LXL04_019173 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_019173

当前版本: OH-1004 染色体: Chr04 坐标: 25375403-25390899 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

6123 bp · LXL04_019173|LXL04_019173|OH1004|cDNA

atgtcggactcggtccgtggtccgaggcgtttgataggagagtttgatgtcggactcggtccgtggtccatggtccgtgTATCACTCATGGAAGTTGTACAACACTTAAAAATTCCATTTGAAGATATAAACTTGGCCACCAACAACTTTAGCGATGAAAATTGCATTGGTAAGGGTGGATATGGAACTGTCTATGCAGCAAAACTTTCCCTTTCAGGGCAGCAGAGGACAGTTGCAATAAAGCGGTTAAATGGTACCTC...

CDS

下载 CDS FASTA

6123 bp · LXL04_019173|LXL04_019173|OH1004|CDS

ATGTCGGACTCGGTCCGTGGTCCGAGGCGTTTGATAGGAGAGTTTGATGTCGGACTCGGTCCGTGGTCCATGGTCCGTGTATCACTCATGGAAGTTGTACAACACTTAAAAATTCCATTTGAAGATATAAACTTGGCCACCAACAACTTTAGCGATGAAAATTGCATTGGTAAGGGTGGATATGGAACTGTCTATGCAGCAAAACTTTCCCTTTCAGGGCAGCAGAGGACAGTTGCAATAAAGCGGTTAAATGGTACCTC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

2040 aa · LXL04_019173|LXL04_019173|OH1004|PROTEIN

MSDSVRGPRRLIGEFDVGLGPWSMVRVSLMEVVQHLKIPFEDINLATNNFSDENCIGKGGYGTVYAAKLSLSGQQRTVAIKRLNGTSDQGEREFLMEIQLLSSYRHKNLISLVGFCDESGEKILVYEYANHGSLDKYLCTSELSWMQRLQISLGAARGFNYLHNDVGPQHRVLHRDIKSSNILLDENWEAKISDFGLSKIGPSNVEFTFLLTRACGTLGYVDPEYLKTGMLTKESDVYSFGVVLFEILCGRLSRTTYQNQ...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_019173`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_019173

位置 Chr04:25375403-25390899 (-)

描述 Similar to FER: Receptor-like protein kinase FERONIA

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g51550`	可能通过调节雌配子体助细胞中 MLO7 的极性定位，参与受精时对花粉管生长及雄配子递送的调控。	FERONIA receptor-like kinase regulates RHO GTPase signaling of root hair development.2010 · DOI: 10.1073/pnas.1005366107
`At5g39000`	推测的受体样蛋白激酶At5g39000。	暂无已核实直接文献
`At3g04690`	类受体蛋白激酶，通过在适当时间引导花粉管破裂来释放精细胞，从而控制花粉管行为。	暂无已核实直接文献
`At5g38990`	可能的受体样蛋白激酶At5g38990。	暂无已核实直接文献
`At5g59700`	可能的受体样蛋白激酶 At5g59700。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_019173 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009723 response to ethylene 生物过程

GO:0009738 abscisic acid-activated signaling pathway 生物过程

GO:0009741 response to brassinosteroid 生物过程

GO:0009742 brassinosteroid mediated signaling pathway 生物过程

GO:0009788 negative regulation of abscisic acid-activated signaling pathway 生物过程

GO:0009791 post-embryonic development 生物过程

GO:0009873 ethylene-activated signaling pathway 生物过程

GO:0010038 response to metal ion 生物过程

GO:0010118 stomatal movement 生物过程

GO:0010483 pollen tube reception 生物过程

GO:0030308 negative regulation of cell growth 生物过程

GO:0032922 circadian regulation of gene expression 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G51550

ath:AT5G39000

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.580

排名 1 · LXL04_019173 · OH-1004

细胞核0.263

排名 2 · LXL04_019173 · OH-1004

细胞膜0.219

排名 3 · LXL04_019173 · OH-1004

内质网0.070

排名 4 · LXL04_019173 · OH-1004

线粒体0.060

排名 5 · LXL04_019173 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00069.32Pkinase51-318 aa

PF07714.24PK_Tyr_Ser-Thr54-322 aa

PF01419.23Jacalin340-503 aa

PF01419.23Jacalin516-649 aa

PF13966.12zf-RVT696-779 aa

PF00069.32Pkinase923-1190 aa

PF07714.24PK_Tyr_Ser-Thr925-1192 aa

PF00069.32Pkinase1427-1694 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_019173	`PF00069.32`	Pkinase	51	318	2.5e-140	467.0
LXL04_019173	`PF07714.24`	PK_Tyr_Ser-Thr	54	322	5.2e-142	472.4
LXL04_019173	`PF01419.23`	Jacalin	340	503	3e-90	300.4
LXL04_019173	`PF01419.23`	Jacalin	516	649	3e-90	300.4
LXL04_019173	`PF13966.12`	zf-RVT	696	779	3.8e-15	57.0
LXL04_019173	`PF00069.32`	Pkinase	923	1190	2.5e-140	467.0
LXL04_019173	`PF07714.24`	PK_Tyr_Ser-Thr	925	1192	5.2e-142	472.4
LXL04_019173	`PF00069.32`	Pkinase	1427	1694	2.5e-140	467.0
LXL04_019173	`PF07714.24`	PK_Tyr_Ser-Thr	1430	1698	5.2e-142	472.4
LXL04_019173	`PF01419.23`	Jacalin	1716	1879	3e-90	300.4
LXL04_019173	`PF01419.23`	Jacalin	1892	2035	3e-90	300.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9SCZ4`	拟南芥	Receptor-like protein kinase FERONIA	44.898%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9FID8`	拟南芥	Putative receptor-like protein kinase At5g39000	43.312%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9SR05`	拟南芥	Receptor-like protein kinase ANXUR1	44.805%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9FID9`	拟南芥	Probable receptor-like protein kinase At5g38990	42.675%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9FN92`	拟南芥	Probable receptor-like protein kinase At5g59700	45.791%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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