division 生物过程

GO:0009909 regulation of flower development 生物过程

GO:0010220 positive regulation of vernalization response 生物过程

GO:0018216 peptidyl-arginine methylation 生物过程

GO:0032259 methylation 生物过程

GO:0032922 circadian regulation of gene expression 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT4G31120

dosa:Os02g0139200

hsa:10419

xla:407754

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.415

排名 1 · LXL04_022259 · OH-1004

细胞核0.294

排名 2 · LXL04_022259 · OH-1004

细胞膜0.259

排名 3 · LXL04_022259 · OH-1004

内质网0.138

排名 4 · LXL04_022259 · OH-1004

线粒体0.096

排名 5 · LXL04_022259 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF17285.9PRMT5_TIM37-132 aa

PF05185.23PRMT5138-210 aa

PF00257.25Dehydrin287-356 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_022259	`PF17285.9`	PRMT5_TIM	37	132	2.5e-18	67.0
LXL04_022259	`PF05185.23`	PRMT5	138	210	2.7e-23	83.4
LXL04_022259	`PF00257.25`	Dehydrin	287	356	3e-12	48.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8GWT4`	拟南芥	Protein arginine N-methyltransferase 1.5	52.913%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q6YXZ7`	水稻	Protein arginine N-methyltransferase 5	54.808%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`A2X0Q3`	水稻	Protein arginine N-methyltransferase 5	54.808%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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