LXL04_022214 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_022214

当前版本: OH-1004 染色体: Chr04 坐标: 146276325-146289871 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

4092 bp · LXL04_022214|LXL04_022214|OH1004|cDNA

ATGTCCAACtttagagcatctccaataggagAGGGTGTCACTGTCTGCTCTATTGCGCTCATGATGAAGACGATTTTCATTTCCGTTTCTAATCTCACAGCTAAATTCAGCAAGTGTCTTCCTTTCCGCTGTACATTTTACTCTAATCTTCTTGATTCTCCCAGAAATCTTGGAGGATGTTCAAGTAAGTGTAGTGTCCGTTCTCGTGACCTCGCTCTAAGTGACGCATTGTtagtgtttgataaaatgcttCAAAGAAA...

CDS

下载 CDS FASTA

4092 bp · LXL04_022214|LXL04_022214|OH1004|CDS

ATGTCCAACTTTAGAGCATCTCCAATAGGAGAGGGTGTCACTGTCTGCTCTATTGCGCTCATGATGAAGACGATTTTCATTTCCGTTTCTAATCTCACAGCTAAATTCAGCAAGTGTCTTCCTTTCCGCTGTACATTTTACTCTAATCTTCTTGATTCTCCCAGAAATCTTGGAGGATGTTCAAGTAAGTGTAGTGTCCGTTCTCGTGACCTCGCTCTAAGTGACGCATTGTTAGTGTTTGATAAAATGCTTCAAAGAAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1363 aa · LXL04_022214|LXL04_022214|OH1004|PROTEIN

MSNFRASPIGEGVTVCSIALMMKTIFISVSNLTAKFSKCLPFRCTFYSNLLDSPRNLGGCSSKCSVRSRDLALSDALLVFDKMLQRKPLPSIENFTKCLSSLVKTKHYSTAISMIRRLGLLGLNPLVKPDIYVFHIAINCLCHSDQVRFGFSVLGTVMKLGYEPNCHVFSTLIWGLCNDGKLYQAVSFFDQIVKDGFEPNVVTYNTLINGLCKLGKTSSAMILLKKMERSRVCQPDIVAYNTIIDGLCKNEQVTDALNLF...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_022214`
TK1151 ID	TkA05G451630
OH-1004 ID	LXL04_022214
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 待复核
蛋白一致性 (%)	89.200
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 49.307 / OH-1004 18.269 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_022214

位置 Chr04:146276325-146289871 (-)

描述 Similar to At1g12700: Putative pentatricopeptide repeat-containing protein At1g12700, mitochondrial

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g12700`	推测的含五三螺旋重复蛋白 At1g12700，线粒体。	暂无已核实直接文献
`At1g62930`	含有五百四十肽重复的蛋白 At1g62930，叶绿体。	暂无已核实直接文献
`At1g62910`	含五百四十肽重复的蛋白 At1g62910。	暂无已核实直接文献
`At1g63080`	含五十二肽重复的线粒体蛋白At1g63080。	暂无已核实直接文献
`At1g12300`	含五螺旋肽重复的蛋白 At1g12300，线粒体。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_022214 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006396 RNA processing 生物过程

GO:0006397 mRNA processing 生物过程

GO:0080156 mitochondrial mRNA modification 生物过程

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G12700

ath:AT1G62930

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.654

排名 1 · LXL04_022214 · OH-1004

细胞质0.127

排名 2 · LXL04_022214 · OH-1004

质体0.123

排名 3 · LXL04_022214 · OH-1004

细胞核0.072

排名 4 · LXL04_022214 · OH-1004

过氧化物酶体0.035

排名 5 · LXL04_022214 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13812.13PPR_3156-209 aa

PF12854.14PPR_1161-191 aa

PF13041.13PPR_2164-213 aa

PF13812.13PPR_3189-245 aa

PF12854.14PPR_1195-228 aa

PF13041.13PPR_2199-231 aa

PF01535.27PPR202-231 aa

PF13812.13PPR_3223-280 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_022214	`PF13812.13`	PPR_3	156	209	1e-106	349.7
LXL04_022214	`PF12854.14`	PPR_1	161	191	1.4e-252	815.7
LXL04_022214	`PF13041.13`	PPR_2	164	213	1.5e-283	915.8
LXL04_022214	`PF13812.13`	PPR_3	189	245	1e-106	349.7
LXL04_022214	`PF12854.14`	PPR_1	195	228	1.4e-252	815.7
LXL04_022214	`PF13041.13`	PPR_2	199	231	1.5e-283	915.8
LXL04_022214	`PF01535.27`	PPR	202	231	7.8e-185	587.5
LXL04_022214	`PF13812.13`	PPR_3	223	280	1e-106	349.7
LXL04_022214	`PF12854.14`	PPR_1	233	264	1.4e-252	815.7
LXL04_022214	`PF13041.13`	PPR_2	235	284	1.5e-283	915.8
LXL04_022214	`PF01535.27`	PPR	238	268	7.8e-185	587.5
LXL04_022214	`PF23276.3`	TPR_24	239	332	3.6e-56	189.5
LXL04_022214	`PF12854.14`	PPR_1	266	298	1.4e-252	815.7
LXL04_022214	`PF13041.13`	PPR_2	270	319	1.5e-283	915.8
LXL04_022214	`PF13812.13`	PPR_3	293	349	1e-106	349.7
LXL04_022214	`PF12854.14`	PPR_1	304	333	1.4e-252	815.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`P0C7Q7`	拟南芥	Putative pentatricopeptide repeat-containing protein At1g12700, mitochondrial	41.199%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9LQ14`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g62930, chloroplastic	39.606%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9LQ16`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g62910	39.497%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9CAN5`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g63080, mitochondrial	39.318%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q0WKV3`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g12300, mitochondrial	36.943%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情