LXL04_021610 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_021610

当前版本: OH-1004 染色体: Chr04 坐标: 133519073-133521175 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1083 bp · LXL04_021610|LXL04_021610|OH1004|cDNA

ATGAGTGAATCCAAGCTCAAGAATATGGCGACAAAAGTTTATGAAGCAATAGGTGTCCAACGATGGCTACCTTCAAGTCCACAATCCGAATCCATGTCAAAATCGAGACATGATCATGTGAATCGCGGCTACAGTACTACTACATCCAATCAACCAATCACAATCGACCAAAACTACATTTCTTGGTTGAAAGAACACCCTTCGGCGATTACGTCATTCCAACAAATGATCAACGCATCAAAAGGGAAACAAATTGTCGT...

CDS

下载 CDS FASTA

1083 bp · LXL04_021610|LXL04_021610|OH1004|CDS

ATGAGTGAATCCAAGCTCAAGAATATGGCGACAAAAGTTTATGAAGCAATAGGTGTCCAACGATGGCTACCTTCAAGTCCACAATCCGAATCCATGTCAAAATCGAGACATGATCATGTGAATCGCGGCTACAGTACTACTACATCCAATCAACCAATCACAATCGACCAAAACTACATTTCTTGGTTGAAAGAACACCCTTCGGCGATTACGTCATTCCAACAAATGATCAACGCATCAAAAGGGAAACAAATTGTCGT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

360 aa · LXL04_021610|LXL04_021610|OH1004|PROTEIN

MSESKLKNMATKVYEAIGVQRWLPSSPQSESMSKSRHDHVNRGYSTTTSNQPITIDQNYISWLKEHPSAITSFQQMINASKGKQIVVFLDYDGTLSPIVSDPECAFMSDQMRTAVRDVSNHFPTAIISGRSREKVFDFVKLKTVYYSGSHGMDTMGPAPKNVVYDNKYLQKISDNEGNDFIVFQPARDFLSAIEKFSDTWHAQMLREIKERTENIKGVVIEDNRFCLSVHYRHVKNEDYKKLEEELELLLVKNPGFHITK...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_021610`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_021610

位置 Chr04:133519073-133521175 (+)

描述 Similar to TPP7: Probable trehalose-phosphate phosphatase 7

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g78090`	从海藻糖 6-磷酸中除去磷酸盐，产生游离海藻糖。	Trehalose-6-phosphate phosphatases from Arabidopsis thaliana: identification by functional complementation of the yeast tps2 mutant.1998 · DOI: 10.1046/j.1365-313x.1998.00064.x

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os09g0369400`	从海藻糖 6-磷酸中除去磷酸盐，产生游离海藻糖。	暂无已核实直接文献
`Os07g0624600`	从海藻糖 6-磷酸中除去磷酸盐，产生游离海藻糖。	暂无已核实直接文献
`Os10g0553300`	从海藻糖 6-磷酸中除去磷酸盐，产生游离海藻糖。	暂无已核实直接文献
`Os08g0409100`	从海藻糖 6-磷酸中除去磷酸盐，产生游离海藻糖。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_021610 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0005992 trehalose biosynthetic process 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0004805 trehalose-phosphatase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G78090

dosa:Os07g0624600

dosa:Os08g0409100

dosa:Os09g0369400

dosa:Os10g0553300

osa:4349333

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.517

排名 1 · LXL04_021610 · OH-1004

细胞核0.292

排名 2 · LXL04_021610 · OH-1004

线粒体0.206

排名 3 · LXL04_021610 · OH-1004

过氧化物酶体0.068

排名 4 · LXL04_021610 · OH-1004

细胞膜0.059

排名 5 · LXL04_021610 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF02358.23Trehalose_PPase88-333 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_021610	`PF02358.23`	Trehalose_PPase	88	333	5.4e-56	190.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9C9S4`	拟南芥	Trehalose-phosphate phosphatase B	45.758%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q6H5L4`	水稻	Probable trehalose-phosphate phosphatase 7	49.329%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q7XI41`	水稻	Probable trehalose-phosphate phosphatase 3	51.736%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9FWQ2`	水稻	Probable trehalose-phosphate phosphatase 2	49.000%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q6ZAL2`	水稻	Probable trehalose-phosphate phosphatase 6	49.664%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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