LXL04_021579 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_021579

当前版本: OH-1004 染色体: Chr04 坐标: 132795430-132800603 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2487 bp · LXL04_021579|LXL04_021579|OH1004|cDNA

ATGTATAGCTCATACGATGAAGACGAGTATCGATTCTTCGATGCGCACGATAGCATTGAGTCCGACGAGCTTATTTCTGAGCCTGCCGAGAGTAGCAACCATGGCGTCTTCGACGACGACGACTCGCCTAACGATTTCGAGTATGATATTTGGGCCAATGCTCCGACAAGCGTTCTTCAACGAAAGCACACGTTTCTCCGATTAATGGGATTGAACGCCGACGATCATATTCCGGTTGATGACGATGTGTTCATAGAGGA...

CDS

下载 CDS FASTA

2487 bp · LXL04_021579|LXL04_021579|OH1004|CDS

ATGTATAGCTCATACGATGAAGACGAGTATCGATTCTTCGATGCGCACGATAGCATTGAGTCCGACGAGCTTATTTCTGAGCCTGCCGAGAGTAGCAACCATGGCGTCTTCGACGACGACGACTCGCCTAACGATTTCGAGTATGATATTTGGGCCAATGCTCCGACAAGCGTTCTTCAACGAAAGCACACGTTTCTCCGATTAATGGGATTGAACGCCGACGATCATATTCCGGTTGATGACGATGTGTTCATAGAGGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

828 aa · LXL04_021579|LXL04_021579|OH1004|PROTEIN

MYSSYDEDEYRFFDAHDSIESDELISEPAESSNHGVFDDDDSPNDFEYDIWANAPTSVLQRKHTFLRLMGLNADDHIPVDDDVFIEENEIGIDDRTLQTSGAVLRSPNTSLITEEEHKQEEEEEEEKLSPVSSSSNSVWCADDATCSSSPVSRTDDCNGGGECKEEQQQQYQHQQQHQHQHQQQQGENGGKLMVRAEMLPSPVVVQNFTDKLKVAGTMVKTMNKVKGQFLGRLRSMTSRHSRSHSLPHMPPPPPPPLPEP...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_021579`
TK1151 ID	TkA05G408150
OH-1004 ID	LXL04_021579
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	98.500
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 99.865 / OH-1004 89.372 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`LXL04_021579`
位置	Chr04:132795430-132800603 (+)
描述	Similar to SPAC3H5.08c: Uncharacterized WD repeat-containing protein C3H5.08c (Schizosaccharomyces pombe (strain 972 / ATCC 24843)
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_021579` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0006887 exocytosis 生物过程 GO:0030334 regulation of cell migration 生物过程 GO:0043001 Golgi to plasma membrane protein transport 生物过程 GO:0045724 positive regulation of cilium assembly 生物过程 GO:0060627 regulation of vesicle-mediated transport 生物过程 GO:0061512 protein localization to cilium 生物过程 GO:0061824 cytosolic ciliogenesis 生物过程 GO:1902018 negative regulation of cilium assembly 生物过程 GO:0005634 nucleus 细胞组分 GO:0005789 endoplasmic reticulum membrane 细胞组分 GO:0005794 Golgi apparatus 细胞组分 GO:0005829 cytosol 细胞组分
KEGG 基因交叉引用	bta:286825 hsa:54521 mmu:72404 spo:2543641 xla:734726 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.499

排名 1 · LXL04_021579 · OH-1004

细胞核0.341

排名 2 · LXL04_021579 · OH-1004

细胞膜0.223

排名 3 · LXL04_021579 · OH-1004

高尔基体0.061

排名 4 · LXL04_021579 · OH-1004

溶酶体／液泡0.057

排名 5 · LXL04_021579 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF24807.2WD40_CDC20-Fz270-325 aa

PF25172.2Beta-prop_WDR3_2nd278-494 aa

PF25174.2Beta-prop_THOC3286-323 aa

PF23381.2Beta-prop_IFT122_1st287-321 aa

PF24814.2WD40_Prp19287-350 aa

PF24817.2WD40_WDHD1_1st288-338 aa

PF23414.2Beta-prop_EML_2288-430 aa

PF25175.2Beta-prop_WDR5289-325 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_021579	`PF24807.2`	WD40_CDC20-Fz	270	325	2.3e-22	80.3
LXL04_021579	`PF25172.2`	Beta-prop_WDR3_2nd	278	494	2.8e-27	96.4
LXL04_021579	`PF25174.2`	Beta-prop_THOC3	286	323	1.2e-35	123.5
LXL04_021579	`PF23381.2`	Beta-prop_IFT122_1st	287	321	5.3e-34	118.5
LXL04_021579	`PF24814.2`	WD40_Prp19	287	350	1.4e-23	84.1
LXL04_021579	`PF24817.2`	WD40_WDHD1_1st	288	338	3.5e-22	79.7
LXL04_021579	`PF23414.2`	Beta-prop_EML_2	288	430	3.4e-20	73.2
LXL04_021579	`PF25175.2`	Beta-prop_WDR5	289	325	1.2e-38	133.8
LXL04_021579	`PF00400.39`	WD40	289	320	2e-33	114.1
LXL04_021579	`PF25168.2`	Beta-prop_WDR36-Utp21_2nd	289	329	1e-23	84.9
LXL04_021579	`PF25175.2`	Beta-prop_WDR5	386	607	1.2e-38	133.8
LXL04_021579	`PF25173.2`	Beta-prop_WDR3_1st	392	472	1.7e-24	87.3
LXL04_021579	`PF24814.2`	WD40_Prp19	392	505	1.4e-23	84.1
LXL04_021579	`PF24807.2`	WD40_CDC20-Fz	392	559	2.3e-22	80.3
LXL04_021579	`PF00400.39`	WD40	393	428	2e-33	114.1
LXL04_021579	`PF25168.2`	Beta-prop_WDR36-Utp21_2nd	393	455	1e-23	84.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

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