RubberDandelionOmics 橡胶草多组学网站
更多
转录组数据查询 注释 橡胶合成 转录因子预测 靶基因 蛋白关联网络 重测序 工具 下载
ZH EN

本页使用教程

基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

LXL04_019165
当前版本: OH-1004 染色体: Chr04 坐标: 25124100-25131575 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

3930 bp · LXL04_019165|LXL04_019165|OH1004|cDNA

ATGTCCGCATTTACTATCTCCCTCCCGTTTCAAACTCACCACCAACAACAAAAACCCATCAACCAAAACCACAATTCTCGGTTCCCTTCTAAAACCCCTTCGTCAAATCAAAAACCCACATCAGATTCACGCTCAAATTCCTCATGGATCGAACAACTTCGCTCCCACACCCGTTCCGGCAACTTTCACGAAGCCATCTCGTTCTACATCGACATGACCACCGACGGTCACCGGCCCAACAACTTCGCTTTCCCAGCTGT...

CDS

下载 CDS FASTA

3930 bp · LXL04_019165|LXL04_019165|OH1004|CDS

ATGTCCGCATTTACTATCTCCCTCCCGTTTCAAACTCACCACCAACAACAAAAACCCATCAACCAAAACCACAATTCTCGGTTCCCTTCTAAAACCCCTTCGTCAAATCAAAAACCCACATCAGATTCACGCTCAAATTCCTCATGGATCGAACAACTTCGCTCCCACACCCGTTCCGGCAACTTTCACGAAGCCATCTCGTTCTACATCGACATGACCACCGACGGTCACCGGCCCAACAACTTCGCTTTCCCAGCTGT...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

1309 aa · LXL04_019165|LXL04_019165|OH1004|PROTEIN

MSAFTISLPFQTHHQQQKPINQNHNSRFPSKTPSSNQKPTSDSRSNSSWIEQLRSHTRSGNFHEAISFYIDMTTDGHRPNNFAFPAVLKAVTETQDFNLGAQVHGAVVKLGYDASSVTVANTLLNMYGRCGSLNDVLKVFDKITERDKVSWNTLLASLCRLEEWELALDMFRRMHFDKVEPNSFTLVSMSLACSNLENRHGVMLGKQVHAYSLKIGDTMSFTNNSLMSMYAKLGRIQDSISLFEMFPGKNIISWNTMISS...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDLXL04_019165
版本OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDLXL04_019165
位置Chr04:25124100-25131575 (+)
描述Similar to PCMP-H81: Pentatricopeptide repeat-containing protein At3g57430, chloroplastic
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At3g57430 参与叶绿体中的RNA编辑事件。
A study of new Arabidopsis chloroplast RNA editing mutants reveals general features of editing factors and their target sites.2009 · DOI: 10.1105/tpc.109.071472
At4g13650 含五重复肽基序蛋白 At4g13650。 暂无已核实直接文献
At1g11290 参与叶绿体中多个位点的RNA编辑事件。
Pentatricopeptide repeat proteins with the DYW motif have distinct molecular functions in RNA editing and RNA cleavage in Arabidopsis chloroplasts.2009 · DOI: 10.1105/tpc.108.064667
At3g03580 含五肽重复序列的蛋白 At3g03580。 暂无已核实直接文献
At4g18750 在叶绿体中的单 RNA 编辑事件中发挥重要作用。
Identification of two pentatricopeptide repeat genes required for RNA editing and zinc binding by C-terminal cytidine deaminase-like domains.2013 · DOI: 10.1074/jbc.m113.485755

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_019165 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006397 mRNA processing 生物过程
GO:0009451 RNA modification 生物过程
GO:0031425 chloroplast RNA processing 生物过程
GO:0005739 mitochondrion 细胞组分
GO:0009507 chloroplast 细胞组分
GO:0003723 RNA binding 分子功能
GO:0003729 mRNA binding 分子功能
GO:0008270 zinc ion binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT3G57430
ath:AT4G13650
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.470
排名 1 · LXL04_019165 · OH-1004
质体0.367
排名 2 · LXL04_019165 · OH-1004
细胞核0.079
排名 3 · LXL04_019165 · OH-1004
细胞质0.038
排名 4 · LXL04_019165 · OH-1004
细胞膜0.009
排名 5 · LXL04_019165 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13041.13PPR_2147-190 aa
PF01535.27PPR149-175 aa
PF13041.13PPR_2249-297 aa
PF01535.27PPR252-280 aa
PF01535.27PPR355-381 aa
PF13041.13PPR_2453-485 aa
PF01535.27PPR456-484 aa
PF13041.13PPR_2565-612 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
LXL04_019165PF13041.13PPR_21471903.1e-63210.4
LXL04_019165PF01535.27PPR1491752.8e-72234.8
LXL04_019165PF13041.13PPR_22492973.1e-63210.4
LXL04_019165PF01535.27PPR2522802.8e-72234.8
LXL04_019165PF01535.27PPR3553812.8e-72234.8
LXL04_019165PF13041.13PPR_24534853.1e-63210.4
LXL04_019165PF01535.27PPR4564842.8e-72234.8
LXL04_019165PF13041.13PPR_25656123.1e-63210.4
LXL04_019165PF01535.27PPR5685942.8e-72234.8
LXL04_019165PF20431.5E_motif6837453.1e-2279.3
LXL04_019165PF20430.4Eplus_motif7507777.7e-0626.3
LXL04_019165PF14432.13DYW_deaminase7818721.9e-42143.7
LXL04_019165PF13966.12zf-RVT111411888.2e-1762.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q7Y211拟南芥Pentatricopeptide repeat-containing protein At3g57430, chloroplastic59.276%Swiss-Prot中等数据库同源证据
Q9SVP7拟南芥Pentatricopeptide repeat-containing protein At4g1365037.560%Swiss-Prot中等数据库同源证据
Q3E6Q1拟南芥Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g11290, chloroplastic41.060%Swiss-Prot中等数据库同源证据
Q9SS60拟南芥Pentatricopeptide repeat-containing protein At3g0358038.390%Swiss-Prot中等数据库同源证据
Q9SN39拟南芥Pentatricopeptide repeat-containing protein DOT4, chloroplastic35.484%Swiss-Prot中等数据库同源证据

JBrowse

在基因组浏览器中查看