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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

LXL04_021859
当前版本: OH-1004 染色体: Chr04 坐标: 138762905-138763288 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

384 bp · LXL04_021859|LXL04_021859|OH1004|cDNA

ATGACAACCCTCGATTCCCCCTCCGCTGAATCGAGCATGGACGAAACATCAAACCTTCAACAACCCCCTTCCGCCACCACAAACCGTCGCGTATCCGACGAAGAACAACACAACAACAAAGAATCCGAGGTAGTGTGGAGCAACTTCACCGACAGCTTTCGTGAAGTCCAATCCGTACTGGACCGAAACCGAGCGTTGATTCAACAAGTGAACGAGAATCACCGGTCCAAAATCCACGAGAACATGGTGACAAACGTTGC...

CDS

下载 CDS FASTA

384 bp · LXL04_021859|LXL04_021859|OH1004|CDS

ATGACAACCCTCGATTCCCCCTCCGCTGAATCGAGCATGGACGAAACATCAAACCTTCAACAACCCCCTTCCGCCACCACAAACCGTCGCGTATCCGACGAAGAACAACACAACAACAAAGAATCCGAGGTAGTGTGGAGCAACTTCACCGACAGCTTTCGTGAAGTCCAATCCGTACTGGACCGAAACCGAGCGTTGATTCAACAAGTGAACGAGAATCACCGGTCCAAAATCCACGAGAACATGGTGACAAACGTTGC...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

127 aa · LXL04_021859|LXL04_021859|OH1004|PROTEIN

MTTLDSPSAESSMDETSNLQQPPSATTNRRVSDEEQHNNKESEVVWSNFTDSFREVQSVLDRNRALIQQVNENHRSKIHENMVTNVALIQEINNNVSKIVALYSDLSTNFSSVFHQRATENDAANDS

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDLXL04_021859
版本OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDLXL04_021859
位置Chr04:138762905-138763288 (-)
描述Similar to ELF4: Protein EARLY FLOWERING 4
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At2g40080 昼夜节律中中央 CCA1/LHY-TOC1 反馈回路的组分，促进生物钟准确性，并在缺乏每日光暗周期时维持持续节律所必需。
The ELF4 gene controls circadian rhythms and flowering time in Arabidopsis thaliana.2002 · DOI: 10.1038/nature00954
HUA2 is required for the expression of floral repressors in Arabidopsis thaliana.2005 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2004.02300.x
ELF4 is a phytochrome-regulated component of a negative-feedback loop involving the central oscillator components CCA1 and LHY.2005 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2005.02531.x
ELF4 is required for oscillatory properties of the circadian clock.2007 · DOI: 10.1104/pp.107.096206
Integrating ELF4 into the circadian system through combined structural and functional studies.2009 · DOI: 10.2976/1.3218766
EARLY FLOWERING4 recruitment of EARLY FLOWERING3 in the nucleus sustains the Arabidopsis circadian clock.2012 · DOI: 10.1105/tpc.111.093807
At2g29950 昼夜节律中中央 CCA1/LHY-TOC1 反馈回路的组分，促进生物钟准确性，并在缺乏每日光暗周期时维持持续节律所必需。 暂无已核实直接文献
At2g06255 昼夜节律中中央 CCA1/LHY-TOC1 反馈回路的组分，促进生物钟准确性，并在缺乏每日光暗周期时维持持续节律所必需。 暂无已核实直接文献
At1g17455 昼夜节律中中央 CCA1/LHY-TOC1 反馈回路的组分，促进生物钟准确性，并在缺乏每日光暗周期时维持持续节律所必需。 暂无已核实直接文献
At1g72630 昼夜节律中中央 CCA1/LHY-TOC1 反馈回路的组分，促进生物钟准确性，并在缺乏每日光暗周期时维持持续节律所必需。 暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_021859 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0000122 negative regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程
GO:0009585 red, far-red light phototransduction 生物过程
GO:0009648 photoperiodism 生物过程
GO:0009649 entrainment of circadian clock 生物过程
GO:0009908 flower development 生物过程
GO:0009909 regulation of flower development 生物过程
GO:0010017 red or far-red light signaling pathway 生物过程
GO:0010114 response to red light 生物过程
GO:0042752 regulation of circadian rhythm 生物过程
GO:0042753 positive regulation of circadian rhythm 生物过程
GO:0048511 rhythmic process 生物过程
GO:0048573 photoperiodism, flowering 生物过程
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G17455
ath:AT1G72630
ath:AT2G06255
ath:AT2G29950
ath:AT2G40080
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.575
排名 1 · LXL04_021859 · OH-1004
细胞核0.461
排名 2 · LXL04_021859 · OH-1004
溶酶体／液泡0.046
排名 3 · LXL04_021859 · OH-1004
线粒体0.046
排名 4 · LXL04_021859 · OH-1004
细胞膜0.044
排名 5 · LXL04_021859 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF07011.17Elf443-121 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
LXL04_021859PF07011.17Elf4431215.3e-35119.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
O04211拟南芥Protein EARLY FLOWERING 456.044%Swiss-Prot强数据库同源证据
O80877拟南芥Protein ELF4-LIKE 152.055%Swiss-Prot中等数据库同源证据
Q8S8F5拟南芥Protein ELF4-LIKE 352.239%Swiss-Prot中等数据库同源证据
Q570U6拟南芥Protein ELF4-LIKE 446.269%Swiss-Prot中等数据库同源证据
Q94BS8拟南芥Protein ELF4-LIKE 246.269%Swiss-Prot中等数据库同源证据

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