LXL04_019813 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_019813

当前版本: OH-1004 染色体: Chr04 坐标: 40735610-40742836 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

5970 bp · LXL04_019813|LXL04_019813|OH1004|cDNA

ATGGCAAGCATAGTGTGTCCAAAATTAGGCTGTTTTTTTCCGGCAAGACATCGATTATGCCGCCAACCAGGGCTACACTGTATTCAGATTTTGGAGAAAAATATGTACACGGTTTTGGAAAACCGACGATTGAGTTTTCAGAGAAACATCAAAACTCCTCATGTTTTGGCAACAGAGGTTTCATTTGAGGAACCCAAGGCATCAGCACCTCTCAATGAGAAAGATAAAATGCTGGCAAACTATGTGCCAATCTACGTTAT...

CDS

下载 CDS FASTA

5970 bp · LXL04_019813|LXL04_019813|OH1004|CDS

ATGGCAAGCATAGTGTGTCCAAAATTAGGCTGTTTTTTTCCGGCAAGACATCGATTATGCCGCCAACCAGGGCTACACTGTATTCAGATTTTGGAGAAAAATATGTACACGGTTTTGGAAAACCGACGATTGAGTTTTCAGAGAAACATCAAAACTCCTCATGTTTTGGCAACAGAGGTTTCATTTGAGGAACCCAAGGCATCAGCACCTCTCAATGAGAAAGATAAAATGCTGGCAAACTATGTGCCAATCTACGTTAT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1989 aa · LXL04_019813|LXL04_019813|OH1004|PROTEIN

MASIVCPKLGCFFPARHRLCRQPGLHCIQILEKNMYTVLENRRLSFQRNIKTPHVLATEVSFEEPKASAPLNEKDKMLANYVPIYVMLQLEIITTDNVLKDKEGLEKQLKQLKEAGVDGVMCDVWWGIVESKGPKQYDWSAYRTLFQLVQDYKMKMQVVMSFHQCGGNIGDVVNIPIPHWVREVGVTDPDIFYTDRAGNRNVEYLTIGVDNQPLFGGRTAIEMYSDYMKSFKENMVDFLEAELFTDIEVGLGPAGELRYP...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_019813`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_019813

位置 Chr04:40735610-40742836 (+)

描述 Similar to BMY1: Beta-amylase

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g15210`	β-淀粉酶活性。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_019813 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000272 polysaccharide catabolic process 生物过程

GO:0005983 starch catabolic process 生物过程

GO:0080027 response to herbivore 生物过程

GO:0005576 extracellular region 细胞组分

GO:0099503 secretory vesicle 细胞组分

GO:0016161 beta-amylase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT4G15210

gmx:547931

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.538

排名 1 · LXL04_019813 · OH-1004

细胞核0.355

排名 2 · LXL04_019813 · OH-1004

质体0.107

排名 3 · LXL04_019813 · OH-1004

线粒体0.102

排名 4 · LXL04_019813 · OH-1004

过氧化物酶体0.066

排名 5 · LXL04_019813 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF01373.25Glyco_hydro_1485-510 aa

PF14223.15Retrotran_gag_2689-834 aa

PF22936.2Pol_BBD936-1010 aa

PF13976.12gag_pre-integrs1040-1103 aa

PF00665.33rve1117-1214 aa

PF25597.2SH3_retrovirus1289-1351 aa

PF07727.20RVT_21504-1746 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_019813	`PF01373.25`	Glyco_hydro_14	85	510	2.9e-130	435.8
LXL04_019813	`PF14223.15`	Retrotran_gag_2	689	834	3.9e-20	73.0
LXL04_019813	`PF22936.2`	Pol_BBD	936	1010	9.2e-12	45.8
LXL04_019813	`PF13976.12`	gag_pre-integrs	1040	1103	6e-11	42.7
LXL04_019813	`PF00665.33`	rve	1117	1214	1.2e-06	29.4
LXL04_019813	`PF25597.2`	SH3_retrovirus	1289	1351	9.8e-23	80.4
LXL04_019813	`PF07727.20`	RVT_2	1504	1746	2.6e-73	247.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`P25853`	拟南芥	Beta-amylase 5	63.838%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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