LXL04_019370 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_019370

当前版本: OH-1004 染色体: Chr04 坐标: 29954083-29956184 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

747 bp · LXL04_019370|LXL04_019370|OH1004|cDNA

ATGACCGCTGGACCGATATTCTTGACGGAGTCTCCCCTCGCCGGAGATCTTTGTGCCTTGGTTTTCTCCACTTGTATCGCACTCTCTCTGCTTCGATGCTTTGAAGAAACTGCAAAAAGAGGGATTTTCGATCAGAAACTAAACAGGAAGCTCGTGCATATAACAATTGGACTGGCATTCATGTTATGCTGGCCGCTCTTCAGTTCAGGCAGTCAAGGAGCATTCATTGCAGCTATTGTTCCCGGAGTGAACATAGTGAA...

CDS

下载 CDS FASTA

747 bp · LXL04_019370|LXL04_019370|OH1004|CDS

ATGACCGCTGGACCGATATTCTTGACGGAGTCTCCCCTCGCCGGAGATCTTTGTGCCTTGGTTTTCTCCACTTGTATCGCACTCTCTCTGCTTCGATGCTTTGAAGAAACTGCAAAAAGAGGGATTTTCGATCAGAAACTAAACAGGAAGCTCGTGCATATAACAATTGGACTGGCATTCATGTTATGCTGGCCGCTCTTCAGTTCAGGCAGTCAAGGAGCATTCATTGCAGCTATTGTTCCCGGAGTGAACATAGTGAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

248 aa · LXL04_019370|LXL04_019370|OH1004|PROTEIN

MTAGPIFLTESPLAGDLCALVFSTCIALSLLRCFEETAKRGIFDQKLNRKLVHITIGLAFMLCWPLFSSGSQGAFIAAIVPGVNIVKMLLIGNGIVKDEATVKSMSRFGDYRELLTGPLYYACTITLCCTVYWRTSPIAIAAMCNLCAGDGFADIIGRRFGKKKIPYNTDKSYAGTIAMASAGFIASVGYMYYFSIFGFVENSFEMVVGFLVASLTSALVESHPISTTLDDNLTVPLASLLAGILVFS

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_019370`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_019370

位置 Chr04:29954083-29956184 (-)

描述 Similar to Probable phytol kinase 3, chloroplastic

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g58560`	激酶，参与脱落酸（ABA）信号的负调控。	Farnesol kinase is involved in farnesol metabolism, ABA signaling and flower development in Arabidopsis.2011 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2011.04572.x

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os01g0832000`	参与植物代谢中叶绿素降解产生的植醇的活化和再利用，包括生育酚的生物合成。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_019370 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006720 isoprenoid metabolic process 生物过程

GO:0009737 response to abscisic acid 生物过程

GO:0010189 vitamin E biosynthetic process 生物过程

GO:0016487 farnesol metabolic process 生物过程

GO:0048440 carpel development 生物过程

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0031969 chloroplast membrane 细胞组分

GO:0010276 phytol kinase activity 分子功能

GO:0016301 kinase activity 分子功能

GO:0052673 prenol kinase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT5G58560

gmx:100788252

gmx:100793696

zma:732748

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

内质网0.678

排名 1 · LXL04_019370 · OH-1004

线粒体0.147

排名 2 · LXL04_019370 · OH-1004

细胞质0.108

排名 3 · LXL04_019370 · OH-1004

细胞核0.100

排名 4 · LXL04_019370 · OH-1004

高尔基体0.083

排名 5 · LXL04_019370 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

没有找到该查询的结果。

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q67ZM7`	拟南芥	Farnesol kinase, chloroplastic	62.397%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q5N9J9`	水稻	Probable phytol kinase 2, chloroplastic	67.511%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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