LXL04_021371 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_021371

当前版本: OH-1004 染色体: Chr04 坐标: 128363514-128367138 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2943 bp · LXL04_021371|LXL04_021371|OH1004|cDNA

AATCCTCACATGATCTTTAACATACTGCCATTATCTTATCACTACTGCCCTAAACccttcccttctttcttcctataTATACACCTTCCTTTACCCTTCCCACATCACCACCTTAAAACACCAACAATGGTGTCTTCTTCTCCGGCGGCGGTACCCATCTTTTACCTTACGGTGTTTCTTGTTATATCTTCATGTATAACTGGTACCTTTTCCCAAGCCACTCCGGCGACTTCACCACCCACCAAGATCGGCAATGGCTA...

CDS

下载 CDS FASTA

2934 bp · LXL04_021371|LXL04_021371|OH1004|CDS

ATGATCTTTAACATACTGCCATTATCTTATCACTACTGCCCTAAACCCTTCCCTTCTTTCTTCCTATATATACACCTTCCTTTACCCTTCCCACATCACCACCTTAAAACACCAACAATGGTGTCTTCTTCTCCGGCGGCGGTACCCATCTTTTACCTTACGGTGTTTCTTGTTATATCTTCATGTATAACTGGTACCTTTTCCCAAGCCACTCCGGCGACTTCACCACCCACCAAGATCGGCAATGGCTACACTCTCGT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

977 aa · LXL04_021371|LXL04_021371|OH1004|PROTEIN

MIFNILPLSYHYCPKPFPSFFLYIHLPLPFPHHHLKTPTMVSSSPAAVPIFYLTVFLVISSCITGTFSQATPATSPPTKIGNGYTLVSLQESSDGGLVGRLQVNRRNYIYGADIPFLQLYIKHETDDRLRVHISDAQQQRWEVPYDILPRDKPPTPSTQTIGRSRQNPITVSEFSGGELIFSCISNPFSFAVRRKSNGETLFNSTSDQSAPYNSLVFKDQYLEISTSLPKDASLYGLGENTQPHGIKLNPNEPYTLWTTD...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_021371`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_021371

位置 Chr04:128363514-128367138 (-)

描述 Similar to XYL1: Alpha-xylosidase 1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g68560`	糖苷水解酶从木葡聚糖寡糖的非还原端释放木糖基残基。	AXY3 encodes a α-xylosidase that impacts the structure and accessibility of the hemicellulose xyloglucan in Arabidopsis plant cell walls.2011 · DOI: 10.1007/s00425-010-1330-7
`At3g45940`	推测为α-木糖苷酶2。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os06g0675700`	可能的 α-葡萄糖苷酶 Os06g0675700。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_021371 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000272 polysaccharide catabolic process 生物过程

GO:0005975 carbohydrate metabolic process 生物过程

GO:0010411 xyloglucan metabolic process 生物过程

GO:0045493 xylan catabolic process 生物过程

GO:0046686 response to cadmium ion 生物过程

GO:0071555 cell wall organization 生物过程

GO:0005576 extracellular region 细胞组分

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0009505 plant-type cell wall 细胞组分

GO:0009506 plasmodesma 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G68560

ath:AT3G45940

dosa:Os06g0675700

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

溶酶体／液泡0.480

排名 1 · LXL04_021371 · OH-1004

细胞外0.222

排名 2 · LXL04_021371 · OH-1004

内质网0.121

排名 3 · LXL04_021371 · OH-1004

细胞质0.119

排名 4 · LXL04_021371 · OH-1004

细胞膜0.096

排名 5 · LXL04_021371 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13802.13Gal_mutarotas_2125-298 aa

PF01055.33Glyco_hydro_31_2nd342-715 aa

PF21365.4Glyco_hydro_31_3rd723-812 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_021371	`PF13802.13`	Gal_mutarotas_2	125	298	8.4e-14	53.0
LXL04_021371	`PF01055.33`	Glyco_hydro_31_2nd	342	715	4.6e-121	404.8
LXL04_021371	`PF21365.4`	Glyco_hydro_31_3rd	723	812	2.8e-20	73.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9S7Y7`	拟南芥	Alpha-xylosidase 1	72.829%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`F4J6T7`	拟南芥	Putative alpha-xylosidase 2	64.040%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q653V7`	水稻	Probable alpha-glucosidase Os06g0675700	49.885%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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