LXL04_021170 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_021170

当前版本: OH-1004 染色体: Chr04 坐标: 123165924-123167769 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1593 bp · LXL04_021170|LXL04_021170|OH1004|cDNA

ATGACTATGGAATCATCATCATCCAAATCACTGCGATTCATCTCGCATCAATCGTTCTTCTCGGCGGTCCGATCAGGCGACCTTGAATCACTAAAACTGATCGTAAACGATGAAGATTCCGACTCAGCGTCGGCGTCTGCTCTAATGGCGATGCAAACCGAGGCCGGCGAGACGGCGCTGTACATCGCCGCTGAGAACAACTTCCAGGAAGTGTTTAATTACTTACTCAAGTTCTGTGATCTTGAAACTGTGAAGATTAG...

CDS

下载 CDS FASTA

1593 bp · LXL04_021170|LXL04_021170|OH1004|CDS

ATGACTATGGAATCATCATCATCCAAATCACTGCGATTCATCTCGCATCAATCGTTCTTCTCGGCGGTCCGATCAGGCGACCTTGAATCACTAAAACTGATCGTAAACGATGAAGATTCCGACTCAGCGTCGGCGTCTGCTCTAATGGCGATGCAAACCGAGGCCGGCGAGACGGCGCTGTACATCGCCGCTGAGAACAACTTCCAGGAAGTGTTTAATTACTTACTCAAGTTCTGTGATCTTGAAACTGTGAAGATTAG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

530 aa · LXL04_021170|LXL04_021170|OH1004|PROTEIN

MTMESSSSKSLRFISHQSFFSAVRSGDLESLKLIVNDEDSDSASASALMAMQTEAGETALYIAAENNFQEVFNYLLKFCDLETVKIRSKSDFNAFHIAAKLGHLGIVNELLRLYPELCKVCNTTNTSPLYTAAVKDHLNVVNAMLDADVTCIRIVRKNGKTALHTTARCGQTNMVKTLIERDPEIVPIKDKKGQTALHMAVKGQNTTVVDELLTANHSILNERDKFGNTAIHIATRKCRSQIVNLLLSFTTISVNVINNQ...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_021170`
TK1151 ID	TkA05G360400
OH-1004 ID	LXL04_021170
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	99.800
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_021170

位置 Chr04:123165924-123167769 (-)

描述 Similar to At2g01680: Ankyrin repeat-containing protein At2g01680

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g01680`	含锚蛋白重复的蛋白 At2g01680。	暂无已核实直接文献
`At5g02620`	含锚蛋白重复序列的蛋白At5g02620。	暂无已核实直接文献
`At3g12360`	参与耐盐胁迫。	ITN1, a novel gene encoding an ankyrin-repeat protein that affects the ABA-mediated production of reactive oxygen species and is involved in salt-stress tolerance in Arabidopsis thaliana.2008 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2008.03614.x

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os01g0837000`	参与耐盐胁迫。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_021170 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000281 mitotic cytokinesis 生物过程

GO:0007009 plasma membrane organization 生物过程

GO:0007165 signal transduction 生物过程

GO:0007528 neuromuscular junction development 生物过程

GO:0009651 response to salt stress 生物过程

GO:0010628 positive regulation of gene expression 生物过程

GO:0010650 positive regulation of cell communication by electrical coupling 生物过程

GO:0010765 positive regulation of sodium ion transport 生物过程

GO:0010960 magnesium ion homeostasis 生物过程

GO:0030951 establishment or maintenance of microtubule cytoskeleton polarity 生物过程

GO:0032507 maintenance of protein location in cell 生物过程

GO:0034112 positive regulation of homotypic cell-cell adhesion 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G01680

ath:AT3G12360

ath:AT5G02620

dosa:Os01g0837000

mmu:11735

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.832

排名 1 · LXL04_021170 · OH-1004

细胞质0.081

排名 2 · LXL04_021170 · OH-1004

内质网0.078

排名 3 · LXL04_021170 · OH-1004

细胞核0.052

排名 4 · LXL04_021170 · OH-1004

溶酶体／液泡0.037

排名 5 · LXL04_021170 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF12796.14Ank_221-111 aa

PF13857.13Ank_589-129 aa

PF12796.14Ank_295-185 aa

PF12796.14Ank_2130-216 aa

PF13857.13Ank_5178-234 aa

PF12796.14Ank_2189-255 aa

PF13637.13Ank_4197-247 aa

PF12796.14Ank_2207-290 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_021170	`PF12796.14`	Ank_2	21	111	3.8e-49	165.9
LXL04_021170	`PF13857.13`	Ank_5	89	129	7.2e-22	77.9
LXL04_021170	`PF12796.14`	Ank_2	95	185	3.8e-49	165.9
LXL04_021170	`PF12796.14`	Ank_2	130	216	3.8e-49	165.9
LXL04_021170	`PF13857.13`	Ank_5	178	234	7.2e-22	77.9
LXL04_021170	`PF12796.14`	Ank_2	189	255	3.8e-49	165.9
LXL04_021170	`PF13637.13`	Ank_4	197	247	9.1e-21	74.2
LXL04_021170	`PF12796.14`	Ank_2	207	290	3.8e-49	165.9
LXL04_021170	`PF13962.12`	PGG	342	451	1e-25	90.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9ZU96`	拟南芥	Ankyrin repeat-containing protein At2g01680	65.849%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q6AWW5`	拟南芥	Ankyrin repeat-containing protein At5g02620	40.840%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9C7A2`	拟南芥	Ankyrin repeat-containing protein ITN1	39.535%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`A2CIR5`	水稻	Ankyrin repeat-containing protein NPR4	37.798%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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