LXL04_021378 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_021378

当前版本: OH-1004 染色体: Chr04 坐标: 128538577-128541854 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1077 bp · LXL04_021378|LXL04_021378|OH1004|cDNA

ATGAAGGTTTTTGTCAAAACATTGAAGGGGACTCACTTCGAAATCCAAGTGAAGCCCGAAGACACGGTTGGTGATGTGAAGAAAAATATAGAAAGTGTTCAAGGAGCAGATGTTTATCCTGCTGCCCAACAGCTGCTTATCCATCAAGGCAAAGTTCTTAAAGATCCAACCACTTTGGATGAAAACAAAGTTGCTGACAGTAGTTTCATTGTCATTATGTTATCCAATAAAAAAAACACCTCCGGTGAAGCTTCAACAGC...

CDS

下载 CDS FASTA

1077 bp · LXL04_021378|LXL04_021378|OH1004|CDS

ATGAAGGTTTTTGTCAAAACATTGAAGGGGACTCACTTCGAAATCCAAGTGAAGCCCGAAGACACGGTTGGTGATGTGAAGAAAAATATAGAAAGTGTTCAAGGAGCAGATGTTTATCCTGCTGCCCAACAGCTGCTTATCCATCAAGGCAAAGTTCTTAAAGATCCAACCACTTTGGATGAAAACAAAGTTGCTGACAGTAGTTTCATTGTCATTATGTTATCCAATAAAAAAAACACCTCCGGTGAAGCTTCAACAGC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

358 aa · LXL04_021378|LXL04_021378|OH1004|PROTEIN

MKVFVKTLKGTHFEIQVKPEDTVGDVKKNIESVQGADVYPAAQQLLIHQGKVLKDPTTLDENKVADSSFIVIMLSNKKNTSGEASTASAAPAPPVTVTPAPAVASPAPPPAAAAAAPENVYGQAASHLVAGTNLEGAVEQILDMGGGMWDRETVIRALRAAFNNPERAVEYLYSGIPEQAQPPPATTAPPVPAVNPQPTQPPPVAPTGPNANPLDLFPQGLPDMGGNTPAGGGGGNLDFLRNSPQFQAFRTMVQANPQIL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_021378`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_021378

位置 Chr04:128538577-128541854 (+)

描述 Similar to RAD23C: Ubiquitin receptor RAD23c

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g02540`	可能参与核苷酸切除修复（基于相似性）。	暂无已核实直接文献
`At5g38470`	可能参与核苷酸切除修复（基于相似性）。	暂无已核实直接文献
`At1g79650`	可能参与核苷酸切除修复（基于相似性）。	The RAD23 family provides an essential connection between the 26S proteasome and ubiquitylated proteins in Arabidopsis.2010 · DOI: 10.1105/tpc.109.072660 RAD4 and RAD23/HMR Contribute to Arabidopsis UV Tolerance.2017 · DOI: 10.3390/genes9010008
`At1g16190`	可能参与核苷酸切除修复（基于相似性）。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os09g0407200`	可能参与核苷酸切除修复（基于相似性）。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_021378 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006289 nucleotide-excision repair 生物过程

GO:0009409 response to cold 生物过程

GO:0009411 response to UV 生物过程

GO:0009650 UV protection 生物过程

GO:0043161 proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005654 nucleoplasm 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0009536 plastid 细胞组分

GO:0003684 damaged DNA binding 分子功能

GO:0031593 polyubiquitin modification-dependent protein binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G16190

ath:AT1G79650

ath:AT3G02540

ath:AT5G38470

dosa:Os09g0407200

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.672

排名 1 · LXL04_021378 · OH-1004

细胞核0.645

排名 2 · LXL04_021378 · OH-1004

内质网0.071

排名 3 · LXL04_021378 · OH-1004

细胞膜0.051

排名 4 · LXL04_021378 · OH-1004

线粒体0.045

排名 5 · LXL04_021378 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF11976.15Rad60-SLD1-73 aa

PF00240.30ubiquitin3-76 aa

PF00627.38UBA137-172 aa

PF09280.17XPC-binding237-292 aa

PF00627.38UBA314-349 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_021378	`PF11976.15`	Rad60-SLD	1	73	3e-06	27.7
LXL04_021378	`PF00240.30`	ubiquitin	3	76	5.8e-17	61.9
LXL04_021378	`PF00627.38`	UBA	137	172	1.5e-23	82.9
LXL04_021378	`PF09280.17`	XPC-binding	237	292	1.1e-23	83.4
LXL04_021378	`PF00627.38`	UBA	314	349	1.5e-23	82.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q84L31`	拟南芥	Ubiquitin receptor RAD23c	61.466%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q84L30`	拟南芥	Ubiquitin receptor RAD23d	66.841%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q84L33`	拟南芥	Ubiquitin receptor RAD23b	56.168%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q84L32`	拟南芥	Probable ubiquitin receptor RAD23a	55.053%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q40742`	水稻	Probable ubiquitin receptor RAD23	56.522%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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