LXL04_019486 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_019486

当前版本: OH-1004 染色体: Chr04 坐标: 32355400-32362390 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

3273 bp · LXL04_019486|LXL04_019486|OH1004|cDNA

ATGGCCTTGAAATTGTTAGCGAATCCACTTCATTCATCTTCTTCTCAATCACAATCACAGTTCAAGAGCCTGTTAGCAAGCTCAAGATCCTTCTGTCAGCCTAGTTTTCATCTCCAATGGCGGTCGAAAATGGTTGTACTCTCGCGCAGTGGAACCAGCAGTTCGGGATTGATGGTGAAGGCGTGTGTAAAGGAAGATGCGAATGTGGCGGAAAAAGGGAAAAATGATTGGGGAAAAGTATCAGCGGTTCTGTTTGACAT...

CDS

下载 CDS FASTA

3273 bp · LXL04_019486|LXL04_019486|OH1004|CDS

ATGGCCTTGAAATTGTTAGCGAATCCACTTCATTCATCTTCTTCTCAATCACAATCACAGTTCAAGAGCCTGTTAGCAAGCTCAAGATCCTTCTGTCAGCCTAGTTTTCATCTCCAATGGCGGTCGAAAATGGTTGTACTCTCGCGCAGTGGAACCAGCAGTTCGGGATTGATGGTGAAGGCGTGTGTAAAGGAAGATGCGAATGTGGCGGAAAAAGGGAAAAATGATTGGGGAAAAGTATCAGCGGTTCTGTTTGACAT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1090 aa · LXL04_019486|LXL04_019486|OH1004|PROTEIN

MALKLLANPLHSSSSQSQSQFKSLLASSRSFCQPSFHLQWRSKMVVLSRSGTSSSGLMVKACVKEDANVAEKGKNDWGKVSAVLFDMDGVLCNSEEASRLAAVDVFAEMGVQVTVEDFVPFMGTGEANFLGGVASVKGVANFNPEAAKKRFFEIYLDKYAKPNSGIGFPGALELISECKINGLKVAVASSADRIKVDANLAAAGLPLSMFDAIVSADAFENLKPAPDIFLSASKTLNVPPSECIVIEDALAGVQAAKAAK...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_019486`
TK1151 ID	TkA05G055890
OH-1004 ID	LXL04_019486
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	98.900
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_019486

位置 Chr04:32355400-32362390 (+)

描述 Similar to SOQ1: Protein SUPPRESSOR OF QUENCHING 1, chloroplastic

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g56500`	需要保持光捕获效率，特别是在非光化学猝灭恢复期间，通过调节叶绿素激发态寿命可能是通过防止形成缓慢可逆形式的天线猝灭。	A thioredoxin-like/β-propeller protein maintains the efficiency of light harvesting in Arabidopsis.2013 · DOI: 10.1073/pnas.1305443110

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_019486 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0010196 nonphotochemical quenching 生物过程

GO:0005576 extracellular region 细胞组分

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0009534 chloroplast thylakoid 细胞组分

GO:0009535 chloroplast thylakoid membrane 细胞组分

GO:0009570 chloroplast stroma 细胞组分

GO:0042651 thylakoid membrane 细胞组分

GO:0016787 hydrolase activity 分子功能

GO:0046872 metal ion binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G56500

bta:534327

gga:423903

hsa:374354

mmu:66866

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

质体0.961

排名 1 · LXL04_019486 · OH-1004

线粒体0.031

排名 2 · LXL04_019486 · OH-1004

细胞质0.030

排名 3 · LXL04_019486 · OH-1004

细胞膜0.027

排名 4 · LXL04_019486 · OH-1004

过氧化物酶体0.025

排名 5 · LXL04_019486 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00702.33Hydrolase81-259 aa

PF13419.13HAD_283-266 aa

PF08534.17Redoxin441-557 aa

PF00578.28AhpC-TSA445-549 aa

PF13905.13Thioredoxin_8453-547 aa

PF25021.2TEN_NHL607-863 aa

PF01436.28NHL656-683 aa

PF01436.28NHL836-862 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_019486	`PF00702.33`	Hydrolase	81	259	6.9e-25	89.3
LXL04_019486	`PF13419.13`	HAD_2	83	266	5.3e-26	92.4
LXL04_019486	`PF08534.17`	Redoxin	441	557	3.6e-08	34.1
LXL04_019486	`PF00578.28`	AhpC-TSA	445	549	2.1e-06	28.4
LXL04_019486	`PF13905.13`	Thioredoxin_8	453	547	1.5e-16	61.3
LXL04_019486	`PF25021.2`	TEN_NHL	607	863	1e-07	32.0
LXL04_019486	`PF01436.28`	NHL	656	683	1.9e-31	107.2
LXL04_019486	`PF01436.28`	NHL	836	862	1.9e-31	107.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8VZ10`	拟南芥	Protein SUPPRESSOR OF QUENCHING 1, chloroplastic	72.460%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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