LXL04_020101 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_020101

当前版本: OH-1004 染色体: Chr04 坐标: 51688811-51691480 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2670 bp · LXL04_020101|LXL04_020101|OH1004|cDNA

ATGGCGGATGCTGTGGTTGAATTTCTGTTAGAGAATCTAAAACAACTGCTACTCTACAACTCGGATTTAATATATGGCGTAAAGGGCCAAGTAGATTCTCTCCATAGAGAGCTTAGTTTAATGAATGCATTCCTAAAAGACGCAAAAGAGAAACGTAACGAATATAAATACGTACGAGAATTAGTCGGACAAATAAGAGACGTGGCTTACGAAGCAGAGGACATCATCGACACATTTGTAGTTAACGCAACCATGCAGAA...

CDS

下载 CDS FASTA

2670 bp · LXL04_020101|LXL04_020101|OH1004|CDS

ATGGCGGATGCTGTGGTTGAATTTCTGTTAGAGAATCTAAAACAACTGCTACTCTACAACTCGGATTTAATATATGGCGTAAAGGGCCAAGTAGATTCTCTCCATAGAGAGCTTAGTTTAATGAATGCATTCCTAAAAGACGCAAAAGAGAAACGTAACGAATATAAATACGTACGAGAATTAGTCGGACAAATAAGAGACGTGGCTTACGAAGCAGAGGACATCATCGACACATTTGTAGTTAACGCAACCATGCAGAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

889 aa · LXL04_020101|LXL04_020101|OH1004|PROTEIN

MADAVVEFLLENLKQLLLYNSDLIYGVKGQVDSLHRELSLMNAFLKDAKEKRNEYKYVRELVGQIRDVAYEAEDIIDTFVVNATMQKERSTFNKIVHVFDYPTKLRSVAKDIEAIKTKMKEIYDNKMFGIEALHTPEYSNKPSSSKRRKPMVEEDNVVGFDEEATEIVSRLTSNISESLEVVSVVGMGGLGKTTLAKKVFCDPVIEFHFFVRCWVYVSQEYNRKEVLVAILSSVIQPCEQIYKLNEEMLVEEIYKHLHGR...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_020101`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_020101

位置 Chr04:51688811-51691480 (+)

描述 Similar to RPP8L2: Probable disease resistance RPP8-like protein 2

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g53350`	潜在的抗病蛋白。	暂无已核实直接文献
`At5g48620`	潜在的抗病蛋白。	暂无已核实直接文献
`UniProt: P59584`	抗病蛋白。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_020101 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009626 plant-type hypersensitive response 生物过程

GO:0051607 defense response to virus 生物过程

GO:0098542 defense response to other organism 生物过程

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0016020 membrane 细胞组分

GO:0005524 ATP binding 分子功能

GO:0043531 ADP binding 分子功能

GO:0046872 metal ion binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G53350

ath:AT5G48620

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.608

排名 1 · LXL04_020101 · OH-1004

细胞质0.169

排名 2 · LXL04_020101 · OH-1004

内质网0.096

排名 3 · LXL04_020101 · OH-1004

细胞核0.088

排名 4 · LXL04_020101 · OH-1004

质体0.063

排名 5 · LXL04_020101 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF18052.7Rx_N5-92 aa

PF00931.29NB-ARC166-332 aa

PF13401.13AAA_22182-287 aa

PF23559.2WHD_DRP418-489 aa

PF23598.2LRR_14537-828 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_020101	`PF18052.7`	Rx_N	5	92	7.6e-23	81.1
LXL04_020101	`PF00931.29`	NB-ARC	166	332	1.1e-43	149.5
LXL04_020101	`PF13401.13`	AAA_22	182	287	6.8e-06	27.1
LXL04_020101	`PF23559.2`	WHD_DRP	418	489	1.8e-20	73.4
LXL04_020101	`PF23598.2`	LRR_14	537	828	1e-15	58.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`P0C8S1`	拟南芥	Probable disease resistance RPP8-like protein 2	32.075%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9FJK8`	拟南芥	Probable disease resistance RPP8-like protein 4	31.008%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`P59584`	拟南芥	Disease resistance protein RPH8A	31.188%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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