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基因概览

LXL04_019088

当前版本: OH-1004 染色体: Chr04 坐标: 23567594-23569515 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1296 bp · LXL04_019088|LXL04_019088|OH1004|cDNA

ATGGAACCTCCTTCTGCAAGTAATTTATCTTCTAGTAACAGTAGGGGCGGTTTAAGGTTCCGATTACGCGAAATCATTCGGGCGCCACTTTTGTCCTTTTTGGAGCAATCGGGAGTTTTCCACAACCAATCACGATCAGTTTCTACTTCTGATCTCGAGATGCAGCATGATCATGCAAATGATGATGAGTTCGAAGGCGGTGCCGGTGGTGTAGTCAATGGAGGGGAGGAGGTTTCTATCAGGATTTTGGGTGCGGTGGA...

CDS

下载 CDS FASTA

1296 bp · LXL04_019088|LXL04_019088|OH1004|CDS

ATGGAACCTCCTTCTGCAAGTAATTTATCTTCTAGTAACAGTAGGGGCGGTTTAAGGTTCCGATTACGCGAAATCATTCGGGCGCCACTTTTGTCCTTTTTGGAGCAATCGGGAGTTTTCCACAACCAATCACGATCAGTTTCTACTTCTGATCTCGAGATGCAGCATGATCATGCAAATGATGATGAGTTCGAAGGCGGTGCCGGTGGTGTAGTCAATGGAGGGGAGGAGGTTTCTATCAGGATTTTGGGTGCGGTGGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

431 aa · LXL04_019088|LXL04_019088|OH1004|PROTEIN

MEPPSASNLSSSNSRGGLRFRLREIIRAPLLSFLEQSGVFHNQSRSVSTSDLEMQHDHANDDEFEGGAGGVVNGGEEVSIRILGAVEEELPLNAVADGGVIGNGEVQIGNERGVEELRSGVGGTEAGQQTPATSSNNNRYDIQNVAQWIEQILPFSLLLLVVLIRQHLQGFFGTIWISAVLFKSNDILQKQTALKGERKLFVLISITVIFILHIVFVYWWYQNDDLMYPLILLPPKSVPPFWHALFIILVNDSMARQAAM...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_019088`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`LXL04_019088`
位置	Chr04:23567594-23569515 (-)
描述	Similar to RNFT2: RING finger and transmembrane domain-containing protein 2
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_019088` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程 GO:0051865 protein autoubiquitination 生物过程 GO:1904294 positive regulation of ERAD pathway 生物过程 GO:0005783 endoplasmic reticulum 细胞组分 GO:0005789 endoplasmic reticulum membrane 细胞组分 GO:0016020 membrane 细胞组分 GO:0008270 zinc ion binding 分子功能 GO:0043130 ubiquitin binding 分子功能 GO:0061630 ubiquitin protein ligase activity 分子功能
KEGG 基因交叉引用	hsa:51136 hsa:84900 mmu:269695 pon:100174460 xla:414607 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

内质网0.574

排名 1 · LXL04_019088 · OH-1004

高尔基体0.247

排名 2 · LXL04_019088 · OH-1004

细胞核0.138

排名 3 · LXL04_019088 · OH-1004

细胞质0.115

排名 4 · LXL04_019088 · OH-1004

细胞膜0.071

排名 5 · LXL04_019088 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13920.13zf-C3HC4_3368-411 aa

PF12678.14zf-rbx1368-408 aa

PF13639.13zf-RING_2369-408 aa

PF00097.32zf-C3HC4370-407 aa

PF13923.13zf-C3HC4_2370-407 aa

PF13445.13zf-RING_UBOX370-405 aa

PF14634.13zf-RING_5370-408 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_019088	`PF13920.13`	zf-C3HC4_3	368	411	3.5e-10	40.3
LXL04_019088	`PF12678.14`	zf-rbx1	368	408	1.3e-06	29.2
LXL04_019088	`PF13639.13`	zf-RING_2	369	408	8.1e-11	42.7
LXL04_019088	`PF00097.32`	zf-C3HC4	370	407	3.1e-09	37.3
LXL04_019088	`PF13923.13`	zf-C3HC4_2	370	407	4.6e-09	36.7
LXL04_019088	`PF13445.13`	zf-RING_UBOX	370	405	8.2e-08	32.8
LXL04_019088	`PF14634.13`	zf-RING_5	370	408	1.1e-07	32.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

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