LXL04_019254 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_019254

当前版本: OH-1004 染色体: Chr04 坐标: 27386586-27387941 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1356 bp · LXL04_019254|LXL04_019254|OH1004|cDNA

ATGGAAGCTTTTGATCATCATACCCATTATGTCACCACCTTTCCATTTTCTTATCCTTTTTCTACTACCACTACCACCgctaccaccaccaccaccaccaccgccgccaaCCCTCCGTGGATGGACAGCCGCATATGGAGCAGACTCCCCCAAAGGCTTGTTGACCGAGTCATCGCCTTCTTGCCTCCGCCGTCGTTTTTCAGAGCTCGATCTGTTTGCAAGAGATGGTACTCTCTGTTATTCTCTCACAACTTCCTTCA...

CDS

下载 CDS FASTA

1356 bp · LXL04_019254|LXL04_019254|OH1004|CDS

ATGGAAGCTTTTGATCATCATACCCATTATGTCACCACCTTTCCATTTTCTTATCCTTTTTCTACTACCACTACCACCGCTACCACCACCACCACCACCACCGCCGCCAACCCTCCGTGGATGGACAGCCGCATATGGAGCAGACTCCCCCAAAGGCTTGTTGACCGAGTCATCGCCTTCTTGCCTCCGCCGTCGTTTTTCAGAGCTCGATCTGTTTGCAAGAGATGGTACTCTCTGTTATTCTCTCACAACTTCCTTCA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

451 aa · LXL04_019254|LXL04_019254|OH1004|PROTEIN

MEAFDHHTHYVTTFPFSYPFSTTTTTATTTTTTTAANPPWMDSRIWSRLPQRLVDRVIAFLPPPSFFRARSVCKRWYSLLFSHNFLQMYLQINPKPYFFIFFKQKTTHPKTTTTTTTTNTIFKTTNTTAADTIVPQEGYVFDPETLTWHRLVFPLIPPVFSPTCSSGGLICWVSDEAGCKGLLLSNPLFPSLVTPLPSTLRPRLFPSVGLTITNSSIDVVVAGDDMISPYAVKNLTTESFHVDLGGFYSIWGTTSPLPRL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_019254`
TK1151 ID	TkA05G034280
OH-1004 ID	LXL04_019254
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	97.800
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_019254

位置 Chr04:27386586-27387941 (-)

描述 Similar to UFO: Protein UNUSUAL FLORAL ORGANS

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g30950`	SCF(ASK- Cullin-F-box) E3泛素连接酶复合物的组分，可能介导靶蛋白的泛素化及随后的蛋白酶体降解（通过相似性）。	暂无已核实直接文献
`At5g15710`	F-box/kelch-repeat 蛋白 At5g15710。	暂无已核实直接文献
`At1g27340`	仅F-box蛋白6。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os06g0665400`	SCF(ASK- Cullin-F-box) E3泛素连接酶复合物的组分，可能介导靶蛋白的泛素化及随后的蛋白酶体降解（通过相似性）。	ABERRANT PANICLE ORGANIZATION 1 temporally regulates meristem identity in rice.2005 · DOI: 10.1016/j.ydbio.2005.03.016 Rice ABERRANT PANICLE ORGANIZATION 1, encoding an F-box protein, regulates meristem fate.2007 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2007.03200.x Expression level of ABERRANT PANICLE ORGANIZATION1 determines rice inflorescence form through control of cell proliferation in the meristem.2009 · DOI: 10.1104/pp.109.136739 A gene controlling the number of primary rachis branches also controls the vascular bundle formation and hence is responsible to increase the harvest index and grain yield in rice.2010 · DOI: 10.1007/s00122-009-1218-8 New approach for rice improvement using a pleiotropic QTL gene for lodging resistance and yield.2010 · DOI: 10.1038/ncomms1132 ABERRANT PANICLE ORGANIZATION 2/RFL, the rice ortholog of Arabidopsis LEAFY, suppresses the transition from inflorescence meristem to floral meristem through interaction with APO1.2012 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2011.04781.x Isolation of a novel lodging resistance QTL gene involved in strigolactone signaling and its pyramiding with a QTL gene involved in another mechanism.2014 · DOI: 10.1093/mp/ssu131 Ozone-Induced Rice Grain Yield Loss Is Triggered via a Change in Panicle Morphology That Is Controlled by ABERRANT PANICLE ORGANIZATION 1 Gene.2015 · DOI: 10.1371/journal.pone.0123308
`UniProt: B8B183`	SCF(ASK- Cullin-F-box) E3泛素连接酶复合物的组分，可能介导靶蛋白的泛素化及随后的蛋白酶体降解（通过相似性）。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_019254 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006511 ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程

GO:0009908 flower development 生物过程

GO:0009909 regulation of flower development 生物过程

GO:0009933 meristem structural organization 生物过程

GO:0010074 maintenance of meristem identity 生物过程

GO:0010087 phloem or xylem histogenesis 生物过程

GO:0010193 response to ozone 生物过程

GO:0010305 leaf vascular tissue pattern formation 生物过程

GO:0010928 regulation of auxin mediated signaling pathway 生物过程

GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G27340

ath:AT1G30950

ath:AT5G15710

osa:107277138

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.584

排名 1 · LXL04_019254 · OH-1004

细胞质0.367

排名 2 · LXL04_019254 · OH-1004

细胞膜0.103

排名 3 · LXL04_019254 · OH-1004

内质网0.087

排名 4 · LXL04_019254 · OH-1004

质体0.039

排名 5 · LXL04_019254 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00646.39F-box46-86 aa

PF12937.13F-box-like46-83 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_019254	`PF00646.39`	F-box	46	86	5.4e-09	36.3
LXL04_019254	`PF12937.13`	F-box-like	46	83	1.6e-06	28.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q39090`	拟南芥	Protein UNUSUAL FLORAL ORGANS	61.836%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9LFV5`	拟南芥	F-box/kelch-repeat protein At5g15710	26.238%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9FZK1`	拟南芥	F-box only protein 6	22.251%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q655Y0`	水稻	Protein ABERRANT PANICLE ORGANIZATION 1	42.857%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`B8B183`	水稻	Protein ABERRANT PANICLE ORGANIZATION 1	44.138%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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