RubberDandelionOmics 橡胶草多组学网站
更多
转录组数据查询 注释 橡胶合成 转录因子预测 靶基因 蛋白关联网络 重测序 工具 下载
ZH EN

本页使用教程

基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

LXL04_021401
当前版本: OH-1004 染色体: Chr04 坐标: 128875049-128876151 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

1008 bp · LXL04_021401|LXL04_021401|OH1004|cDNA

ATGGATGGAAGTTCCACAGAAGAACAAAGCACAACTACTGAAACAACTTCAACAGTCGCTGCACCGGTGACTTCGCCGCCACTGATCGGAAGTGGTGGCAGCGTTGTTCTCGACATGGAAGGTGGTTTAGAAGCCGAGTCAAGGAAGTTGCCTTCCTCAAGGTTCAAAGGTGTAGTCCCACAGCCTAACGGCCGTTGGGGTGCTCAGATTTACGAGAAGCACCAACGCGTGTGGCTTGGGACCTTCAACGAAGAACATGA...

CDS

下载 CDS FASTA

1008 bp · LXL04_021401|LXL04_021401|OH1004|CDS

ATGGATGGAAGTTCCACAGAAGAACAAAGCACAACTACTGAAACAACTTCAACAGTCGCTGCACCGGTGACTTCGCCGCCACTGATCGGAAGTGGTGGCAGCGTTGTTCTCGACATGGAAGGTGGTTTAGAAGCCGAGTCAAGGAAGTTGCCTTCCTCAAGGTTCAAAGGTGTAGTCCCACAGCCTAACGGCCGTTGGGGTGCTCAGATTTACGAGAAGCACCAACGCGTGTGGCTTGGGACCTTCAACGAAGAACATGA...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

335 aa · LXL04_021401|LXL04_021401|OH1004|PROTEIN

MDGSSTEEQSTTTETTSTVAAPVTSPPLIGSGGSVVLDMEGGLEAESRKLPSSRFKGVVPQPNGRWGAQIYEKHQRVWLGTFNEEHEAAKAYDTAVQRFRGRDAVTNFKPLPADTEEAGLEASFLNSHSKSEIVDMLRKHTYNDELEQSKRSCSLNKTPFTNGFRSGQHLVNAREQLFEKTVTPSDVGKLNRLVIPKQHAEKHFPLQSGSTSKGVLLHFEDIGMKVWRFRYSYWNSSQSYVLTKGWSRFVKEKNLKAGDI...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDLXL04_021401
版本OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDLXL04_021401
位置Chr04:128875049-128876151 (-)
描述Similar to RAV1: AP2/ERF and B3 domain-containing transcription factor RAV1
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At1g13260 特异性结合由两个不相关基序 5'-CAACA-3' 和 5'-CACCTG-3' 组成的二分识别序列。
Arabidopsis RAV1 is down-regulated by brassinosteroid and may act as a negative regulator during plant development.2004 · DOI: 10.1038/sj.cr.7290197
RAV1, a novel DNA-binding protein, binds to bipartite recognition sequence through two distinct DNA-binding domains uniquely found in higher plants.1999 · DOI: 10.1093/nar/27.2.470
At1g25560 长日照植物开花时间的转录抑制因子。
The balance between CONSTANS and TEMPRANILLO activities determines FT expression to trigger flowering.2008 · DOI: 10.1016/j.cub.2008.07.075
At1g68840 可能充当转录激活因子。
The balance between CONSTANS and TEMPRANILLO activities determines FT expression to trigger flowering.2008 · DOI: 10.1016/j.cub.2008.07.075
At3g25730 可能充当转录激活因子。 暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
Os01g0693400 含有 AP2/ERF 和 B3 结构域的蛋白 Os01g0693400。 暂无已核实直接文献
功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_021401 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程
GO:0009741 response to brassinosteroid 生物过程
GO:0009873 ethylene-activated signaling pathway 生物过程
GO:0009910 negative regulation of flower development 生物过程
GO:0045892 negative regulation of DNA-templated transcription 生物过程
GO:0048366 leaf development 生物过程
GO:0048527 lateral root development 生物过程
GO:0048573 photoperiodism, flowering 生物过程
GO:0071456 cellular response to hypoxia 生物过程
GO:0005634 nucleus 细胞组分
GO:0000976 transcription cis-regulatory region binding 分子功能
GO:0003677 DNA binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G13260
ath:AT1G25560
ath:AT1G68840
ath:AT3G25730
dosa:Os01g0693400
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.955
排名 1 · LXL04_021401 · OH-1004
细胞质0.099
排名 2 · LXL04_021401 · OH-1004
细胞膜0.030
排名 3 · LXL04_021401 · OH-1004
内质网0.021
排名 4 · LXL04_021401 · OH-1004
质体0.014
排名 5 · LXL04_021401 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00847.27AP253-101 aa
PF02362.27B3178-278 aa
PF31239.1At5g26805_C179-264 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
LXL04_021401PF00847.27AP2531013.5e-0834.3
LXL04_021401PF02362.27B31782781.2e-2693.3
LXL04_021401PF31239.1At5g26805_C1792646e-0627.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9ZWM9拟南芥AP2/ERF and B3 domain-containing transcription factor RAV164.615%Swiss-Prot强数据库同源证据
Q9C6M5拟南芥AP2/ERF and B3 domain-containing transcription repressor TEM160.933%Swiss-Prot强数据库同源证据
P82280拟南芥AP2/ERF and B3 domain-containing transcription repressor RAV260.000%Swiss-Prot强数据库同源证据
Q9LS06拟南芥AP2/ERF and B3 domain-containing transcription factor ARF1461.059%Swiss-Prot强数据库同源证据
Q8RZX9水稻AP2/ERF and B3 domain-containing protein Os01g069340058.154%Swiss-Prot强数据库同源证据

JBrowse

在基因组浏览器中查看