LXL04_021056 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_021056

当前版本: OH-1004 染色体: Chr04 坐标: 120151747-120153942 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1026 bp · LXL04_021056|LXL04_021056|OH1004|cDNA

ATGGGTTCAGAATCAGAGGTACCAGTGTCCCTTTTGATCGAGAGACTCATGGCGATGCCCTTCTTCTCAGGCTTCACACCCACCAGACCCGAATCGGATTCGAGCAACGATTCCGAACATCCGGATCATGAATCTACAAACAGTCATCATCCGGGTTCGTCACCTGATCGGATCATCCTGATCAACCCGATGACGCAAGGAATGGTGGTGATCAGAGGTAGCTCGACGGGTTTCGATTCCCTGATGAACGATCTGATGAG...

CDS

下载 CDS FASTA

1026 bp · LXL04_021056|LXL04_021056|OH1004|CDS

ATGGGTTCAGAATCAGAGGTACCAGTGTCCCTTTTGATCGAGAGACTCATGGCGATGCCCTTCTTCTCAGGCTTCACACCCACCAGACCCGAATCGGATTCGAGCAACGATTCCGAACATCCGGATCATGAATCTACAAACAGTCATCATCCGGGTTCGTCACCTGATCGGATCATCCTGATCAACCCGATGACGCAAGGAATGGTGGTGATCAGAGGTAGCTCGACGGGTTTCGATTCCCTGATGAACGATCTGATGAG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

341 aa · LXL04_021056|LXL04_021056|OH1004|PROTEIN

MGSESEVPVSLLIERLMAMPFFSGFTPTRPESDSSNDSEHPDHESTNSHHPGSSPDRIILINPMTQGMVVIRGSSTGFDSLMNDLMRKDGQPPASQTSIDTMPSVEIKGTDELECLEGECVICLEEWGVGDVVKEMPCKHKFHGGCVEKWLKIHGSCPVCRHQMPVDCSDKKTGDEGVRGRREIWVTFSFADGRSTSEGSVESNQESTKEPFNNSFTLVSHPNVLIFQRRKFADLQLPTAKIKQRGGVTVVNFQVFNKAY...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_021056`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_021056

位置 Chr04:120151747-120153942 (+)

描述 Similar to MPSR1: E3 ubiquitin-protein ligase MPSR1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g26800`	参与蛋白质质量控制（PQC）应对蛋白毒性应激的E3泛素蛋白连接酶。	MPSR1 is a cytoplasmic PQC E3 ligase for eliminating emergent misfolded proteins in Arabidopsis thaliana.2017 · DOI: 10.1073/pnas.1713574114
`At3g19950`	E3 泛素蛋白连接酶以硫酯的形式接受来自 E2 泛素结合酶的泛素，然后将泛素直接转移至目标底物。	暂无已核实直接文献
`At3g46620`	参与正向调控脱落酸依赖干旱胁迫响应的E3泛素蛋白连接酶。	Suppression of Arabidopsis RING-DUF1117 E3 ubiquitin ligases, AtRDUF1 and AtRDUF2, reduces tolerance to ABA-mediated drought stress.2012 · DOI: 10.1016/j.bbrc.2012.02.131 The E3 ligase AtRDUF1 positively regulates salt stress responses in Arabidopsis thaliana.2013 · DOI: 10.1371/journal.pone.0071078
`At5g20910`	E3 泛素蛋白连接酶，作为脱落酸（ABA）信号的负调控因子。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_021056 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000209 protein polyubiquitination 生物过程

GO:0006511 ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程

GO:0009414 response to water deprivation 生物过程

GO:0009737 response to abscisic acid 生物过程

GO:0009738 abscisic acid-activated signaling pathway 生物过程

GO:0009788 negative regulation of abscisic acid-activated signaling pathway 生物过程

GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程

GO:0051865 protein autoubiquitination 生物过程

GO:0061635 regulation of protein complex stability 生物过程

GO:0071218 cellular response to misfolded protein 生物过程

GO:0071456 cellular response to hypoxia 生物过程

GO:0071629 cytoplasm protein quality control by the ubiquitin-proteasome system 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G26800

ath:AT3G19950

ath:AT3G46620

ath:AT5G20910

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.490

排名 1 · LXL04_021056 · OH-1004

细胞核0.447

排名 2 · LXL04_021056 · OH-1004

细胞膜0.101

排名 3 · LXL04_021056 · OH-1004

内质网0.085

排名 4 · LXL04_021056 · OH-1004

线粒体0.080

排名 5 · LXL04_021056 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13639.13zf-RING_2119-161 aa

PF17123.12zf-RING_11119-147 aa

PF13923.13zf-C3HC4_2119-160 aa

PF12678.14zf-rbx1119-161 aa

PF00097.32zf-C3HC4120-160 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_021056	`PF13639.13`	zf-RING_2	119	161	1.1e-15	58.3
LXL04_021056	`PF17123.12`	zf-RING_11	119	147	5.3e-09	36.3
LXL04_021056	`PF13923.13`	zf-C3HC4_2	119	160	6.7e-08	32.9
LXL04_021056	`PF12678.14`	zf-rbx1	119	161	3.3e-06	28.0
LXL04_021056	`PF00097.32`	zf-C3HC4	120	160	9.5e-07	29.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9LQX2`	拟南芥	E3 ubiquitin-protein ligase MPSR1	49.495%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q8LPN7`	拟南芥	E3 ubiquitin-protein ligase RING1-like	41.000%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9SNB6`	拟南芥	E3 ubiquitin-protein ligase RDUF1	37.815%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q8RXD3`	拟南芥	E3 ubiquitin-protein ligase AIP2	40.206%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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