LXL04_018959 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_018959

当前版本: OH-1004 染色体: Chr04 坐标: 20403133-20408695 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

3819 bp · LXL04_018959|LXL04_018959|OH1004|cDNA

ATGGTAGTTGGATGCAAGTTTTGGCTGGTACAAAAGAAGAGGTTTTGTGCAATTCCGCCGCTCCCCGATTCCGAGTTTTGCGGCAACCACTCTACAAGGCCGGGTGACAGGTGGATTTTGTGCTCGATAGATCCCTCCCACTCTGTACTGGAATCCAACCTCGAGAACCACCTTAGACGGTGTGCATTCCTCAAACATAACAACTTGCTGTCCCTCCAATCTTTCTACCAAAAGGGCATTAATGGAGGCGATGCAGACGT...

CDS

下载 CDS FASTA

3819 bp · LXL04_018959|LXL04_018959|OH1004|CDS

ATGGTAGTTGGATGCAAGTTTTGGCTGGTACAAAAGAAGAGGTTTTGTGCAATTCCGCCGCTCCCCGATTCCGAGTTTTGCGGCAACCACTCTACAAGGCCGGGTGACAGGTGGATTTTGTGCTCGATAGATCCCTCCCACTCTGTACTGGAATCCAACCTCGAGAACCACCTTAGACGGTGTGCATTCCTCAAACATAACAACTTGCTGTCCCTCCAATCTTTCTACCAAAAGGGCATTAATGGAGGCGATGCAGACGT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1272 aa · LXL04_018959|LXL04_018959|OH1004|PROTEIN

MVVGCKFWLVQKKRFCAIPPLPDSEFCGNHSTRPGDRWILCSIDPSHSVLESNLENHLRRCAFLKHNNLLSLQSFYQKGINGGDADVSSESKRMESGQYLGEISALCFLHLPPPSSSLPYLLAGDLLRSGSQLLFYDLHTGNMIASFQVFNGVRVHGISCSPPTDASLTFRVALFGERMLKLFLFTIQLPDHNKQTLVHLLSFQSLPNFGHWILDVCFMQDCEFLAIGCTDNSVYFWDTSTSTISYEVNSPDRCLLYTMR...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_018959`
TK1151 ID	TkA05G005390
OH-1004 ID	LXL04_018959
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	97.600
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`LXL04_018959`
位置	Chr04:20403133-20408695 (-)
描述	Similar to WDR6: WD repeat-containing protein 6
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_018959` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0002130 wobble position ribose methylation 生物过程 GO:0008285 negative regulation of cell population proliferation 生物过程 GO:0010507 negative regulation of autophagy 生物过程 GO:0030488 tRNA methylation 生物过程 GO:0048009 insulin-like growth factor receptor signaling pathway 生物过程 GO:0070314 G1 to G0 transition 生物过程 GO:0005737 cytoplasm 细胞组分 GO:0005829 cytosol 细胞组分 GO:0005886 plasma membrane 细胞组分 GO:0008180 COP9 signalosome 细胞组分 GO:0032991 protein-containing complex 细胞组分 GO:0000049 tRNA binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用	bta:526884 hsa:11180 mmu:83669 pon:100174434 rno:301007 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.757

排名 1 · LXL04_018959 · OH-1004

细胞质0.248

排名 2 · LXL04_018959 · OH-1004

细胞膜0.053

排名 3 · LXL04_018959 · OH-1004

内质网0.041

排名 4 · LXL04_018959 · OH-1004

高尔基体0.028

排名 5 · LXL04_018959 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF11722.14zf-TRM13_CCCH5-30 aa

PF25172.2Beta-prop_WDR3_2nd132-382 aa

PF24807.2WD40_CDC20-Fz193-381 aa

PF25173.2Beta-prop_WDR3_1st211-379 aa

PF24105.2Beta-prop_CAF1B_HIR1268-424 aa

PF25173.2Beta-prop_WDR3_1st270-422 aa

PF25175.2Beta-prop_WDR5270-434 aa

PF00400.39WD40298-333 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_018959	`PF11722.14`	zf-TRM13_CCCH	5	30	2.9e-11	43.5
LXL04_018959	`PF25172.2`	Beta-prop_WDR3_2nd	132	382	7e-14	52.5
LXL04_018959	`PF24807.2`	WD40_CDC20-Fz	193	381	1.3e-16	61.5
LXL04_018959	`PF25173.2`	Beta-prop_WDR3_1st	211	379	6.5e-23	82.1
LXL04_018959	`PF24105.2`	Beta-prop_CAF1B_HIR1	268	424	4.2e-07	30.0
LXL04_018959	`PF25173.2`	Beta-prop_WDR3_1st	270	422	6.5e-23	82.1
LXL04_018959	`PF25175.2`	Beta-prop_WDR5	270	434	1.2e-18	68.2
LXL04_018959	`PF00400.39`	WD40	298	333	1.5e-27	95.6
LXL04_018959	`PF25174.2`	Beta-prop_THOC3	305	461	1.5e-18	67.5
LXL04_018959	`PF25175.2`	Beta-prop_WDR5	350	426	1.2e-18	68.2
LXL04_018959	`PF23381.2`	Beta-prop_IFT122_1st	353	421	3.5e-15	56.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

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