LXL04_020980 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_020980

当前版本: OH-1004 染色体: Chr04 坐标: 117164622-117171874 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

3660 bp · LXL04_020980|LXL04_020980|OH1004|cDNA

ATGAAGGGGTGGAGAGAGGCATCCGGATCAAGACAAAGCAGCGATAGTGTATCCTCCGGTACGCCGCTGGTTATTGATAGGAATCTCTCGTCGAGCACCATCCGACTTGGTCGAGTTCAACCCCAGGCGCCAGGTCATCGCACTGTTTTCTGCAACGATCGCGAAGCCAACCAACTTGCGAAGTACAAGGGAAATTCCGTATCAACAACAAAATACAACGTTGCTACCTTTTTACCAAAGGGGCTCTATGAGCAGTTTAG...

CDS

下载 CDS FASTA

3660 bp · LXL04_020980|LXL04_020980|OH1004|CDS

ATGAAGGGGTGGAGAGAGGCATCCGGATCAAGACAAAGCAGCGATAGTGTATCCTCCGGTACGCCGCTGGTTATTGATAGGAATCTCTCGTCGAGCACCATCCGACTTGGTCGAGTTCAACCCCAGGCGCCAGGTCATCGCACTGTTTTCTGCAACGATCGCGAAGCCAACCAACTTGCGAAGTACAAGGGAAATTCCGTATCAACAACAAAATACAACGTTGCTACCTTTTTACCAAAGGGGCTCTATGAGCAGTTTAG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1219 aa · LXL04_020980|LXL04_020980|OH1004|PROTEIN

MKGWREASGSRQSSDSVSSGTPLVIDRNLSSSTIRLGRVQPQAPGHRTVFCNDREANQLAKYKGNSVSTTKYNVATFLPKGLYEQFRRVANLYFLTISCLSFTPVSPVSPITNVIPLSLVLFVSLVKEAFEDWKRLQNDMTINNSSVEVLQDQRWEATPWKKLQVGDIVRVRQDTFFPADLLLLASTNPDGICYTETANLDGETNLKIRKALEKTWDYVTPEKASEFKGEIHCEQPNNSLYTFTGNLLLQKQTIPIGPNQ...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_020980`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_020980

位置 Chr04:117164622-117171874 (-)

描述 Similar to ALA3: Phospholipid-transporting ATPase 3

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g59820`	参与磷脂的运输。	The Arabidopsis P4-ATPase ALA3 localizes to the golgi and requires a beta-subunit to function in lipid translocation and secretory vesicle formation.2008 · DOI: 10.1105/tpc.107.054767 IRREGULAR TRICHOME BRANCH 2 (ITB2) encodes a putative aminophospholipid translocase that regulates trichome branch elongation in Arabidopsis.2009 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2009.03954.x Intracellular targeting signals and lipid specificity determinants of the ALA/ALIS P4-ATPase complex reside in the catalytic ALA alpha-subunit.2010 · DOI: 10.1091/mbc.e09-08-0656 Loss of the Arabidopsis thaliana P₄-ATPase ALA3 reduces adaptability to temperature stresses and impairs vegetative, pollen, and ovule development.2013 · DOI: 10.1371/journal.pone.0062577 An Arabidopsis Lipid Flippase Is Required for Timely Recruitment of Defenses to the Host-Pathogen Interface at the Plant Cell Surface.2017 · DOI: 10.1016/j.molp.2017.04.003
`At1g68710`	参与磷脂的运输。	暂无已核实直接文献
`At3g25610`	参与磷脂的运输。	暂无已核实直接文献
`At1g13210`	参与磷脂的运输。	暂无已核实直接文献
`At3g27870`	参与磷脂的运输。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_020980 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0002237 response to molecule of bacterial origin 生物过程

GO:0002238 response to molecule of fungal origin 生物过程

GO:0006893 Golgi to plasma membrane transport 生物过程

GO:0008104 intracellular protein localization 生物过程

GO:0009860 pollen tube growth 生物过程

GO:0010183 pollen tube guidance 生物过程

GO:0015031 protein transport 生物过程

GO:0016192 vesicle-mediated transport 生物过程

GO:0042742 defense response to bacterium 生物过程

GO:0045332 phospholipid translocation 生物过程

GO:0048194 Golgi vesicle budding 生物过程

GO:0048364 root development 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G13210

ath:AT1G59820

ath:AT1G68710

ath:AT3G25610

ath:AT3G27870

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.454

排名 1 · LXL04_020980 · OH-1004

内质网0.264

排名 2 · LXL04_020980 · OH-1004

细胞质0.227

排名 3 · LXL04_020980 · OH-1004

高尔基体0.194

排名 4 · LXL04_020980 · OH-1004

溶酶体／液泡0.123

排名 5 · LXL04_020980 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF16209.11PhoLip_ATPase_N49-113 aa

PF13246.13Cation_ATPase505-703 aa

PF00702.33Hydrolase662-753 aa

PF16212.12PhoLip_ATPase_C886-1132 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_020980	`PF16209.11`	PhoLip_ATPase_N	49	113	5.2e-26	90.9
LXL04_020980	`PF13246.13`	Cation_ATPase	505	703	1.1e-24	87.9
LXL04_020980	`PF00702.33`	Hydrolase	662	753	4e-08	34.6
LXL04_020980	`PF16212.12`	PhoLip_ATPase_C	886	1132	2.9e-79	267.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9XIE6`	拟南芥	Phospholipid-transporting ATPase 3	73.658%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9SX33`	拟南芥	Putative phospholipid-transporting ATPase 9	46.714%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9LI83`	拟南芥	Phospholipid-transporting ATPase 10	46.479%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9SAF5`	拟南芥	Probable phospholipid-transporting ATPase 11	46.262%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9LK90`	拟南芥	Probable phospholipid-transporting ATPase 8	46.085%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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