LXL04_020711 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_020711

当前版本: OH-1004 染色体: Chr04 坐标: 106711211-106713377 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

768 bp · LXL04_020711|LXL04_020711|OH1004|cDNA

ATGGATATGATGTATTATCCACTTGGGAGGTCTTCTTATGAAGATTCTTTGAAGGTTATTGAGGCCGATATCCAACATGCTAATGCTTTGGCTGCTGCCATTCCTAGGTCCAAAGATGGGGCCCGATTTCAAATGAAATTGGTTCATGATCAATTGACACCTCTCATTATGTTCTTATTACAGTGGATAGATTCATCCTGCACATGTCTCCTCCCTAGATACTTGAATCTTTTCCATGTTCTTGTTTATAAGGTGTATAC...

CDS

下载 CDS FASTA

768 bp · LXL04_020711|LXL04_020711|OH1004|CDS

ATGGATATGATGTATTATCCACTTGGGAGGTCTTCTTATGAAGATTCTTTGAAGGTTATTGAGGCCGATATCCAACATGCTAATGCTTTGGCTGCTGCCATTCCTAGGTCCAAAGATGGGGCCCGATTTCAAATGAAATTGGTTCATGATCAATTGACACCTCTCATTATGTTCTTATTACAGTGGATAGATTCATCCTGCACATGTCTCCTCCCTAGATACTTGAATCTTTTCCATGTTCTTGTTTATAAGGTGTATAC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

255 aa · LXL04_020711|LXL04_020711|OH1004|PROTEIN

MDMMYYPLGRSSYEDSLKVIEADIQHANALAAAIPRSKDGARFQMKLVHDQLTPLIMFLLQWIDSSCTCLLPRYLNLFHVLVYKVYTDGRPKISRHGRKATVSDFYAVILPSLRRLHYDLVELDNNCKGESSELVISGQKRLEKDDGFTNIDLEREDECGICLEPCTKIVLPNCCHAMCINCYRDWNSRSASCPFCRGNIKRVKSRDLWVLTCTDEVIDADLVSKEDLLRFYLYINNLPKDSPDALFFMFYEYLI

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_020711`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_020711

位置 Chr04:106711211-106713377 (+)

描述 Similar to AIRP2: E3 ubiquitin-protein ligase AIRP2

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g01520`	在体外与 E2 酶 UBC8 结合时具有 E3 泛素蛋白连接酶活性。	The Arabidopsis RING E3 ubiquitin ligase AtAIRP2 plays combinatory roles with AtAIRP1 in abscisic acid-mediated drought stress responses.2011 · DOI: 10.1104/pp.111.185595 AtAIRP2 E3 Ligase Affects ABA and High-Salinity Responses by Stimulating Its ATP1/SDIRIP1 Substrate Turnover.2017 · DOI: 10.1104/pp.17.00467

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_020711 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006302 double-strand break repair 生物过程

GO:0006303 double-strand break repair via nonhomologous end joining 生物过程

GO:0006511 ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程

GO:0006974 DNA damage response 生物过程

GO:0009651 response to salt stress 生物过程

GO:0009737 response to abscisic acid 生物过程

GO:0009789 positive regulation of abscisic acid-activated signaling pathway 生物过程

GO:0010212 response to ionizing radiation 生物过程

GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程

GO:0034244 negative regulation of transcription elongation by RNA polymerase II 生物过程

GO:0035092 sperm DNA condensation 生物过程

GO:0040029 epigenetic regulation of gene expression 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT5G01520

bta:515933

dre:564271

gga:423039

xla:380076

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.422

排名 1 · LXL04_020711 · OH-1004

细胞核0.422

排名 2 · LXL04_020711 · OH-1004

细胞膜0.129

排名 3 · LXL04_020711 · OH-1004

内质网0.096

排名 4 · LXL04_020711 · OH-1004

线粒体0.083

排名 5 · LXL04_020711 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13920.13zf-C3HC4_3156-203 aa

PF13639.13zf-RING_2157-197 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_020711	`PF13920.13`	zf-C3HC4_3	156	203	8.9e-08	32.5
LXL04_020711	`PF13639.13`	zf-RING_2	157	197	2e-06	28.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9M022`	拟南芥	E3 ubiquitin-protein ligase AIRP2	45.957%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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