基因详情
输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
基因概览
LXL04_020693
当前版本: OH-1004
染色体: Chr04
坐标: 105160007-105166856
链方向: -
类型: protein_coding
cDNA / CDS / 蛋白序列
cDNA
下载 cDNA FASTA4362 bp · LXL04_020693|LXL04_020693|OH1004|cDNA
ATGTGGGGTTTTTGTTCTTCAATCGATTTTAGTTTTAGTTTCGAGGTTTTCGAATCTGCGTCAATGGCGGCTATTTTGAATATAGGCAATGTGTGCTTCTTCTTGTGGTTATTCATCTGGGGTTTCGCAGCTATTTTAAAGCAGAGACGAGGCGAAACAACAACATTCCCGATTAATTCCTCACGTTCTTCGATGATTACAGTCGTCTCCACCTTCCCAATCATGATTTCTCATATCGGTTTCTGTTTGTACAAGTTCAT...
CDS
下载 CDS FASTA4362 bp · LXL04_020693|LXL04_020693|OH1004|CDS
ATGTGGGGTTTTTGTTCTTCAATCGATTTTAGTTTTAGTTTCGAGGTTTTCGAATCTGCGTCAATGGCGGCTATTTTGAATATAGGCAATGTGTGCTTCTTCTTGTGGTTATTCATCTGGGGTTTCGCAGCTATTTTAAAGCAGAGACGAGGCGAAACAACAACATTCCCGATTAATTCCTCACGTTCTTCGATGATTACAGTCGTCTCCACCTTCCCAATCATGATTTCTCATATCGGTTTCTGTTTGTACAAGTTCAT...
1453 aa · LXL04_020693|LXL04_020693|OH1004|PROTEIN
MWGFCSSIDFSFSFEVFESASMAAILNIGNVCFFLWLFIWGFAAILKQRRGETTTFPINSSRSSMITVVSTFPIMISHIGFCLYKFIKHDVVPLDSIVLALTWCLASVVTVYSFFHRRKWPLVLVLFWCLSTIHYFVSVAFILINYFTSKDMHILLSTSNLIHMTTLPFSIILLFNGVTFCCIANKHKELEIDEPLLQQTSERSTSAFTNSGIWNRVTFNWLNPLFELGRIQKLEFHHVPSIPESETAEEAAYLLEESLH...
上下游序列下载
序列方向与下载说明
上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。
多版本 ID 对照
| 输入 ID | LXL04_020693 |
|---|---|
| 版本 | OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0 |
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004
展开后加载该基因的变异记录。
基因基本信息与功能注释
| 基因 ID | LXL04_020693 | ||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 位置 | Chr04:105160007-105166856 (-) | ||||||||||||||||||
| 描述 | Similar to ABCC3: ABC transporter C family member 3 | ||||||||||||||||||
| 拟南芥 / 水稻参考基因与文献 |
拟南芥
水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。 | ||||||||||||||||||
| 功能注释来源 | 查看注释来源功能注释来源：OH1004 · | ||||||||||||||||||
| GO 注释（OH1004 来源） | GO:0009624 response to nematode 生物过程 GO:0009651 response to salt stress 生物过程 GO:0030007 intracellular potassium ion homeostasis 生物过程 GO:0051707 response to other organism 生物过程 GO:0055085 transmembrane transport 生物过程 GO:0000325 plant-type vacuole 细胞组分 GO:0005634 nucleus 细胞组分 GO:0005773 vacuole 细胞组分 GO:0005774 vacuolar membrane 细胞组分 GO:0009506 plasmodesma 细胞组分 GO:0009507 chloroplast 细胞组分 GO:0016020 membrane 细胞组分 | ||||||||||||||||||
| KEGG 基因交叉引用 | ath:AT1G04120 ath:AT3G13080 ath:AT3G13090 ath:AT3G13100 ath:AT3G60160 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。 |
基因表达
查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。
数据来源与对应关系说明
表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。
亚细胞定位 Top 5
以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。
细胞膜0.342
溶酶体／液泡0.327
细胞质0.166
内质网0.163
高尔基体0.104
LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果
预测功能结构域
结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
PF00664.29ABC_membrane283-550 aaPF00005.34ABC_tran620-750 aaPF00664.29ABC_membrane901-1140 aaPF00005.34ABC_tran1230-1377 aa| 基因 ID | 结构域编号 | 结构域名称 | 起始 aa | 终止 aa | E 值 | 评分 |
|---|---|---|---|---|---|---|
| LXL04_020693 | PF00664.29 | ABC_membrane | 283 | 550 | 3.6e-49 | 168.6 |
| LXL04_020693 | PF00005.34 | ABC_tran | 620 | 750 | 2.6e-45 | 155.1 |
| LXL04_020693 | PF00664.29 | ABC_membrane | 901 | 1140 | 3.6e-49 | 168.6 |
| LXL04_020693 | PF00005.34 | ABC_tran | 1230 | 1377 | 2.6e-45 | 155.1 |
拟南芥 / 水稻蛋白同源
仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。
| 蛋白 | 物种 | 描述 | 一致性 | 数据库 | 置信等级 |
|---|---|---|---|---|---|
Q9LK64 | 拟南芥 | ABC transporter C family member 3 | 50.305% | Swiss-Prot | 强数据库同源证据 |
Q7GB25 | 拟南芥 | ABC transporter C family member 5 | 45.416% | Swiss-Prot | 中等数据库同源证据 |
Q8VZZ4 | 拟南芥 | ABC transporter C family member 6 | 45.905% | Swiss-Prot | 中等数据库同源证据 |
Q9LK62 | 拟南芥 | ABC transporter C family member 7 | 45.168% | Swiss-Prot | 中等数据库同源证据 |
Q9M1C7 | 拟南芥 | ABC transporter C family member 9 | 44.875% | Swiss-Prot | 中等数据库同源证据 |