LXL04_021322 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_021322

当前版本: OH-1004 染色体: Chr04 坐标: 127330191-127332445 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2103 bp · LXL04_021322|LXL04_021322|OH1004|cDNA

ATGCTGCCTACTTTTGTTCTTTCGATTTTCTTGATTCTATGCAACTCCCATTTCATAGTTCATATAGATTGTTTAAACGATGAAGGGTACACTCTTTTAACCTTCAAACAATCGATTACACAAGACCCTGATGGATCTTTAAACAACTGGAACTATTCCGATGAAACCCCATGTTCGTGGAATGGCATTGCATGCACAGAACAAAAAGTAATTTCCGTTAGTATACCCAAGAAAAAGCTTCTAGGGTTCATATCCCCTGT...

CDS

下载 CDS FASTA

2103 bp · LXL04_021322|LXL04_021322|OH1004|CDS

ATGCTGCCTACTTTTGTTCTTTCGATTTTCTTGATTCTATGCAACTCCCATTTCATAGTTCATATAGATTGTTTAAACGATGAAGGGTACACTCTTTTAACCTTCAAACAATCGATTACACAAGACCCTGATGGATCTTTAAACAACTGGAACTATTCCGATGAAACCCCATGTTCGTGGAATGGCATTGCATGCACAGAACAAAAAGTAATTTCCGTTAGTATACCCAAGAAAAAGCTTCTAGGGTTCATATCCCCTGT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

700 aa · LXL04_021322|LXL04_021322|OH1004|PROTEIN

MLPTFVLSIFLILCNSHFIVHIDCLNDEGYTLLTFKQSITQDPDGSLNNWNYSDETPCSWNGIACTEQKVISVSIPKKKLLGFISPVLGSLSELRHLNLRNNKFMGGLPIELFSAEKLQSLVLYGNSLSGSLPNEINRLSYLQTLDLSKNFFNGSIPISLIQCKRLRSLDLSQNNFTGSLPNGFGSNLGYLEELNLSFNQFSGSIPNDLGNLSNLQGTVDLSHNFFNGSIPPSLGNLPEKVYIDLTYNNLTGSIPQNGAL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_021322`
TK1151 ID	TkA05G380300
OH-1004 ID	LXL04_021322
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	99.400
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_021322

位置 Chr04:127330191-127332445 (-)

描述 Similar to ZAR1: Receptor protein kinase-like protein ZAR1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g01210`	受体蛋白激酶，在早期合子发育过程中充当细胞内钙和异三聚体 G 蛋白信号与细胞外信号的整合器。	暂无已核实直接文献
`At1g66830`	可能是失活的富含亮氨酸重复序列的受体样蛋白激酶 At1g66830。	暂无已核实直接文献
`At4g37250`	可能的 LRR 类似受体丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶 At4g37250。	暂无已核实直接文献
`At4g34220`	受体蛋白激酶样蛋白At4g34220。	暂无已核实直接文献
`At3g56100`	能磷酸化 AGL24。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_021322 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009789 positive regulation of abscisic acid-activated signaling pathway 生物过程

GO:0010030 positive regulation of seed germination 生物过程

GO:0010069 zygote asymmetric cytokinesis in embryo sac 生物过程

GO:0010070 zygote asymmetric cell division 生物过程

GO:0042631 cellular response to water deprivation 生物过程

GO:0046777 protein autophosphorylation 生物过程

GO:0062207 regulation of pattern recognition receptor signaling pathway 生物过程

GO:0005576 extracellular region 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0009505 plant-type cell wall 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0009570 chloroplast stroma 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G66830

ath:AT2G01210

ath:AT3G56100

ath:AT4G34220

ath:AT4G37250

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.872

排名 1 · LXL04_021322 · OH-1004

内质网0.082

排名 2 · LXL04_021322 · OH-1004

细胞质0.062

排名 3 · LXL04_021322 · OH-1004

细胞核0.043

排名 4 · LXL04_021322 · OH-1004

溶酶体／液泡0.025

排名 5 · LXL04_021322 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF08263.18LRRNT_225-66 aa

PF23598.2LRR_1490-216 aa

PF13855.13LRR_893-150 aa

PF12799.14LRR_4142-180 aa

PF13855.13LRR_8165-224 aa

PF00069.32Pkinase406-691 aa

PF07714.24PK_Tyr_Ser-Thr406-693 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_021322	`PF08263.18`	LRRNT_2	25	66	5.8e-14	52.8
LXL04_021322	`PF23598.2`	LRR_14	90	216	8.2e-11	42.0
LXL04_021322	`PF13855.13`	LRR_8	93	150	4.5e-12	46.3
LXL04_021322	`PF12799.14`	LRR_4	142	180	4.3e-09	37.0
LXL04_021322	`PF13855.13`	LRR_8	165	224	4.5e-12	46.3
LXL04_021322	`PF00069.32`	Pkinase	406	691	5.4e-32	112.0
LXL04_021322	`PF07714.24`	PK_Tyr_Ser-Thr	406	693	6.2e-32	111.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9ZU46`	拟南芥	Receptor protein kinase-like protein ZAR1	63.497%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9C9N5`	拟南芥	Probable inactive leucine-rich repeat receptor-like protein kinase At1g66830	50.000%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`C0LGS3`	拟南芥	Probable LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase At4g37250	37.841%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q94C77`	拟南芥	Receptor protein kinase-like protein At4g34220	37.565%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`C0LGP9`	拟南芥	Probable leucine-rich repeat receptor-like protein kinase IMK3	32.301%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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