LXL04_020914 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_020914

当前版本: OH-1004 染色体: Chr04 坐标: 114771155-114778806 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

5505 bp · LXL04_020914|LXL04_020914|OH1004|cDNA

ATGGAGCATTCTGGTTCGGCTAATTCATCAGTAGCTGGAACCAGTGGCCGTTCAGTGGCATTCGAAATTGATCTTAATGAAGCACCCCTTCCTTCTCCCCGAGAAATTGTCGGTGGCAGCGGAGCTGGTTTTGCGGCGGAGCACCGATGCGGTTCTTGCGGCGAGCTGGAAGGGTCCATGGTGATATGTGGTGATTGCGGGAGGCGGTTCCATGTCGAGTGTTTAGGCGTGAGAGAAGAGCAAAGAGAATGGAAGTGTTT...

CDS

下载 CDS FASTA

5505 bp · LXL04_020914|LXL04_020914|OH1004|CDS

ATGGAGCATTCTGGTTCGGCTAATTCATCAGTAGCTGGAACCAGTGGCCGTTCAGTGGCATTCGAAATTGATCTTAATGAAGCACCCCTTCCTTCTCCCCGAGAAATTGTCGGTGGCAGCGGAGCTGGTTTTGCGGCGGAGCACCGATGCGGTTCTTGCGGCGAGCTGGAAGGGTCCATGGTGATATGTGGTGATTGCGGGAGGCGGTTCCATGTCGAGTGTTTAGGCGTGAGAGAAGAGCAAAGAGAATGGAAGTGTTT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1834 aa · LXL04_020914|LXL04_020914|OH1004|PROTEIN

MEHSGSANSSVAGTSGRSVAFEIDLNEAPLPSPREIVGGSGAGFAAEHRCGSCGELEGSMVICGDCGRRFHVECLGVREEQREWKCFECLIECRSGRTSSRTAGGGCGSGLFDMNSSPPREADGVEEDYFVNSELVLAASFPKPKMQDMRRNPFFGFTLSSQMANSDMRLIASGFPSQNPSCSMTRFAHLNLETATQKGNIVYLEALKDFISEKQGVLGDGWRVKFEYSEKNYKTSAIYFAPNGTRFDSMSEVAHHLGLI...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_020914`
TK1151 ID	TkA05G332910
OH-1004 ID	LXL04_020914
关系 / 置信度	序列支持，注释或模型存在差异 / 待复核
蛋白一致性 (%)	96.700
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 97.422 / OH-1004 59.815 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_020914

位置 Chr04:114771155-114778806 (-)

描述 Similar to MBD9: Methyl-CpG-binding domain-containing protein 9

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g01460`	可能的转录调节因子，充当组蛋白乙酰转移酶。	AtMBD9: a protein with a methyl-CpG-binding domain regulates flowering time and shoot branching in Arabidopsis.2006 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2006.02691.x AtMBD9 modulates Arabidopsis development through the dual epigenetic pathways of DNA methylation and histone acetylation.2009 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2009.03860.x

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_020914 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000122 negative regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程

GO:0006325 chromatin organization 生物过程

GO:0006334 nucleosome assembly 生物过程

GO:0006338 chromatin remodeling 生物过程

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006352 DNA-templated transcription initiation 生物过程

GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006511 ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程

GO:0010223 secondary shoot formation 生物过程

GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程

GO:0031048 regulatory ncRNA-mediated heterochromatin formation 生物过程

GO:0031507 heterochromatin formation 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G01460

dre:406350

hsa:51773

spo:2541299

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.951

排名 1 · LXL04_020914 · OH-1004

细胞质0.103

排名 2 · LXL04_020914 · OH-1004

细胞膜0.032

排名 3 · LXL04_020914 · OH-1004

内质网0.014

排名 4 · LXL04_020914 · OH-1004

质体0.012

排名 5 · LXL04_020914 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00628.36PHD50-89 aa

PF13831.13PHD_259-89 aa

PF01429.26MBD210-258 aa

PF05965.20FYRC548-574 aa

PF00628.36PHD1142-1186 aa

PF15612.12WHIM11224-1267 aa

PF15613.12WSD1366-1446 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_020914	`PF00628.36`	PHD	50	89	3.3e-15	56.6
LXL04_020914	`PF13831.13`	PHD_2	59	89	2.1e-06	27.8
LXL04_020914	`PF01429.26`	MBD	210	258	2e-06	28.1
LXL04_020914	`PF05965.20`	FYRC	548	574	1.3e-06	29.2
LXL04_020914	`PF00628.36`	PHD	1142	1186	3.3e-15	56.6
LXL04_020914	`PF15612.12`	WHIM1	1224	1267	1e-09	38.5
LXL04_020914	`PF15613.12`	WSD	1366	1446	2.1e-09	38.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9SGH2`	拟南芥	Methyl-CpG-binding domain-containing protein 9	39.353%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情