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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

LXL04_021663
当前版本: OH-1004 染色体: Chr04 坐标: 134427148-134428897 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

750 bp · LXL04_021663|LXL04_021663|OH1004|cDNA

ATGAGAAATAAGGCACGAAAAGAGGGGAAGATGGGACGATTACCGTGTTGCGATAAAGGCGAGGTGAAAAAAGGTGCTTGGACTCCTGAAGAAGACAGGATTCTTCTCGATTATATCACTAAAAACGGTCATGGCACTTGGCGTTCCTTCCCCAAACTTGCAGGTCTCCGGCGATGTGGAAAAAGTTGTAGACTGAGGTGGACAAACTACCTTCGCCCTGATATAAAACGGGGTACTTTTAGTTTTGAAGAAGAGCAAAC...

CDS

下载 CDS FASTA

750 bp · LXL04_021663|LXL04_021663|OH1004|CDS

ATGAGAAATAAGGCACGAAAAGAGGGGAAGATGGGACGATTACCGTGTTGCGATAAAGGCGAGGTGAAAAAAGGTGCTTGGACTCCTGAAGAAGACAGGATTCTTCTCGATTATATCACTAAAAACGGTCATGGCACTTGGCGTTCCTTCCCCAAACTTGCAGGTCTCCGGCGATGTGGAAAAAGTTGTAGACTGAGGTGGACAAACTACCTTCGCCCTGATATAAAACGGGGTACTTTTAGTTTTGAAGAAGAGCAAAC...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

249 aa · LXL04_021663|LXL04_021663|OH1004|PROTEIN

MRNKARKEGKMGRLPCCDKGEVKKGAWTPEEDRILLDYITKNGHGTWRSFPKLAGLRRCGKSCRLRWTNYLRPDIKRGTFSFEEEQTIFQLHSLLGNKWAAIASRLPGRTDNEIKNYWNSHLRKRVPNKTPNLQSTSADTKQTSHMAEWESARVEAEARLAINVTENDHYFIKSWNSETGDAFQRGNESGVKMECESVITMQGDEGQNSNSYSPNSYKAEKSSDITLDLLLDFPNEGEYLEYLNDNNSA

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDLXL04_021663
版本OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDLXL04_021663
位置Chr04:134427148-134428897 (-)
描述Similar to MYB17: Transcription factor MYB17
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At3g61250 可能通过抑制 ANT 在花发育中发挥作用的转录因子。
Characterization of Arabidopsis MYB transcription factor gene AtMYB17 and its possible regulation by LEAFY and AGL15.2009 · DOI: 10.1016/s1673-8527(08)60096-x
LATE MERISTEM IDENTITY2 acts together with LEAFY to activate APETALA1.2011 · DOI: 10.1242/dev.063073
At3g01140 作为表皮细胞生长的抑制因子，并负向调控毛状体分支形成。
Transcriptional profiling of mature Arabidopsis trichomes reveals that NOECK encodes the MIXTA-like transcriptional regulator MYB106.2008 · DOI: 10.1104/pp.108.126979
MIXTA-like transcription factors and WAX INDUCER1/SHINE1 coordinately regulate cuticle development in Arabidopsis and Torenia fournieri.2013 · DOI: 10.1105/tpc.113.110783
The MIXTA-like transcription factor MYB16 is a major regulator of cuticle formation in vegetative organs.2013 · DOI: 10.4161/psb.26826
At5g15310 参与花瓣表皮细胞形态发生的控制。
Control of cell and petal morphogenesis by R2R3 MYB transcription factors.2007 · DOI: 10.1242/dev.02836
MIXTA-like transcription factors and WAX INDUCER1/SHINE1 coordinately regulate cuticle development in Arabidopsis and Torenia fournieri.2013 · DOI: 10.1105/tpc.113.110783
The MIXTA-like transcription factor MYB16 is a major regulator of cuticle formation in vegetative organs.2013 · DOI: 10.4161/psb.26826
At4g05100 可能在盐胁迫响应中发挥作用的可能转录因子。
Salt-induced transcription factor MYB74 is regulated by the RNA-directed DNA methylation pathway in Arabidopsis.2015 · DOI: 10.1093/jxb/erv312
At4g28110 参与盐胁迫反应的转录因子。
AtMyb41 regulates transcriptional and metabolic responses to osmotic stress in Arabidopsis.2009 · DOI: 10.1104/pp.108.134874
Phosphorylation by AtMPK6 is required for the biological function of AtMYB41 in Arabidopsis.2012 · DOI: 10.1016/j.bbrc.2012.04.137
AtMYB41 activates ectopic suberin synthesis and assembly in multiple plant species and cell types.2014 · DOI: 10.1111/tpj.12624

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_021663 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0000902 cell morphogenesis 生物过程
GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程
GO:0009737 response to abscisic acid 生物过程
GO:0009825 multidimensional cell growth 生物过程
GO:0009908 flower development 生物过程
GO:0009909 regulation of flower development 生物过程
GO:0010091 trichome branching 生物过程
GO:0010143 cutin biosynthetic process 生物过程
GO:0045892 negative regulation of DNA-templated transcription 生物过程
GO:0080090 regulation of primary metabolic process 生物过程
GO:0080091 regulation of raffinose metabolic process 生物过程
GO:1901957 regulation of cutin biosynthetic process 生物过程
KEGG 基因交叉引用
ath:AT3G01140
ath:AT3G61250
ath:AT4G05100
ath:AT4G28110
ath:AT5G15310
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.925
排名 1 · LXL04_021663 · OH-1004
细胞质0.163
排名 2 · LXL04_021663 · OH-1004
线粒体0.023
排名 3 · LXL04_021663 · OH-1004
细胞膜0.019
排名 4 · LXL04_021663 · OH-1004
内质网0.008
排名 5 · LXL04_021663 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00249.38Myb_DNA-binding24-71 aa
PF13921.13Myb_DNA-bind_627-87 aa
PF00249.38Myb_DNA-binding77-122 aa
PF13921.13Myb_DNA-bind_681-126 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
LXL04_021663PF00249.38Myb_DNA-binding24712.2e-33114.8
LXL04_021663PF13921.13Myb_DNA-bind_627874.7e-2175.4
LXL04_021663PF00249.38Myb_DNA-binding771222.2e-33114.8
LXL04_021663PF13921.13Myb_DNA-bind_6811264.7e-2175.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9M2D9拟南芥Transcription factor MYB1747.687%Swiss-Prot中等数据库同源证据
Q9LE63拟南芥Transcription factor MYB10664.634%Swiss-Prot中等数据库同源证据
Q9LXF1拟南芥Transcription factor MYB1664.024%Swiss-Prot中等数据库同源证据
Q9M0Y5拟南芥Transcription factor MYB7475.214%Swiss-Prot低置信数据库同源证据
Q9M0J5拟南芥Transcription factor MYB4175.862%Swiss-Prot低置信数据库同源证据

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