LXL04_019232 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_019232

当前版本: OH-1004 染色体: Chr04 坐标: 26886101-26888628 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2349 bp · LXL04_019232|LXL04_019232|OH1004|cDNA

ATGAACCTCTTAATCAAATCTTTCTGCCTAAGCCGCAGATACTTTCATTCCCTTTTTTTTTACAAGAAACTCCTCCCCGTTACAAAATTAGAAGTTTCTACGTTCCCTTCAAGTCTCAAATCATGTTCTTCTCTGCCATCTCTTGATGCGGGATTCATGAAGCATGGGTACTTGATCAAATGCGGGGTTTTGAATTGCTGTGTTGATGTTGGGAATGATCTACTGAGGATGTATCTGACGCATGAAGAATTTGGGGATGC...

CDS

下载 CDS FASTA

2349 bp · LXL04_019232|LXL04_019232|OH1004|CDS

ATGAACCTCTTAATCAAATCTTTCTGCCTAAGCCGCAGATACTTTCATTCCCTTTTTTTTTACAAGAAACTCCTCCCCGTTACAAAATTAGAAGTTTCTACGTTCCCTTCAAGTCTCAAATCATGTTCTTCTCTGCCATCTCTTGATGCGGGATTCATGAAGCATGGGTACTTGATCAAATGCGGGGTTTTGAATTGCTGTGTTGATGTTGGGAATGATCTACTGAGGATGTATCTGACGCATGAAGAATTTGGGGATGC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

782 aa · LXL04_019232|LXL04_019232|OH1004|PROTEIN

MNLLIKSFCLSRRYFHSLFFYKKLLPVTKLEVSTFPSSLKSCSSLPSLDAGFMKHGYLIKCGVLNCCVDVGNDLLRMYLTHEEFGDAYKVFDEMPMKSKGDLFDRIIHELGTNRAYKDVILAFEKMVELSIFPNVHSLCHVIKACSNLTSIKSGQFVHNFVTQNGFENQVLIMNSLISMYAKMGRLDLAQKVFNNIIHKDIVSWNSLITGYAQNQNSLKVFDLFIYLKQAEKTVPNVITFLALLSSVRKVTIGTTIHSHL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_019232`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_019232

位置 Chr04:26886101-26888628 (-)

描述 Similar to PCMP-E36: Pentatricopeptide repeat-containing protein At4g21300

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g21300`	含五肽重复的蛋白 At4g21300。	暂无已核实直接文献
`At3g03580`	含五肽重复序列的蛋白 At3g03580。	暂无已核实直接文献
`At4g33990`	含五肽重复的蛋白At4g33990。	暂无已核实直接文献
`At4g18750`	在叶绿体中的单 RNA 编辑事件中发挥重要作用。	Identification of two pentatricopeptide repeat genes required for RNA editing and zinc binding by C-terminal cytidine deaminase-like domains.2013 · DOI: 10.1074/jbc.m113.485755
`At4g04370`	含五肽重复序列的蛋白 At4g04370。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_019232 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009451 RNA modification 生物过程

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0003723 RNA binding 分子功能

GO:0003729 mRNA binding 分子功能

GO:0008270 zinc ion binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G03580

ath:AT4G21300

ath:AT4G33990

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.669

排名 1 · LXL04_019232 · OH-1004

质体0.154

排名 2 · LXL04_019232 · OH-1004

细胞核0.047

排名 3 · LXL04_019232 · OH-1004

细胞质0.031

排名 4 · LXL04_019232 · OH-1004

细胞膜0.006

排名 5 · LXL04_019232 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13812.13PPR_3197-245 aa

PF13041.13PPR_2199-245 aa

PF13041.13PPR_2299-346 aa

PF01535.27PPR300-326 aa

PF13041.13PPR_2401-448 aa

PF13041.13PPR_2503-547 aa

PF01535.27PPR505-528 aa

PF13041.13PPR_2604-651 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_019232	`PF13812.13`	PPR_3	197	245	1e-23	83.9
LXL04_019232	`PF13041.13`	PPR_2	199	245	1.8e-61	204.7
LXL04_019232	`PF13041.13`	PPR_2	299	346	1.8e-61	204.7
LXL04_019232	`PF01535.27`	PPR	300	326	6.7e-55	180.3
LXL04_019232	`PF13041.13`	PPR_2	401	448	1.8e-61	204.7
LXL04_019232	`PF13041.13`	PPR_2	503	547	1.8e-61	204.7
LXL04_019232	`PF01535.27`	PPR	505	528	6.7e-55	180.3
LXL04_019232	`PF13041.13`	PPR_2	604	651	1.8e-61	204.7
LXL04_019232	`PF01535.27`	PPR	607	635	6.7e-55	180.3
LXL04_019232	`PF01535.27`	PPR	641	668	6.7e-55	180.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9STE1`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At4g21300	29.911%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9SS60`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At3g03580	30.769%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`O81767`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At4g33990	29.870%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9SN39`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein DOT4, chloroplastic	31.193%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9XE98`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At4g04370	28.592%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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