基因详情
输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
基因概览
LXL04_019341
当前版本: OH-1004
染色体: Chr04
坐标: 29285471-29286502
链方向: -
类型: protein_coding
cDNA / CDS / 蛋白序列
cDNA
下载 cDNA FASTA1032 bp · LXL04_019341|LXL04_019341|OH1004|cDNA
ATGGCTTCTGTGGCTCAGGTTCATTATCCTCATATTACTGAAAACCACCATGGTGTTCATCCTGCTTGGCACACTTCTACCTTCCATCTACCAGATAGAAAACTGCTTTTCAAAACCTCCCTAAACTTCAGGTTTTCATCTTTGAAATCAAAGCCCTTTAACCCTAATCCACCAGCTGAACTACAGCCACTTCTCTGTGGCGTTGCTGGCGACAACCATGGCAGTGATGGCGGCAGTGGCAGCGGCGGTCAgggtggagg...
CDS
下载 CDS FASTA1032 bp · LXL04_019341|LXL04_019341|OH1004|CDS
ATGGCTTCTGTGGCTCAGGTTCATTATCCTCATATTACTGAAAACCACCATGGTGTTCATCCTGCTTGGCACACTTCTACCTTCCATCTACCAGATAGAAAACTGCTTTTCAAAACCTCCCTAAACTTCAGGTTTTCATCTTTGAAATCAAAGCCCTTTAACCCTAATCCACCAGCTGAACTACAGCCACTTCTCTGTGGCGTTGCTGGCGACAACCATGGCAGTGATGGCGGCAGTGGCAGCGGCGGTCAGGGTGGAGG...
343 aa · LXL04_019341|LXL04_019341|OH1004|PROTEIN
MASVAQVHYPHITENHHGVHPAWHTSTFHLPDRKLLFKTSLNFRFSSLKSKPFNPNPPAELQPLLCGVAGDNHGSDGGSGSGGQGGGGGGGGRSDDPPHSDSFGPIGAFLSGWRSRVAADPQFPFKILMEELVGVSAAVLGDMATRPNFGLNELDFVFSTLVVGSILNFTLMYLLAPTMTSASFPLPSIFANSPTSHMFEPGAYTLMNRLGTLVYKGTLFAAVGLAAGLAGTALSNGLVKMRKKMDPNFESPNKPPPMFL...
上下游序列下载
序列方向与下载说明
上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。
多版本 ID 对照
| 输入 ID | LXL04_019341 |
|---|---|
| 版本 | OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0 |
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004
展开后加载该基因的变异记录。
基因基本信息与功能注释
| 基因 ID | LXL04_019341 | ||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 位置 | Chr04:29285471-29286502 (-) | ||||||||||||||||||
| 描述 | Similar to RER3: Protein RETICULATA-RELATED 3, chloroplastic | ||||||||||||||||||
| 拟南芥 / 水稻参考基因与文献 |
拟南芥
水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。 | ||||||||||||||||||
| 功能注释来源 | 查看注释来源功能注释来源：OH1004 · | ||||||||||||||||||
| GO 注释（OH1004 来源） | GO:0000302 response to reactive oxygen species 生物过程 GO:0009648 photoperiodism 生物过程 GO:0009658 chloroplast organization 生物过程 GO:0009793 embryo development ending in seed dormancy 生物过程 GO:0015822 ornithine transport 生物过程 GO:0048366 leaf development 生物过程 GO:0099402 plant organ development 生物过程 GO:0005783 endoplasmic reticulum 细胞组分 GO:0005829 cytosol 细胞组分 GO:0009507 chloroplast 细胞组分 GO:0009536 plastid 细胞组分 GO:0009706 chloroplast inner membrane 细胞组分 | ||||||||||||||||||
| KEGG 基因交叉引用 | ath:AT2G37860 ath:AT3G08630 ath:AT3G08640 ath:AT5G12470 ath:AT5G22790 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。 |
基因表达
查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。
数据来源与对应关系说明
表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。
亚细胞定位 Top 5
以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。
质体0.848
线粒体0.115
细胞核0.033
细胞质0.023
细胞膜0.013
LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果
预测功能结构域
结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
PF11891.14RETICULATA-like116-283 aa| 基因 ID | 结构域编号 | 结构域名称 | 起始 aa | 终止 aa | E 值 | 评分 |
|---|---|---|---|---|---|---|
| LXL04_019341 | PF11891.14 | RETICULATA-like | 116 | 283 | 2.5e-62 | 210.5 |
拟南芥 / 水稻蛋白同源
仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。
| 蛋白 | 物种 | 描述 | 一致性 | 数据库 | 置信等级 |
|---|---|---|---|---|---|
Q9C9Z2 | 拟南芥 | Protein RETICULATA-RELATED 3, chloroplastic | 71.074% | Swiss-Prot | 中等数据库同源证据 |
Q9C9Z3 | 拟南芥 | Protein RETICULATA-RELATED 2, chloroplastic | 72.996% | Swiss-Prot | 中等数据库同源证据 |
B9DFK5 | 拟南芥 | Protein RETICULATA, chloroplastic | 34.426% | Swiss-Prot | 中等数据库同源证据 |
Q9FGP9 | 拟南芥 | Protein RETICULATA-RELATED 1, chloroplastic | 33.478% | Swiss-Prot | 中等数据库同源证据 |
Q94CJ5 | 拟南芥 | Protein RETICULATA-RELATED 4, chloroplastic | 34.199% | Swiss-Prot | 中等数据库同源证据 |