LXL04_022008 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_022008

当前版本: OH-1004 染色体: Chr04 坐标: 142382512-142384680 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1233 bp · LXL04_022008|LXL04_022008|OH1004|cDNA

ATGAGGCAAGAAGCTGAAGAAACATTTAATTCCATGGTGAGATCGGGTATTAAACCCGATCTACTTGCTTATTCGGTAATGTTAGATGTTTTATTAAGATTTGATGTAGGTAAAGCTATGATGTTGTATAACAACATGGTTCGTGATGGGTTCACACTTGATTTGTCGCTTTATGAGCTTTTAATGAAATCTCTTCACCATGAAAACAGAGAAAATCAGGTTGAAAAGGTAATTGAAGATATGCGGAAGTTATGTAATTT...

CDS

下载 CDS FASTA

1233 bp · LXL04_022008|LXL04_022008|OH1004|CDS

ATGAGGCAAGAAGCTGAAGAAACATTTAATTCCATGGTGAGATCGGGTATTAAACCCGATCTACTTGCTTATTCGGTAATGTTAGATGTTTTATTAAGATTTGATGTAGGTAAAGCTATGATGTTGTATAACAACATGGTTCGTGATGGGTTCACACTTGATTTGTCGCTTTATGAGCTTTTAATGAAATCTCTTCACCATGAAAACAGAGAAAATCAGGTTGAAAAGGTAATTGAAGATATGCGGAAGTTATGTAATTT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

410 aa · LXL04_022008|LXL04_022008|OH1004|PROTEIN

MRQEAEETFNSMVRSGIKPDLLAYSVMLDVLLRFDVGKAMMLYNNMVRDGFTLDLSLYELLMKSLHHENRENQVEKVIEDMRKLCNLNPQVISSTLVKGGSYDYAAKMFKLAILEGYDLDHESLLSILSSYSSSGRHPEALDLLDFLKEHAPESGRIITEALIVILCRSNQLDAAIDEYRKSRNSNTLSGSSSMYESLIEGSLKIDGDGEPVKKMESRFTHEMGINVLCEESDYSYSYSYSQSPPSSPPVVLSPCAACKI...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_022008`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_022008

位置 Chr04:142382512-142384680 (+)

描述 Similar to LBD1: LOB domain-containing protein 1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g18110`	可能在胚胎发生中起作用。	暂无已核实直接文献
`At1g07900`	含LOB结构域蛋白1。	暂无已核实直接文献
`At2g28500`	含LOB结构域蛋白11。	暂无已核实直接文献
`At2g30130`	含 LOB 结构域的蛋白 12。	暂无已核实直接文献
`At1g16530`	含 LOB 结构域的蛋白 3。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_022008 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0009651 response to salt stress 生物过程

GO:0009736 cytokinin-activated signaling pathway 生物过程

GO:0009793 embryo development ending in seed dormancy 生物过程

GO:0009965 leaf morphogenesis 生物过程

GO:0010016 shoot system morphogenesis 生物过程

GO:0031425 chloroplast RNA processing 生物过程

GO:0048364 root development 生物过程

GO:0080117 secondary growth 生物过程

GO:2000377 regulation of reactive oxygen species metabolic process 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G07900

ath:AT1G16530

ath:AT2G28500

ath:AT2G30130

ath:AT3G18110

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.799

排名 1 · LXL04_022008 · OH-1004

细胞质0.170

排名 2 · LXL04_022008 · OH-1004

细胞膜0.043

排名 3 · LXL04_022008 · OH-1004

线粒体0.037

排名 4 · LXL04_022008 · OH-1004

质体0.032

排名 5 · LXL04_022008 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13041.13PPR_23-31 aa

PF03195.20LOB254-351 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_022008	`PF13041.13`	PPR_2	3	31	2.4e-13	50.7
LXL04_022008	`PF03195.20`	LOB	254	351	4.1e-40	137.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q5G1S8`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At3g18110, chloroplastic	56.000%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9LQR0`	拟南芥	LOB domain-containing protein 1	62.874%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9SK08`	拟南芥	LOB domain-containing protein 11	57.609%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q8LBW3`	拟南芥	LOB domain-containing protein 12	66.038%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9SA51`	拟南芥	LOB domain-containing protein 3	59.633%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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