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基因概览

LXL04_019949

当前版本: OH-1004 染色体: Chr04 坐标: 45123928-45126130 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

924 bp · LXL04_019949|LXL04_019949|OH1004|cDNA

ATGATGCGGAGTATTGCAGGATTTAGAGTAATTCACGAAACACAAAAGGCGAAAGGCAAAATTACTGTCACAATCGCCAGTTTCAAAGAAGGTGAATCTTTAGTTGAAAGCTGTATACCTCAAACTGAATTGGTTCCAACAACATTAGTTCTGAATGATATTGCAACAAGATTCATAGCTTGTGAGATTGATTTCATGAACACACCTGTCTCAAAAGCGATGATAAAGAATTCAATCTATGTCCTATCTGATACTCTTGC...

CDS

下载 CDS FASTA

924 bp · LXL04_019949|LXL04_019949|OH1004|CDS

ATGATGCGGAGTATTGCAGGATTTAGAGTAATTCACGAAACACAAAAGGCGAAAGGCAAAATTACTGTCACAATCGCCAGTTTCAAAGAAGGTGAATCTTTAGTTGAAAGCTGTATACCTCAAACTGAATTGGTTCCAACAACATTAGTTCTGAATGATATTGCAACAAGATTCATAGCTTGTGAGATTGATTTCATGAACACACCTGTCTCAAAAGCGATGATAAAGAATTCAATCTATGTCCTATCTGATACTCTTGC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

307 aa · LXL04_019949|LXL04_019949|OH1004|PROTEIN

MMRSIAGFRVIHETQKAKGKITVTIASFKEGESLVESCIPQTELVPTTLVLNDIATRFIACEIDFMNTPVSKAMIKNSIYVLSDTLAVEALQNMVQGLKVRNLPVVENGEVIALLDITKCLYDAIARTESAAEKGKAIVAAVEGWGLFELIKGLIKDLDGDDNHEMGEDNLKEAQNSVARLIQMLYNDDPREVLKGHLCNFSYVYYVGFADYTYGEKHIMSGGPKRLPFTIPSLIYNALKVLSFLDHVKHNLFKLATKAT...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_019949`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_019949

位置 Chr04:45123928-45126130 (-)

描述 Similar to VPS35B: Vacuolar protein sorting-associated protein 35B

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g75850`	在囊泡蛋白分选中发挥作用。	Arabidopsis VPS35, a retromer component, is required for vacuolar protein sorting and involved in plant growth and leaf senescence.2008 · DOI: 10.1093/pcp/pcn006
`At5g63490`	含CBS结构域蛋白CBSCBSPB1。	暂无已核实直接文献
`At3g51310`	在囊泡蛋白分选中发挥作用。	暂无已核实直接文献
`At5g50640`	含 CBS 结构域的蛋白 CBSCBSPB5。	暂无已核实直接文献
`At5g50530`	含 CBS 结构域的蛋白 CBSCBSPB4。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_019949 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006886 intracellular protein transport 生物过程

GO:0042147 retrograde transport, endosome to Golgi 生物过程

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005770 late endosome 细胞组分

GO:0005771 multivesicular body 细胞组分

GO:0005794 Golgi apparatus 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0009536 plastid 细胞组分

GO:0010008 endosome membrane 细胞组分

GO:0016020 membrane 细胞组分

GO:0030904 retromer complex 细胞组分

GO:0030906 retromer, cargo-selective complex 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G75850

ath:AT3G51310

ath:AT5G50530

ath:AT5G50640

ath:AT5G63490

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.412

排名 1 · LXL04_019949 · OH-1004

细胞核0.327

排名 2 · LXL04_019949 · OH-1004

细胞膜0.137

排名 3 · LXL04_019949 · OH-1004

内质网0.134

排名 4 · LXL04_019949 · OH-1004

线粒体0.088

排名 5 · LXL04_019949 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF03635.24Vps35124-294 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_019949	`PF03635.24`	Vps35	124	294	9.8e-12	44.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`F4I0P8`	拟南芥	Vacuolar protein sorting-associated protein 35B	37.647%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9FMV3`	拟南芥	CBS domain-containing protein CBSCBSPB1	68.519%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`A8R7K9`	拟南芥	Vacuolar protein sorting-associated protein 35C	36.496%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`P0DH79`	拟南芥	CBS domain-containing protein CBSCBSPB5	68.627%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q0WLC7`	拟南芥	CBS domain-containing protein CBSCBSPB4	68.627%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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