LXL04_019993 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_019993

当前版本: OH-1004 染色体: Chr04 坐标: 46624807-46627210 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1928 bp · LXL04_019993|LXL04_019993|OH1004|cDNA

ATGGCACTTATCGCAGCAACAATGGTGAAGAGAGAAGATGGTGATCTCGGATTGTGTAGAGGGTTTCGTCTACCAAGCATTCTGGAAGGGGAAGGTGATAGAGTTCTGAGACCCCCAATTTGTGCGAGTAAATTAGCAAACCTGGAGATGGCTTGCTACATTTTCCCTGTACAAACCATGAGTCATAGAAAAGTGCCACACCGGATCTCTCTACTAATTCGTAACAAGACTCAATCATTTCAATCAGATTCTCACGCCAA...

CDS

下载 CDS FASTA

1923 bp · LXL04_019993|LXL04_019993|OH1004|CDS

ATGGCACTTATCGCAGCAACAATGGTGAAGAGAGAAGATGGTGATCTCGGATTGTGTAGAGGGTTTCGTCTACCAAGCATTCTGGAAGGGGAAGGTGATAGAGTTCTGAGACCCCCAATTTGTGCGAGTAAATTAGCAAACCTGGAGATGGCTTGCTACATTTTCCCTGTACAAACCATGAGTCATAGAAAAGTGCCACACCGGATCTCTCTACTAATTCGTAACAAGACTCAATCATTTCAATCAGATTCTCACGCCAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

640 aa · LXL04_019993|LXL04_019993|OH1004|PROTEIN

MALIAATMVKREDGDLGLCRGFRLPSILEGEGDRVLRPPICASKLANLEMACYIFPVQTMSHRKVPHRISLLIRNKTQSFQSDSHAKQSTLLIKAYLDNGLLKQARQLFEEMPERDVVAWTAMISGYTAYNHHNFAWMMFKDMMRESCDHPNAYTFSSVLKACKGMKSLSCGAISHGLSLKHGLVGSSIYVDNALLDMYATCCISMKYACSMFQEIPVKNQVSWTTLITGFTHRDNGVAALQVFQQMFVEEAEKSAYSFS...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_019993`
TK1151 ID	TkA05G110710
OH-1004 ID	LXL04_019993
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	97.600
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 90.781 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_019993

位置 Chr04:46624807-46627210 (-)

描述 Similar to PCMP-E64: Putative pentatricopeptide repeat-containing protein At1g56570

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g56570`	推测含五重复肽序列蛋白At1g56570。	暂无已核实直接文献
`At2g13600`	含五螺旋肽重复的蛋白 At2g13600。	暂无已核实直接文献
`At3g49170`	可能在胚胎发生中起作用。	暂无已核实直接文献
`At4g18750`	在叶绿体中的单 RNA 编辑事件中发挥重要作用。	Identification of two pentatricopeptide repeat genes required for RNA editing and zinc binding by C-terminal cytidine deaminase-like domains.2013 · DOI: 10.1074/jbc.m113.485755
`At2g29760`	参与叶绿体中的RNA编辑事件。	A study of new Arabidopsis chloroplast RNA editing mutants reveals general features of editing factors and their target sites.2009 · DOI: 10.1105/tpc.109.071472

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_019993 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009451 RNA modification 生物过程

GO:0009651 response to salt stress 生物过程

GO:0009737 response to abscisic acid 生物过程

GO:0009749 response to glucose 生物过程

GO:0010182 sugar mediated signaling pathway 生物过程

GO:0050832 defense response to fungus 生物过程

GO:0080156 mitochondrial mRNA modification 生物过程

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0003723 RNA binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G56570

ath:AT2G13600

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.619

排名 1 · LXL04_019993 · OH-1004

质体0.260

排名 2 · LXL04_019993 · OH-1004

细胞核0.049

排名 3 · LXL04_019993 · OH-1004

细胞质0.034

排名 4 · LXL04_019993 · OH-1004

细胞膜0.006

排名 5 · LXL04_019993 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13041.13PPR_2115-163 aa

PF13041.13PPR_2220-267 aa

PF13041.13PPR_2291-320 aa

PF01535.27PPR295-320 aa

PF13812.13PPR_3312-367 aa

PF13041.13PPR_2321-367 aa

PF13041.13PPR_2421-468 aa

PF01535.27PPR423-453 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_019993	`PF13041.13`	PPR_2	115	163	4.4e-58	193.9
LXL04_019993	`PF13041.13`	PPR_2	220	267	4.4e-58	193.9
LXL04_019993	`PF13041.13`	PPR_2	291	320	4.4e-58	193.9
LXL04_019993	`PF01535.27`	PPR	295	320	7.1e-47	155.1
LXL04_019993	`PF13812.13`	PPR_3	312	367	2.1e-20	73.2
LXL04_019993	`PF13041.13`	PPR_2	321	367	4.4e-58	193.9
LXL04_019993	`PF13041.13`	PPR_2	421	468	4.4e-58	193.9
LXL04_019993	`PF01535.27`	PPR	423	453	7.1e-47	155.1
LXL04_019993	`PF29070.1`	MSC6_N	425	516	1.6e-16	61.1
LXL04_019993	`PF20431.5`	E_motif	550	599	4.3e-10	40.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9FXA9`	拟南芥	Putative pentatricopeptide repeat-containing protein At1g56570	51.885%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9SIT7`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At2g13600	35.714%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q5G1T1`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At3g49170, chloroplastic	35.044%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9SN39`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein DOT4, chloroplastic	36.131%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`O82380`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At2g29760, chloroplastic	33.505%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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