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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

LXL04_019114
当前版本: OH-1004 染色体: Chr04 坐标: 24012048-24013613 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

1566 bp · LXL04_019114|LXL04_019114|OH1004|cDNA

ATGACGACGGCCATGGCCATGGCATCTCCCAAGATCCGTCGATTCTTATCAGAAATCCCATCTCAGATCCTTGCAACAATCTCCTCCGTAACCACTCTCCTCCAAATCATAAACCCACAACACCCAAATCACCCTCTTAATCCAAACCCTTCCATCCTCAACCACTTCTCCCCACATTTAAACCCTCATTTCGTCATTCGAGTCATACAGAACCAGCAAAACCCCTACCATGCCCTCTTCTTCTTTAACTGGGCCTCAAA...

CDS

下载 CDS FASTA

1566 bp · LXL04_019114|LXL04_019114|OH1004|CDS

ATGACGACGGCCATGGCCATGGCATCTCCCAAGATCCGTCGATTCTTATCAGAAATCCCATCTCAGATCCTTGCAACAATCTCCTCCGTAACCACTCTCCTCCAAATCATAAACCCACAACACCCAAATCACCCTCTTAATCCAAACCCTTCCATCCTCAACCACTTCTCCCCACATTTAAACCCTCATTTCGTCATTCGAGTCATACAGAACCAGCAAAACCCCTACCATGCCCTCTTCTTCTTTAACTGGGCCTCAAA...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

521 aa · LXL04_019114|LXL04_019114|OH1004|PROTEIN

MTTAMAMASPKIRRFLSEIPSQILATISSVTTLLQIINPQHPNHPLNPNPSILNHFSPHLNPHFVIRVIQNQQNPYHALFFFNWASNPTPNPNNYSHNHLSYIAITDLLLSRNLFSLATELLESSNKLSDFMVGKLIKAHGDLGHIRWALHLFHRVRARYSSRCLFSYNAILGVLVRADRVDMAEKIFNQMTTESTLNPDVSTCTVMIKGLCKTGMLEKAQKLFDEMPSSRNLHTYNTMVSGMCKKGLMDSALELVSRMK...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDLXL04_019114
TK1151 IDTkA05G020130
OH-1004 IDLXL04_019114
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 待复核
蛋白一致性 (%)99.700
蛋白覆盖度 (%)TK1151 84.551 / OH-1004 57.774
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDLXL04_019114
位置Chr04:24012048-24013613 (-)
描述Similar to EMB2745: Pentatricopeptide repeat-containing protein At5g39710
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At5g39710 含五重复肽序列蛋白 At5g39710。 暂无已核实直接文献
At2g06000 含有五三基重复的蛋白 At2g06000。 暂无已核实直接文献
At1g02060 含五十二肽重复序列的蛋白At1g02060，叶绿体内。 暂无已核实直接文献
At3g53700 可能参与雌配子体发育。 暂无已核实直接文献
At5g16420 含五肽复合重复序列的线粒体蛋白 At5g16420。 暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_019114 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0005739 mitochondrion 细胞组分
GO:0009507 chloroplast 细胞组分
GO:0003729 mRNA binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT5G39710
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.815
排名 1 · LXL04_019114 · OH-1004
质体0.070
排名 2 · LXL04_019114 · OH-1004
细胞核0.068
排名 3 · LXL04_019114 · OH-1004
细胞质0.032
排名 4 · LXL04_019114 · OH-1004
细胞膜0.009
排名 5 · LXL04_019114 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13041.13PPR_2165-213 aa
PF01535.27PPR166-192 aa
PF12854.14PPR_1197-227 aa
PF13041.13PPR_2199-229 aa
PF01535.27PPR202-230 aa
PF12854.14PPR_1231-260 aa
PF13041.13PPR_2232-281 aa
PF17177.11PPR_long234-331 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
LXL04_019114PF13041.13PPR_21652135.3e-84276.9
LXL04_019114PF01535.27PPR1661924.5e-63205.9
LXL04_019114PF12854.14PPR_11972275.5e-68225.1
LXL04_019114PF13041.13PPR_21992295.3e-84276.9
LXL04_019114PF01535.27PPR2022304.5e-63205.9
LXL04_019114PF12854.14PPR_12312605.5e-68225.1
LXL04_019114PF13041.13PPR_22322815.3e-84276.9
LXL04_019114PF17177.11PPR_long2343315.8e-1969.0
LXL04_019114PF01535.27PPR2352614.5e-63205.9
LXL04_019114PF13812.13PPR_32633136.2e-37126.2
LXL04_019114PF12854.14PPR_12642955.5e-68225.1
LXL04_019114PF13041.13PPR_22673155.3e-84276.9
LXL04_019114PF01535.27PPR2702994.5e-63205.9
LXL04_019114PF12854.14PPR_12983315.5e-68225.1
LXL04_019114PF13041.13PPR_23023505.3e-84276.9
LXL04_019114PF01535.27PPR3053354.5e-63205.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9FIX3拟南芥Pentatricopeptide repeat-containing protein At5g3971028.200%Swiss-Prot低置信数据库同源证据
Q9ZUE9拟南芥Pentatricopeptide repeat-containing protein At2g0600028.636%Swiss-Prot低置信数据库同源证据
O81908拟南芥Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g02060, chloroplastic29.339%Swiss-Prot低置信数据库同源证据
Q9LFF1拟南芥Pentatricopeptide repeat-containing protein At3g53700, chloroplastic30.747%Swiss-Prot中等数据库同源证据
Q9FFE3拟南芥Pentatricopeptide repeat-containing protein At5g16420, mitochondrial27.756%Swiss-Prot低置信数据库同源证据

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