LXL04_022004 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_022004

当前版本: OH-1004 染色体: Chr04 坐标: 142301238-142303436 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2199 bp · LXL04_022004|LXL04_022004|OH1004|cDNA

ATGACTCGTGTAATGGCGGAGAGTGAAATGGATAGCATGGCGTTTTACCAGCGAGGACAGGTGGCGACCTCTCCGTCTCTCGGAGAGCTTCTTAAGTTCGTTGGAGACATAAGGAAGGAGGCGAATGGTGATGAAACTCCGGCACATCGTGTTTTGGAGATGAGTGAAACAAGTAACGAGCCTAGATCGTTGCCGTTTGTTTTGAAGTTTAATAATCTGACTTACAGTGTGAAAGTTCGGAGAAAGATGGGGATGCCTTC...

CDS

下载 CDS FASTA

2199 bp · LXL04_022004|LXL04_022004|OH1004|CDS

ATGACTCGTGTAATGGCGGAGAGTGAAATGGATAGCATGGCGTTTTACCAGCGAGGACAGGTGGCGACCTCTCCGTCTCTCGGAGAGCTTCTTAAGTTCGTTGGAGACATAAGGAAGGAGGCGAATGGTGATGAAACTCCGGCACATCGTGTTTTGGAGATGAGTGAAACAAGTAACGAGCCTAGATCGTTGCCGTTTGTTTTGAAGTTTAATAATCTGACTTACAGTGTGAAAGTTCGGAGAAAGATGGGGATGCCTTC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

732 aa · LXL04_022004|LXL04_022004|OH1004|PROTEIN

MTRVMAESEMDSMAFYQRGQVATSPSLGELLKFVGDIRKEANGDETPAHRVLEMSETSNEPRSLPFVLKFNNLTYSVKVRRKMGMPSLFGGRERLGDSSVGNEHMFSRSKVLLNDISGEARDGELVAVLGASGSGKSTLIDALANRIAKGSLKGSVTLNGEQLESRLLKVISAYVMQDDLLFPMLTVEETLMYAAEFRLPRTLSKSKKKLRVQALIDQLGIRNAAKTVIGDEGHRGVSGGERRRVSIGIDIIHDPIILFL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_022004`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_022004

位置 Chr04:142301238-142303436 (-)

描述 Similar to ABCG1: ABC transporter G family member 1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g39350`	ABC 转运蛋白 G 家族成员 1。	暂无已核实直接文献
`At3g55090`	ABC转运蛋白G家族成员16。	暂无已核实直接文献
`At5g13580`	ABC 转运蛋白 G 家族成员 6。	暂无已核实直接文献
`At2g37360`	ABC转运蛋白G家族成员2。	暂无已核实直接文献
`At3g53510`	ABC 转运蛋白 G 家族成员 20。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_022004 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009624 response to nematode 生物过程

GO:0010208 pollen wall assembly 生物过程

GO:0010345 suberin biosynthetic process 生物过程

GO:0055085 transmembrane transport 生物过程

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0016020 membrane 细胞组分

GO:0005524 ATP binding 分子功能

GO:0016887 ATP hydrolysis activity 分子功能

GO:0042626 ATPase-coupled transmembrane transporter activity 分子功能

GO:0140359 ABC-type transporter activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G37360

ath:AT2G39350

ath:AT3G53510

ath:AT3G55090

ath:AT5G13580

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.594

排名 1 · LXL04_022004 · OH-1004

溶酶体／液泡0.156

排名 2 · LXL04_022004 · OH-1004

内质网0.093

排名 3 · LXL04_022004 · OH-1004

细胞质0.086

排名 4 · LXL04_022004 · OH-1004

高尔基体0.066

排名 5 · LXL04_022004 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00005.34ABC_tran113-265 aa

PF19055.7ABC2_membrane_7294-356 aa

PF01061.30ABC2_membrane428-636 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_022004	`PF00005.34`	ABC_tran	113	265	3.1e-26	93.3
LXL04_022004	`PF19055.7`	ABC2_membrane_7	294	356	2.9e-06	27.1
LXL04_022004	`PF01061.30`	ABC2_membrane	428	636	9.1e-49	166.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`O80946`	拟南芥	ABC transporter G family member 1	72.005%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9M2V7`	拟南芥	ABC transporter G family member 16	71.123%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9FNB5`	拟南芥	ABC transporter G family member 6	71.833%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9ZUT0`	拟南芥	ABC transporter G family member 2	68.942%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9LFG8`	拟南芥	ABC transporter G family member 20	70.759%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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