LXL04_020738 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_020738

当前版本: OH-1004 染色体: Chr04 坐标: 107265845-107268923 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1446 bp · LXL04_020738|LXL04_020738|OH1004|cDNA

ATGCCACGAAAAGCTTTGGACTATGACCAAATTAATGAGAATGTGAAGAAGGCCCAGTATGCTGTGAGGGGTGAGCTTTACCTTCGTGCTTCAGAGCTTCAAAAGGAGGGCAAGAAGATTATCTTCACAAATGTGGGCAATCCTCATGCTCTTGGACAGAAGCCTCTAACATTCCCTCGTCAGGTGGTTGCTCTTTGCCAGGCTCCATTTCTTCTTGATGATCCGAATGTAGGACTTTTATTCCCAGCTGATGCAATTGC...

CDS

下载 CDS FASTA

1446 bp · LXL04_020738|LXL04_020738|OH1004|CDS

ATGCCACGAAAAGCTTTGGACTATGACCAAATTAATGAGAATGTGAAGAAGGCCCAGTATGCTGTGAGGGGTGAGCTTTACCTTCGTGCTTCAGAGCTTCAAAAGGAGGGCAAGAAGATTATCTTCACAAATGTGGGCAATCCTCATGCTCTTGGACAGAAGCCTCTAACATTCCCTCGTCAGGTGGTTGCTCTTTGCCAGGCTCCATTTCTTCTTGATGATCCGAATGTAGGACTTTTATTCCCAGCTGATGCAATTGC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

481 aa · LXL04_020738|LXL04_020738|OH1004|PROTEIN

MPRKALDYDQINENVKKAQYAVRGELYLRASELQKEGKKIIFTNVGNPHALGQKPLTFPRQVVALCQAPFLLDDPNVGLLFPADAIAKAKLYLSYTAGGLGAYSDSRGLPGIRKEVAEFIGRRDGYPSDPELIYLTDGASKGVMQILQTVIRGPGDGILVPVPQYPLYSAAISLYGGSLVPYFLEETANWGLDIHNLRQSVADARSKGISVRAMVIINPGNPTGQCLSVDNLQQILRFCHQESLVLLGDEVYQQNVYQDE...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_020738`
TK1151 ID	TkA05G300040
OH-1004 ID	LXL04_020738
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_020738

位置 Chr04:107265845-107268923 (+)

描述 Similar to GGAT2: Glutamate--glyoxylate aminotransferase 2

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g70580`	催化过氧化物酶体中的 Glu:乙醛酸转氨酶、Ala:乙醛酸转氨酶、Ala:2-酮戊二酸转氨酶和 Glu:丙酮酸转氨酶反应。	暂无已核实直接文献
`At1g23310`	催化过氧化物酶体中的谷氨酸：乙醛酸、丙氨酸：乙醛酸、丙氨酸：2-酮戊二酸和谷氨酸：丙酮酸转氨酶反应。	Identification of photorespiratory glutamate:glyoxylate aminotransferase (GGAT) gene in Arabidopsis.2003 · DOI: 10.1046/j.1365-313x.2003.01688.x
`At1g72330`	丙氨酸氨基转移酶2，线粒体。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_020738 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0001666 response to hypoxia 生物过程

GO:0006545 glycine biosynthetic process 生物过程

GO:0009853 photorespiration 生物过程

GO:0042853 L-alanine catabolic process 生物过程

GO:0000325 plant-type vacuole 细胞组分

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0005759 mitochondrial matrix 细胞组分

GO:0005777 peroxisome 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G23310

ath:AT1G70580

ath:AT1G72330

ddi:DDB_G0285899

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.518

排名 1 · LXL04_020738 · OH-1004

过氧化物酶体0.240

排名 2 · LXL04_020738 · OH-1004

线粒体0.173

排名 3 · LXL04_020738 · OH-1004

细胞核0.160

排名 4 · LXL04_020738 · OH-1004

内质网0.064

排名 5 · LXL04_020738 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00155.28Aminotran_1_283-450 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_020738	`PF00155.28`	Aminotran_1_2	83	450	4.4e-39	135.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9S7E9`	拟南芥	Glutamate--glyoxylate aminotransferase 2	85.031%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9LR30`	拟南芥	Glutamate--glyoxylate aminotransferase 1	83.160%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9LDV4`	拟南芥	Alanine aminotransferase 2, mitochondrial	49.789%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情