LXL04_019100 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_019100

当前版本: OH-1004 染色体: Chr04 坐标: 23641934-23644506 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1713 bp · LXL04_019100|LXL04_019100|OH1004|cDNA

ATGGCGACACAAGTCAAGAACACCGACATCCTTTCTCCTGTGATGAATATGACTCGACAGGGCGTTATCTCTGAAGATATCCCTACTGACATATTGGTTCAAGTTGGTGAAGCAAAGTTCCCCCTTCACAAGTTTATGTTGATAGCAAAGAGTAACCACATACGAAATTTAGTTCTGGAATCGGGAGTACCTGATTTGGGGATGATAGATCTCTCCGATATTCCTGGAGGAGCCGAGATCTTTGAGAAAGTAGCAAGGTT...

CDS

下载 CDS FASTA

1713 bp · LXL04_019100|LXL04_019100|OH1004|CDS

ATGGCGACACAAGTCAAGAACACCGACATCCTTTCTCCTGTGATGAATATGACTCGACAGGGCGTTATCTCTGAAGATATCCCTACTGACATATTGGTTCAAGTTGGTGAAGCAAAGTTCCCCCTTCACAAGTTTATGTTGATAGCAAAGAGTAACCACATACGAAATTTAGTTCTGGAATCGGGAGTACCTGATTTGGGGATGATAGATCTCTCCGATATTCCTGGAGGAGCCGAGATCTTTGAGAAAGTAGCAAGGTT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

570 aa · LXL04_019100|LXL04_019100|OH1004|PROTEIN

MATQVKNTDILSPVMNMTRQGVISEDIPTDILVQVGEAKFPLHKFMLIAKSNHIRNLVLESGVPDLGMIDLSDIPGGAEIFEKVARFCYGVNFEITVNNVAALHCAAEYLEMNDRCCDSNLAGRTYGFLKKVALTRLCGAITVLKSCEDLLPIAELLNIVNQCVEVASAKACDEAYFPSRSPPNWWTEELSILDITFFQKIILSMKSRGAKAHVIAAAIITYAKKTLPDVVRYQSVAATKSLISERSSTSRIKQRNLLES...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_019100`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_019100

位置 Chr04:23641934-23644506 (+)

描述 Similar to RPT2: Root phototropism protein 2

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`UniProt: Q682S0`	可能作为 E3 泛素蛋白连接酶复合体 (CUL3-RBX1-BTB) 的底物特异性适配器，介导目标蛋白的泛素化及随后通过蛋白酶体降解 (通过相似性推测)。	暂无已核实直接文献
`At5g67385`	可能作为E3泛素蛋白连接酶复合体（CUL3-RBX1-BTB）的底物特异性衔接蛋白，介导靶蛋白的泛素化及随后的蛋白酶体降解。	暂无已核实直接文献
`At5g48800`	可能作为 E3 泛素-蛋白连接酶复合物 (CUL3-RBX1-BTB) 的底物特异性适配子，介导靶蛋白的泛素化及随后的蛋白酶体降解。	暂无已核实直接文献
`At1g03010`	可能作为 E3 泛素-蛋白连接酶复合物 (CUL3-RBX1-BTB) 的底物特异性适配子，介导靶蛋白的泛素化及随后的蛋白酶体降解。	暂无已核实直接文献
`At2g47860`	可能作为 E3 泛素-蛋白连接酶复合物 (CUL3-RBX1-BTB) 的底物特异性适配子，介导靶蛋白的泛素化及随后的蛋白酶体降解。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_019100 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0007165 signal transduction 生物过程

GO:0009638 phototropism 生物过程

GO:0009846 pollen germination 生物过程

GO:0009860 pollen tube growth 生物过程

GO:0009904 chloroplast accumulation movement 生物过程

GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程

GO:0042742 defense response to bacterium 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005777 peroxisome 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G03010

ath:AT2G30520

ath:AT2G47860

ath:AT5G48800

ath:AT5G67385

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.452

排名 1 · LXL04_019100 · OH-1004

细胞核0.404

排名 2 · LXL04_019100 · OH-1004

细胞膜0.190

排名 3 · LXL04_019100 · OH-1004

内质网0.050

排名 4 · LXL04_019100 · OH-1004

质体0.036

排名 5 · LXL04_019100 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00651.38BTB27-114 aa

PF03000.20NPH3184-440 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_019100	`PF00651.38`	BTB	27	114	1.4e-08	35.6
LXL04_019100	`PF03000.20`	NPH3	184	440	6.5e-74	249.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q682S0`	拟南芥	Root phototropism protein 2	59.328%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q66GP0`	拟南芥	BTB/POZ domain-containing protein SR1IP1	36.364%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9FKB6`	拟南芥	BTB/POZ domain-containing protein At5g48800	35.263%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9SA69`	拟南芥	BTB/POZ domain-containing protein At1g03010	32.419%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`O82253`	拟南芥	BTB/POZ domain-containing protein SETH6	32.286%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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