LXL04_020586 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_020586

当前版本: OH-1004 染色体: Chr04 坐标: 93035377-93038489 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1659 bp · LXL04_020586|LXL04_020586|OH1004|cDNA

ATGGAGTCTCCGATTCTTCCTGCAATAATCCGATTCCGAGCTTCTGCAAATTCGTTTTTGTCACAGTTCGAACCTCTGGTCCTCTTTTTTGCTCCTCTCGTAACTTTCCTCATCGCCCAGATTGTTCAATCTCTTATTCAAGTTGTTCATGAGAAGGGATTCAAAGCGACGCTGATTGGTTTTGTCATGACATTGGCCAAGTTGGTGCCTGGTGTGAAGAGGTATATTGATGCTGAGAAACAGAAGGTGGTTGAGAAACT...

CDS

下载 CDS FASTA

1659 bp · LXL04_020586|LXL04_020586|OH1004|CDS

ATGGAGTCTCCGATTCTTCCTGCAATAATCCGATTCCGAGCTTCTGCAAATTCGTTTTTGTCACAGTTCGAACCTCTGGTCCTCTTTTTTGCTCCTCTCGTAACTTTCCTCATCGCCCAGATTGTTCAATCTCTTATTCAAGTTGTTCATGAGAAGGGATTCAAAGCGACGCTGATTGGTTTTGTCATGACATTGGCCAAGTTGGTGCCTGGTGTGAAGAGGTATATTGATGCTGAGAAACAGAAGGTGGTTGAGAAACT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

552 aa · LXL04_020586|LXL04_020586|OH1004|PROTEIN

MESPILPAIIRFRASANSFLSQFEPLVLFFAPLVTFLIAQIVQSLIQVVHEKGFKATLIGFVMTLAKLVPGVKRYIDAEKQKVVEKLQSSGKSQRDGWRTELPGSGLGNRVIEQMKAEKQKDAAWQGKCSGTVYIGGNESEGHFSLINEACSMFAHTNPLHLDVFKSVVRFEAEVVGMTAALLGSKDKASGGQVCGNMTSGGTESILLAVKSSRDYMKTKKNITCPEMIIPESAHSAYDKAAQYFKIKLWRVPVNKAFQA...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_020586`
TK1151 ID	TkA05G243410
OH-1004 ID	LXL04_020586
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	97.800
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_020586

位置 Chr04:93035377-93038489 (+)

描述 Similar to DPL1: Sphingosine-1-phosphate lyase

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g27980`	将磷酸化鞘氨醇碱裂解为脂肪醛和磷酸乙醇胺。	Arabidopsis mutants lacking long chain base phosphate lyase are fumonisin-sensitive and accumulate trihydroxy-18:1 long chain base phosphate.2007 · DOI: 10.1074/jbc.m705074200 Degradation of sphingoid long-chain base 1-phosphates (LCB-1Ps): functional characterization and expression of AtDPL1 encoding LCB-1P lyase involved in the dehydration stress response in Arabidopsis.2008 · DOI: 10.1093/pcp/pcn149

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os01g0100900`	将磷酸化鞘氨醇碱 (PSB)（例如 1-磷酸鞘氨醇）裂解为脂肪醛和磷酸乙醇胺。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_020586 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0001667 ameboidal-type cell migration 生物过程

GO:0006631 fatty acid metabolic process 生物过程

GO:0006672 ceramide metabolic process 生物过程

GO:0006935 chemotaxis 生物过程

GO:0007283 spermatogenesis 生物过程

GO:0008209 androgen metabolic process 生物过程

GO:0008210 estrogen metabolic process 生物过程

GO:0009791 post-embryonic development 生物过程

GO:0010761 fibroblast migration 生物过程

GO:0019752 carboxylic acid metabolic process 生物过程

GO:0030036 actin cytoskeleton organization 生物过程

GO:0030149 sphingolipid catabolic process 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G27980

ddi:DDB_G0282819

dosa:Os01g0100900

mmu:20397

rno:286896

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

内质网0.761

排名 1 · LXL04_020586 · OH-1004

细胞质0.106

排名 2 · LXL04_020586 · OH-1004

线粒体0.105

排名 3 · LXL04_020586 · OH-1004

细胞膜0.070

排名 4 · LXL04_020586 · OH-1004

细胞核0.058

排名 5 · LXL04_020586 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00282.26Pyridoxal_deC156-457 aa

PF00266.26Aminotran_5199-475 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_020586	`PF00282.26`	Pyridoxal_deC	156	457	1.5e-22	80.6
LXL04_020586	`PF00266.26`	Aminotran_5	199	475	1.1e-11	45.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9C509`	拟南芥	Sphingosine-1-phosphate lyase	76.199%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q52RG7`	水稻	Sphingosine-1-phosphate lyase	70.718%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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