LXL04_018940 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_018940

当前版本: OH-1004 染色体: Chr04 坐标: 20234633-20236216 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

579 bp · LXL04_018940|LXL04_018940|OH1004|cDNA

ATGCAACTGCCACCACCACTACTCAAGCAACGTATGGAGAAAGATGTGGATGAAGTTGGAAAGATTGCACGGTTTATTAAATCAAAAATTGAAGAACTCGACAGGGAGAATTTGGCCAATAGACAGAAACGTGGATGTGGAAAAGGAACTGGAGTTGACCGGTCAAGAACTGCAACTACAATACAAAATGCTCTAAGAGAAAGCATCCATCAAGAACATCGCGAGGTGGTTGAAAGGCGTGTCTATACAGTCACGGGAAC...

CDS

下载 CDS FASTA

579 bp · LXL04_018940|LXL04_018940|OH1004|CDS

ATGCAACTGCCACCACCACTACTCAAGCAACGTATGGAGAAAGATGTGGATGAAGTTGGAAAGATTGCACGGTTTATTAAATCAAAAATTGAAGAACTCGACAGGGAGAATTTGGCCAATAGACAGAAACGTGGATGTGGAAAAGGAACTGGAGTTGACCGGTCAAGAACTGCAACTACAATACAAAATGCTCTAAGAGAAAGCATCCATCAAGAACATCGCGAGGTGGTTGAAAGGCGTGTCTATACAGTCACGGGAAC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

192 aa · LXL04_018940|LXL04_018940|OH1004|PROTEIN

MQLPPPLLKQRMEKDVDEVGKIARFIKSKIEELDRENLANRQKRGCGKGTGVDRSRTATTIQNALRESIHQEHREVVERRVYTVTGTRADEETIDQLIETGDSEQIFQKAIREQGRGQVLDTLADIQERHDAVREVSSAVDHVQDGNKALYKAKSLQKNSRKWMCIAILILLIIIAVVVVGVLKPWKSGNGA

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_018940`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_018940

位置 Chr04:20234633-20236216 (-)

描述 Similar to SYP131: Putative syntaxin-131

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g03800`	在分泌途径中起作用的囊泡运输蛋白。	暂无已核实直接文献
`At5g08080`	囊泡运输蛋白，在分泌途径中发挥作用（可能）。	Syntaxin of plant proteins SYP123 and SYP132 mediate root hair tip growth in Arabidopsis thaliana.2014 · DOI: 10.1093/pcp/pcu048 Concerted Action of Evolutionarily Ancient and Novel SNARE Complexes in Flowering-Plant Cytokinesis.2018 · DOI: 10.1016/j.devcel.2017.12.027 Unusual Roles of Secretory SNARE SYP132 in Plasma Membrane H+-ATPase Traffic and Vegetative Plant Growth.2019 · DOI: 10.1104/pp.19.00266
`At1g61290`	在分泌途径中起作用的囊泡运输蛋白。	暂无已核实直接文献
`At3g11820`	参与分泌途径的小泡转运蛋白（根据相似性推测）。	Arabidopsis SNAREs SYP61 and SYP121 coordinate the trafficking of plasma membrane aquaporin PIP2;7 to modulate the cell membrane water permeability.2014 · DOI: 10.1105/tpc.114.127159

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os07g0164300`	参与分泌途径的小泡转运蛋白（根据相似性推测）。	The Rice Qa-SNAREs in SYP13 Subfamily Are Involved in Regulating Arbuscular Mycorrhizal Symbiosis and Seed Fertility.2022 · DOI: 10.3389/fpls.2022.898286

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_018940 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006612 protein targeting to membrane 生物过程

GO:0006886 intracellular protein transport 生物过程

GO:0006887 exocytosis 生物过程

GO:0006897 endocytosis 生物过程

GO:0006906 vesicle fusion 生物过程

GO:0006952 defense response 生物过程

GO:0009620 response to fungus 生物过程

GO:0009737 response to abscisic acid 生物过程

GO:0009860 pollen tube growth 生物过程

GO:0010119 regulation of stomatal movement 生物过程

GO:0010148 transpiration 生物过程

GO:0016192 vesicle-mediated transport 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G61290

ath:AT3G11820

ath:AT5G08080

dosa:Os07g0164300

osa:4342474

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.413

排名 1 · LXL04_018940 · OH-1004

细胞膜0.394

排名 2 · LXL04_018940 · OH-1004

细胞核0.154

排名 3 · LXL04_018940 · OH-1004

细胞外0.093

排名 4 · LXL04_018940 · OH-1004

内质网0.071

排名 5 · LXL04_018940 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00804.32Syntaxin8-111 aa

PF05739.27SNARE135-170 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_018940	`PF00804.32`	Syntaxin	8	111	8e-26	91.4
LXL04_018940	`PF05739.27`	SNARE	135	170	3.6e-07	30.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9SRV7`	拟南芥	Putative syntaxin-131	63.319%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q8VZU2`	拟南芥	Syntaxin-132	64.889%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`O64791`	拟南芥	Syntaxin-124	38.009%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9ZSD4`	拟南芥	Syntaxin-121	44.000%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q7XIE2`	水稻	Syntaxin-132	54.867%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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