LXL04_021689 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_021689

当前版本: OH-1004 染色体: Chr04 坐标: 135200473-135204399 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1578 bp · LXL04_021689|LXL04_021689|OH1004|cDNA

ATGGACCGTACATCACGCGATCCATCGAATCAACGGCTGGAATTTGTTAATCAACTTATGCAATCGCCGCATATATTATTACATCTTTCTCACTTCTCAGTTAGCGTACATGGCGTCATAGTCTATTATACCGAATATACCCTTTTTCAATTCATCATCTTTACCTTATTAGGGTTCTTGATCGTGATCCGTTTAAACCCTAAATCCCCAATTTTTGCGCTAATATCCACTGCCTTGATCTCTATGGATTTCGATGGAGG...

CDS

下载 CDS FASTA

1578 bp · LXL04_021689|LXL04_021689|OH1004|CDS

ATGGACCGTACATCACGCGATCCATCGAATCAACGGCTGGAATTTGTTAATCAACTTATGCAATCGCCGCATATATTATTACATCTTTCTCACTTCTCAGTTAGCGTACATGGCGTCATAGTCTATTATACCGAATATACCCTTTTTCAATTCATCATCTTTACCTTATTAGGGTTCTTGATCGTGATCCGTTTAAACCCTAAATCCCCAATTTTTGCGCTAATATCCACTGCCTTGATCTCTATGGATTTCGATGGAGG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

525 aa · LXL04_021689|LXL04_021689|OH1004|PROTEIN

MDRTSRDPSNQRLEFVNQLMQSPHILLHLSHFSVSVHGVIVYYTEYTLFQFIIFTLLGFLIVIRLNPKSPIFALISTALISMDFDGGKRVFNRLGPSQQQNDNRNQKVCYHWRAGNCNRFPCPFLHRELSAPANGTMSSKRPYGFATDDQRSTTSRRGGGSNFNGPNTWGRGGGRGGNAINNNNSSSSGSRGAVLKKTEKICNFWAQGTCNYGEKCRFLHSWSSANCFAMLTHLEGHQKVVTGIALPAGSDKLYTGSKDE...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_021689`
TK1151 ID	TkA05G416050
OH-1004 ID	LXL04_021689
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 84.571 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_021689

位置 Chr04:135200473-135204399 (+)

描述 Similar to ZFWD1: Zinc finger CCCH domain-containing protein 48

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g25440`	含锌指 CCCH 结构域蛋白 48。	暂无已核实直接文献
`At5g51980`	含锌指CCCH结构域蛋白63。	暂无已核实直接文献
`At5g40880`	含锌指CCCH结构域蛋白59。	暂无已核实直接文献
`At5g49200`	含锌指 CCCH 域蛋白 62。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os02g0677700`	含锌指CCCH结构域蛋白17。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_021689 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0003677 DNA binding 分子功能

GO:0003729 mRNA binding 分子功能

GO:0008270 zinc ion binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT4G25440

ath:AT5G40880

ath:AT5G49200

ath:AT5G51980

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.496

排名 1 · LXL04_021689 · OH-1004

细胞核0.413

排名 2 · LXL04_021689 · OH-1004

细胞膜0.096

排名 3 · LXL04_021689 · OH-1004

内质网0.072

排名 4 · LXL04_021689 · OH-1004

高尔基体0.066

排名 5 · LXL04_021689 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF16131.12Torus184-222 aa

PF00642.31zf-CCCH199-221 aa

PF25585.2zf-CCCH_DUS3L199-221 aa

PF18044.8zf-CCCH_4200-220 aa

PF18345.8zf_CCCH_4202-220 aa

PF23869.2Beta-prop_WDR75_1st222-270 aa

PF23381.2Beta-prop_IFT122_1st227-473 aa

PF25175.2Beta-prop_WDR5229-276 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_021689	`PF16131.12`	Torus	184	222	3.4e-07	31.5
LXL04_021689	`PF00642.31`	zf-CCCH	199	221	2.5e-07	31.2
LXL04_021689	`PF25585.2`	zf-CCCH_DUS3L	199	221	2.7e-07	31.1
LXL04_021689	`PF18044.8`	zf-CCCH_4	200	220	1.8e-06	28.3
LXL04_021689	`PF18345.8`	zf_CCCH_4	202	220	4.9e-07	30.3
LXL04_021689	`PF23869.2`	Beta-prop_WDR75_1st	222	270	2.2e-10	41.0
LXL04_021689	`PF23381.2`	Beta-prop_IFT122_1st	227	473	2e-26	93.7
LXL04_021689	`PF25175.2`	Beta-prop_WDR5	229	276	2.6e-26	93.3
LXL04_021689	`PF25173.2`	Beta-prop_WDR3_1st	230	274	5e-31	108.5
LXL04_021689	`PF25174.2`	Beta-prop_THOC3	230	407	4.4e-29	102.1
LXL04_021689	`PF24814.2`	WD40_Prp19	230	276	4.5e-25	89.0
LXL04_021689	`PF00400.39`	WD40	231	266	2.9e-26	91.5
LXL04_021689	`PF24805.2`	EIF3I	231	278	2.2e-12	47.5
LXL04_021689	`PF23414.2`	Beta-prop_EML_2	242	403	1e-09	38.9
LXL04_021689	`PF25171.2`	Beta-prop_WDR36-Utp21_1st	261	402	5.2e-07	30.1
LXL04_021689	`PF25173.2`	Beta-prop_WDR3_1st	294	475	5e-31	108.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9FNZ2`	拟南芥	Zinc finger CCCH domain-containing protein 48	64.414%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9FNZ1`	拟南芥	Zinc finger CCCH domain-containing protein 63	65.152%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9FKR9`	拟南芥	Zinc finger CCCH domain-containing protein 59	50.789%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9FE91`	拟南芥	Zinc finger CCCH domain-containing protein 62	47.493%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q0DYP5`	水稻	Zinc finger CCCH domain-containing protein 17	61.765%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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