LXL04_019117 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_019117

当前版本: OH-1004 染色体: Chr04 坐标: 24037058-24038167 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1110 bp · LXL04_019117|LXL04_019117|OH1004|cDNA

ATGTATCGTTGGAGTCATAAATCAGTCAAGGAAAGCAAATCCCGGAAAAACACACAAAACCCATCTTTTTCCTCAACCCTTCTCGATGAAATCTACCGTTCTATGGACGGGGACGATGAGAAATTAGGCCGAGAAGAGAAGTTCCCAAAGAAACAGACCACCACCAGCGGCGGTGGCAGACCAAAGGCGAGCAGTGCGGTGGAGGACGAAGGAGTGGCGAGTTTCCGGCGAGTTTTTCTGGTCGAGAAATGGATGGACAT...

CDS

下载 CDS FASTA

1110 bp · LXL04_019117|LXL04_019117|OH1004|CDS

ATGTATCGTTGGAGTCATAAATCAGTCAAGGAAAGCAAATCCCGGAAAAACACACAAAACCCATCTTTTTCCTCAACCCTTCTCGATGAAATCTACCGTTCTATGGACGGGGACGATGAGAAATTAGGCCGAGAAGAGAAGTTCCCAAAGAAACAGACCACCACCAGCGGCGGTGGCAGACCAAAGGCGAGCAGTGCGGTGGAGGACGAAGGAGTGGCGAGTTTCCGGCGAGTTTTTCTGGTCGAGAAATGGATGGACAT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

369 aa · LXL04_019117|LXL04_019117|OH1004|PROTEIN

MYRWSHKSVKESKSRKNTQNPSFSSTLLDEIYRSMDGDDEKLGREEKFPKKQTTTSGGGRPKASSAVEDEGVASFRRVFLVEKWMDMKAINSKNMSRRTKPSSLPDLDQKPVVDNDQFFISSGTSSSDSSYGWFSEPEGFHNSRCHKPSCFGPFRRPEPVKTNAFSKKHQQMELCYCSDDHQTNVIDNGALIKSKARALKIYANLKKLKQPISPGGRLTTFLNSLLVNGHVKKPKDLNPPCFDHKKIERTSKSTCSSASS...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_019117`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_019117

位置 Chr04:24037058-24038167 (+)

描述 Similar to At1g54200: Protein BIG GRAIN 1-like B

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g54200`	参与生长素运输。	暂无已核实直接文献
`At3g13980`	参与生长素运输。	暂无已核实直接文献
`At3g42800`	参与生长素运输。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os03g0175800`	参与生长素运输。	暂无已核实直接文献
`UniProt: B8APC7`	参与生长素运输。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_019117 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009630 gravitropism 生物过程

GO:0009733 response to auxin 生物过程

GO:0009734 auxin-activated signaling pathway 生物过程

GO:0010929 positive regulation of auxin mediated signaling pathway 生物过程

GO:0060918 auxin transport 生物过程

GO:0080113 regulation of seed growth 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G54200

ath:AT3G13980

ath:AT3G42800

dosa:Os03g0175800

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.503

排名 1 · LXL04_019117 · OH-1004

细胞核0.383

排名 2 · LXL04_019117 · OH-1004

细胞质0.316

排名 3 · LXL04_019117 · OH-1004

内质网0.055

排名 4 · LXL04_019117 · OH-1004

质体0.028

排名 5 · LXL04_019117 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF30505.1Big_grain_11-43 aa

PF30505.1Big_grain_1195-364 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_019117	`PF30505.1`	Big_grain_1	1	43	3.1e-31	110.0
LXL04_019117	`PF30505.1`	Big_grain_1	195	364	3.1e-31	110.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9SLL2`	拟南芥	Protein BIG GRAIN 1-like B	33.416%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9LVK2`	拟南芥	Protein BIG GRAIN 1-like A	42.982%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9M2B3`	拟南芥	Protein BIG GRAIN 1-like C	33.333%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q10R09`	水稻	Protein BIG GRAIN 1	36.170%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`B8APC7`	水稻	Protein BIG GRAIN 1	36.170%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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