LXL04_018943 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_018943

当前版本: OH-1004 染色体: Chr04 坐标: 20276302-20282222 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

4140 bp · LXL04_018943|LXL04_018943|OH1004|cDNA

TGTATCAGTGACTGGATTAAATCGTCATTTTAAAAGATTACATCCGATTAAAAGCATAACCAAAGAACcttgataaaaataatatattttggaactttaaattatttttgCACGAAGGATCCCAAGCCCCAATTCCATGGCCATCCTCTACGCAGGAAGAGGAGTCGTCAACGTTTGCCGACTTCCCGCCAAAGTTCGCCCACTTCCCTCTCCTTTCTCTCTGAGTCTCTGACTGTGATTTTCTTCCTACTCTAATTCCC...

CDS

下载 CDS FASTA

3837 bp · LXL04_018943|LXL04_018943|OH1004|CDS

CTGTCCGGTGCTTACTCAACAATGGCATTTCGTCGCCCAACCAACGGTCGATCGCCGCTCGTTAATCCACAACGTCAAATAACCTCTTTCTTCTCCAAATCACCATCACCAACCTCCTCCCTTTCTCCCTCTCAATCACCATCCCCTCTTCTTTCTAACTCTAACTCTAAACTTAAACCTAAAACTAAACCTAGCCCTACAACCCCATCTCCCCTTCAACCCAAAAGCAGTAAAAAGCCGGCTTTAGTTATTGGTCAATC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1278 aa · LXL04_018943|LXL04_018943|OH1004|PROTEIN

MSGAYSTMAFRRPTNGRSPLVNPQRQITSFFSKSPSPTSSLSPSQSPSPLLSNSNSKLKPKTKPSPTTPSPLQPKSSKKPALVIGQSSSTPASSAQNLIYGDELVNRRIKVYWPLDKAWYEGCVKSFDKSSGKHLVQYDDSEEEHLDLSKEKIELLKEQAKRFRRLRKFSIEDEDDDEAGGGSQEIVDKNVESGSDDSADEDWGKNVEKEAIDDEMEDLDLVDEEEEEEEVEMEETKAIKPEPKKRKSSAAAMKPASVKK...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_018943`
TK1151 ID	TkA05G005050
OH-1004 ID	LXL04_018943
关系 / 置信度	序列支持，注释或模型存在差异 / 待复核
蛋白一致性 (%)	97.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 94.762 / OH-1004 15.571 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_018943

位置 Chr04:20276302-20282222 (-)

描述 Similar to MSH6: DNA mismatch repair protein MSH6

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g02070`	复制后 DNA 错配修复系统的组成部分。	Arabidopsis MutS homologs-AtMSH2, AtMSH3, AtMSH6, and a novel AtMSH7-form three distinct protein heterodimers with different specificities for mismatched DNA.2000 · DOI: 10.1105/tpc.12.6.991 Dissimilar mispair-recognition spectra of Arabidopsis DNA-mismatch-repair proteins MSH2MSH6 (MutSalpha) and MSH2MSH7 (MutSgamma).2003 · DOI: 10.1093/nar/gkg780 Regulation of plant MSH2 and MSH6 genes in the UV-B-induced DNA damage response.2011 · DOI: 10.1093/jxb/err001

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_018943 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000710 meiotic mismatch repair 生物过程

GO:0006281 DNA repair 生物过程

GO:0006290 pyrimidine dimer repair 生物过程

GO:0006298 mismatch repair 生物过程

GO:0007095 mitotic G2 DNA damage checkpoint signaling 生物过程

GO:0007283 spermatogenesis 生物过程

GO:0008340 determination of adult lifespan 生物过程

GO:0009411 response to UV 生物过程

GO:0032876 negative regulation of DNA endoreduplication 生物过程

GO:0045910 negative regulation of DNA recombination 生物过程

GO:0000785 chromatin 细胞组分

GO:0005634 nucleus 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT4G02070

dme:Dmel_CG7003

hsa:2956

mmu:17688

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.943

排名 1 · LXL04_018943 · OH-1004

细胞质0.101

排名 2 · LXL04_018943 · OH-1004

细胞膜0.022

排名 3 · LXL04_018943 · OH-1004

质体0.016

排名 4 · LXL04_018943 · OH-1004

线粒体0.016

排名 5 · LXL04_018943 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF01624.26MutS_I347-460 aa

PF05188.24MutS_II471-554 aa

PF05192.24MutS_III659-974 aa

PF05190.24MutS_IV844-934 aa

PF00488.28MutS_V1036-1225 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_018943	`PF01624.26`	MutS_I	347	460	1.6e-31	109.5
LXL04_018943	`PF05188.24`	MutS_II	471	554	5.2e-09	37.4
LXL04_018943	`PF05192.24`	MutS_III	659	974	4.3e-35	122.5
LXL04_018943	`PF05190.24`	MutS_IV	844	934	4.5e-17	62.8
LXL04_018943	`PF00488.28`	MutS_V	1036	1225	1e-69	235.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`O04716`	拟南芥	DNA mismatch repair protein MSH6	58.426%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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