LXL04_021786 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_021786

当前版本: OH-1004 染色体: Chr04 坐标: 136963992-136967745 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1548 bp · LXL04_021786|LXL04_021786|OH1004|cDNA

atggCGGTTGTGGGTTCGGTTCACGGTGGTTCCCTCCACTCCAAATTCCAAACCCTACCGCCGGTGGCCAGAATCTTCAACAGCCAAAAAAGATCAACCCACCATCGCCGGCCACCAAGTCCCCCAATTTTTATATCCACGAATCTCTCAGACGTAAACCCAATTCACTTGCGAGACCTTTATAGCTCCTGCAACCAGTCCTGCCACCGTTTCCCTAACATCTCCTCCGATGGACGAGTGGAGCCGGTCGACGTCGAGAA...

CDS

下载 CDS FASTA

1548 bp · LXL04_021786|LXL04_021786|OH1004|CDS

ATGGCGGTTGTGGGTTCGGTTCACGGTGGTTCCCTCCACTCCAAATTCCAAACCCTACCGCCGGTGGCCAGAATCTTCAACAGCCAAAAAAGATCAACCCACCATCGCCGGCCACCAAGTCCCCCAATTTTTATATCCACGAATCTCTCAGACGTAAACCCAATTCACTTGCGAGACCTTTATAGCTCCTGCAACCAGTCCTGCCACCGTTTCCCTAACATCTCCTCCGATGGACGAGTGGAGCCGGTCGACGTCGAGAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

515 aa · LXL04_021786|LXL04_021786|OH1004|PROTEIN

MAVVGSVHGGSLHSKFQTLPPVARIFNSQKRSTHHRRPPSPPIFISTNLSDVNPIHLRDLYSSCNQSCHRFPNISSDGRVEPVDVEKLTIALSHSSVVVSVFARPETVASLPENLNTGGDWYRRMIPLTPFSGKLVGFGRAVSDNGLTASIYDVMVIPSLQGRGIGHMILQRIIRLLTNKGIYDIAALCSAQEMDFFKACGFGDDMLGSTTMMYTRSGNQMVKSAEICLISARGLTRTSSLWKLQWFAVGWIDPDNKYCT...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_021786`
TK1151 ID	TkA05G421000
OH-1004 ID	LXL04_021786
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	98.400
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_021786

位置 Chr04:136963992-136967745 (+)

描述 Similar to ycf52: Uncharacterized N-acetyltransferase ycf52

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g19985`	具有双重特异性的蛋白乙酰转移酶，可催化N端α-乙酰化（NTA）和赖氨酸ε-乙酰化（KA），可能催化效率较低，或作用于特定的质体底物。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`UniProt: A2Y5T7`	催化血清素的N-乙酰化生成N-乙酰血清素，这是褪黑素合成的倒数第二步。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_021786 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006474 N-terminal protein amino acid acetylation 生物过程

GO:0006515 protein quality control for misfolded or incompletely synthesized proteins 生物过程

GO:0006970 response to osmotic stress 生物过程

GO:0007623 circadian rhythm 生物过程

GO:0009409 response to cold 生物过程

GO:0009644 response to high light intensity 生物过程

GO:0010555 response to mannitol 生物过程

GO:0018394 peptidyl-lysine acetylation 生物过程

GO:0030187 melatonin biosynthetic process 生物过程

GO:0042428 serotonin metabolic process 生物过程

GO:0050832 defense response to fungus 生物过程

GO:0090333 regulation of stomatal closure 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT4G19985

syn:sll0286

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

质体0.587

排名 1 · LXL04_021786 · OH-1004

细胞核0.187

排名 2 · LXL04_021786 · OH-1004

细胞质0.145

排名 3 · LXL04_021786 · OH-1004

细胞膜0.087

排名 4 · LXL04_021786 · OH-1004

线粒体0.082

排名 5 · LXL04_021786 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00583.32Acetyltransf_1129-202 aa

PF13508.14Acetyltransf_7133-202 aa

PF00168.37C2226-324 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_021786	`PF00583.32`	Acetyltransf_1	129	202	8.2e-10	39.7
LXL04_021786	`PF13508.14`	Acetyltransf_7	133	202	5.1e-07	30.7
LXL04_021786	`PF00168.37`	C2	226	324	2.3e-07	31.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q940H2`	拟南芥	GCN5-related N-acetyltransferase 3, chloroplastic	50.000%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`A2Y5T7`	水稻	Serotonin N-acetyltransferase 1, chloroplastic	37.037%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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