LXL04_021669 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_021669

当前版本: OH-1004 染色体: Chr04 坐标: 134584784-134594133 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2421 bp · LXL04_021669|LXL04_021669|OH1004|cDNA

ATGTTAAACGCAAATGAAAATGGGTTGAACATGGATACAAGTTTACAAAGCACAAGACACTGGTATATTGTTGTGAACGTAGATGAAAATATGTTGAACGTGGATGGAAGACTGTTGAGCGCGGATGAAGAGCTCCTATCTACCAAGCTTGGCACAATACCAAATAAAATTTCCGACTCCTTACCCAAATGCCAAAGTTGTTCAAAGACCATGGTTCCTCTGCCGATGGAACGGAGCGGCGGAGAGACCACGGCCGCAGA...

CDS

下载 CDS FASTA

2421 bp · LXL04_021669|LXL04_021669|OH1004|CDS

ATGTTAAACGCAAATGAAAATGGGTTGAACATGGATACAAGTTTACAAAGCACAAGACACTGGTATATTGTTGTGAACGTAGATGAAAATATGTTGAACGTGGATGGAAGACTGTTGAGCGCGGATGAAGAGCTCCTATCTACCAAGCTTGGCACAATACCAAATAAAATTTCCGACTCCTTACCCAAATGCCAAAGTTGTTCAAAGACCATGGTTCCTCTGCCGATGGAACGGAGCGGCGGAGAGACCACGGCCGCAGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

806 aa · LXL04_021669|LXL04_021669|OH1004|PROTEIN

MLNANENGLNMDTSLQSTRHWYIVVNVDENMLNVDGRLLSADEELLSTKLGTIPNKISDSLPKCQSCSKTMVPLPMERSGGETTAADTTARSLPTPFLTKTYQLVDDKTIDDVISWNEDGSSFVVWNPIEFAKDLLPKYFKHNNFSSFVRQLNTYGFRKVVPDRWEFSNDYFRRGEKRLLCEIQRRKIASAAPAPPVAATPVATVAALSPTPRRAVSPSNSSEEQVLSSNSSRGATTNLSREPPACGGTNAELIDENERL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_021669`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_021669

位置 Chr04:134584784-134594133 (+)

描述 Similar to HSFB2A: Heat stress transcription factor B-2a

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g62020`	转录调控因子，特异性结合 DNA 序列 5'-AGAAnnTTCT-3'，该序列称为热休克启动子元件（HSE）。	暂无已核实直接文献
`At4g11660`	转录调控因子，特异性结合 DNA 序列 5'-AGAAnnTTCT-3'，该序列称为热休克启动子元件（HSE）。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os09g0526600`	转录调控因子，特异性结合热休克启动子元素（HSE）的DNA。	暂无已核实直接文献
`Os08g0546800`	转录调控因子，特异性结合热休克启动子元素（HSE）的DNA。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_021669 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006357 regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程

GO:0045892 negative regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0071456 cellular response to hypoxia 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0000976 transcription cis-regulatory region binding 分子功能

GO:0000978 RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding 分子功能

GO:0003700 DNA-binding transcription factor activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT4G11660

ath:AT5G62020

dosa:Os08g0546800

dosa:Os09g0526600

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.814

排名 1 · LXL04_021669 · OH-1004

细胞质0.197

排名 2 · LXL04_021669 · OH-1004

细胞膜0.047

排名 3 · LXL04_021669 · OH-1004

内质网0.030

排名 4 · LXL04_021669 · OH-1004

线粒体0.021

排名 5 · LXL04_021669 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00447.24HSF_DNA-bind97-186 aa

PF14223.15Retrotran_gag_2489-629 aa

PF00098.29zf-CCHC769-785 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_021669	`PF00447.24`	HSF_DNA-bind	97	186	1.9e-31	109.3
LXL04_021669	`PF14223.15`	Retrotran_gag_2	489	629	3.3e-16	60.2
LXL04_021669	`PF00098.29`	zf-CCHC	769	785	5.1e-06	27.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9SCW4`	拟南芥	Heat stress transcription factor B-2a	53.103%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9T0D3`	拟南芥	Heat stress transcription factor B-2b	48.148%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q652B0`	水稻	Heat stress transcription factor B-2c	50.658%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q6Z9C8`	水稻	Heat stress transcription factor B-2b	51.701%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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