LXL04_021710 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_021710

当前版本: OH-1004 染色体: Chr04 坐标: 135661961-135666369 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2532 bp · LXL04_021710|LXL04_021710|OH1004|cDNA

ATGCCTCCTCGGAAGACGCCTGCAAAGCGCAAGAAGCCACCACCAGCAACCACACCTACCCCCGTCGATGATCGTAAATCACCGAAACAAGAAGTTGAAACGGTAGCTGAATTGCCGAATGTTTCGAAAGTCGAGACGGAGGAGATATCGGGTCAGGTAGAAGTATCCGATCCTATTTTAGCTAAAATCGACGGGGATTCAACTACAGCTGTTGCGTTTTCTCCCAAATTGGTGATTGAGGCGGATGTAGTTGTGGAGAA...

CDS

下载 CDS FASTA

2532 bp · LXL04_021710|LXL04_021710|OH1004|CDS

ATGCCTCCTCGGAAGACGCCTGCAAAGCGCAAGAAGCCACCACCAGCAACCACACCTACCCCCGTCGATGATCGTAAATCACCGAAACAAGAAGTTGAAACGGTAGCTGAATTGCCGAATGTTTCGAAAGTCGAGACGGAGGAGATATCGGGTCAGGTAGAAGTATCCGATCCTATTTTAGCTAAAATCGACGGGGATTCAACTACAGCTGTTGCGTTTTCTCCCAAATTGGTGATTGAGGCGGATGTAGTTGTGGAGAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

843 aa · LXL04_021710|LXL04_021710|OH1004|PROTEIN

MPPRKTPAKRKKPPPATTPTPVDDRKSPKQEVETVAELPNVSKVETEEISGQVEVSDPILAKIDGDSTTAVAFSPKLVIEADVVVENSAVGDVNEARNEDVCVEDEEPEEDEEPEEDEQPSGIDGSQLETVAAVKGDNEEEKHEHAEIIAAEEPNADKAPCNNDATTKTSSEDYIALLIEHDNEESDNGSEGDDADNEDPSDNPVSDHNKEKDIEIYVGGLDKNTVEDDLVNVFQQFGELKSTRIVRNSTTNKSKGFAFI...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_021710`
TK1151 ID	TkA05G416720
OH-1004 ID	LXL04_021710
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 待复核
蛋白一致性 (%)	67.900
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 86.689 / OH-1004 42.705 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_021710

位置 Chr04:135661961-135666369 (+)

描述 Similar to LIF2: Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein Q

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g00830`	转录激活因子，在靶基因启动子上的GAGA样基序和5'-(C/G)ACGTG(G/T)C(A/G)-3'共识基序上结合DNA。	Control of flowering and cell fate by LIF2, an RNA binding partner of the polycomb complex component LHP1.2011 · DOI: 10.1371/journal.pone.0016592 The hnRNP-Q protein LIF2 participates in the plant immune response.2014 · DOI: 10.1371/journal.pone.0099343 The Arabidopsis hnRNP-Q Protein LIF2 and the PRC1 Subunit LHP1 Function in Concert to Regulate the Transcription of Stress-Responsive Genes.2016 · DOI: 10.1105/tpc.16.00244

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_021710 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000381 regulation of alternative mRNA splicing, via spliceosome 生物过程

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006397 mRNA processing 生物过程

GO:0008380 RNA splicing 生物过程

GO:0009617 response to bacterium 生物过程

GO:0009909 regulation of flower development 生物过程

GO:0010439 regulation of glucosinolate biosynthetic process 生物过程

GO:0010468 regulation of gene expression 生物过程

GO:0016554 cytidine to uridine editing 生物过程

GO:0032733 positive regulation of interleukin-10 production 生物过程

GO:0040029 epigenetic regulation of gene expression 生物过程

GO:0042742 defense response to bacterium 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT4G00830

cfa:403423

dre:562991

hsa:54502

pon:100174683

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.941

排名 1 · LXL04_021710 · OH-1004

细胞质0.105

排名 2 · LXL04_021710 · OH-1004

细胞膜0.036

排名 3 · LXL04_021710 · OH-1004

内质网0.022

排名 4 · LXL04_021710 · OH-1004

质体0.009

排名 5 · LXL04_021710 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00076.29RRM_1216-284 aa

PF00076.29RRM_1297-368 aa

PF00076.29RRM_1394-462 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_021710	`PF00076.29`	RRM_1	216	284	1.3e-42	144.2
LXL04_021710	`PF00076.29`	RRM_1	297	368	1.3e-42	144.2
LXL04_021710	`PF00076.29`	RRM_1	394	462	1.3e-42	144.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9ASP6`	拟南芥	Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein Q	26.885%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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