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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

LXL04_018862
当前版本: OH-1004 染色体: Chr04 坐标: 19314556-19315828 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

690 bp · LXL04_018862|LXL04_018862|OH1004|cDNA

ATGTCACACAATGAATTCACCTTCAAGTTAATAAATGGAGTTCTTTCAGATTTCAACAAAATCTTCAAATACAAATTTGTTCATTTAGGAGGACACGAAGTTGACACCAGTAGCTGGAGTGCCACTCCCTATATAAAAAAGTGGTTAGAACAAAAAGGATTTAACGAATCCCAAGCATACGAATACTTTGAGGAAACTTTCAACAACTTTGGTAGTAAACTTGACAGAAAAAACGGGGTTCATAACTGGCTTTGGAGTGG...

CDS

下载 CDS FASTA

690 bp · LXL04_018862|LXL04_018862|OH1004|CDS

ATGTCACACAATGAATTCACCTTCAAGTTAATAAATGGAGTTCTTTCAGATTTCAACAAAATCTTCAAATACAAATTTGTTCATTTAGGAGGACACGAAGTTGACACCAGTAGCTGGAGTGCCACTCCCTATATAAAAAAGTGGTTAGAACAAAAAGGATTTAACGAATCCCAAGCATACGAATACTTTGAGGAAACTTTCAACAACTTTGGTAGTAAACTTGACAGAAAAAACGGGGTTCATAACTGGCTTTGGAGTGG...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

229 aa · LXL04_018862|LXL04_018862|OH1004|PROTEIN

MSHNEFTFKLINGVLSDFNKIFKYKFVHLGGHEVDTSSWSATPYIKKWLEQKGFNESQAYEYFEETFNNFGSKLDRKNGVHNWLWSGVAKKVVESRLREVVDKCWEACKYSSINYRFSKQKFQIRILEADNWFKVHPELESRNSIPKPLICPSKVIFHSLLLPVISIQNYKLPLYLLSSIQKSSCGCTRFQLLEGNKVCHDYQEIKIQESTQVLGVGVEGFYYNAHDFE

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDLXL04_018862
版本OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDLXL04_018862
位置Chr04:19314556-19315828 (+)
描述Similar to HEXO3: Beta-hexosaminidase 3
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At1g65590 具有广泛的底物特异性。
Biosynthesis of truncated N-linked oligosaccharides results from non-orthologous hexosaminidase-mediated mechanisms in nematodes, plants, and insects.2007 · DOI: 10.1074/jbc.m704235200
Enzymatic properties and subcellular localization of Arabidopsis beta-N-acetylhexosaminidases.2007 · DOI: 10.1104/pp.107.101162
Beta-N-acetylhexosaminidases HEXO1 and HEXO3 are responsible for the formation of paucimannosidic N-glycans in Arabidopsis thaliana.2011 · DOI: 10.1074/jbc.m110.178020
At3g55260 具有广泛的底物特异性。
Biosynthesis of truncated N-linked oligosaccharides results from non-orthologous hexosaminidase-mediated mechanisms in nematodes, plants, and insects.2007 · DOI: 10.1074/jbc.m704235200
Enzymatic properties and subcellular localization of Arabidopsis beta-N-acetylhexosaminidases.2007 · DOI: 10.1104/pp.107.101162
Beta-N-acetylhexosaminidases HEXO1 and HEXO3 are responsible for the formation of paucimannosidic N-glycans in Arabidopsis thaliana.2011 · DOI: 10.1074/jbc.m110.178020
At2g14050 可能的DNA解旋酶，可能在减数分裂期间DNA修复中发挥作用。 暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
Os06g0218500 可能的DNA解旋酶，可能在减数分裂期间DNA修复中发挥作用。 暂无已核实直接文献
UniProt: B8B406 可能的DNA解旋酶，可能在减数分裂期间DNA修复中发挥作用。 暂无已核实直接文献
功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_018862 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0000724 double-strand break repair via homologous recombination 生物过程
GO:0005975 carbohydrate metabolic process 生物过程
GO:0006260 DNA replication 生物过程
GO:0006491 N-glycan processing 生物过程
GO:0030203 glycosaminoglycan metabolic process 生物过程
GO:0051321 meiotic cell cycle 生物过程
GO:0000325 plant-type vacuole 细胞组分
GO:0005634 nucleus 细胞组分
GO:0005773 vacuole 细胞组分
GO:0005886 plasma membrane 细胞组分
GO:0009505 plant-type cell wall 细胞组分
GO:0009507 chloroplast 细胞组分
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G65590
ath:AT2G14050
ath:AT3G55260
dosa:Os06g0218500
osa:4340503
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.412
排名 1 · LXL04_018862 · OH-1004
细胞核0.246
排名 2 · LXL04_018862 · OH-1004
线粒体0.134
排名 3 · LXL04_018862 · OH-1004
细胞外0.110
排名 4 · LXL04_018862 · OH-1004
内质网0.089
排名 5 · LXL04_018862 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00728.29Glyco_hydro_204-111 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
LXL04_018862PF00728.29Glyco_hydro_2041113.6e-1143.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q8L7S6拟南芥Beta-hexosaminidase 351.724%Swiss-Prot低置信数据库同源证据
A7WM73拟南芥Beta-hexosaminidase 137.838%Swiss-Prot低置信数据库同源证据
F4IFF3拟南芥Probable DNA helicase MCM930.058%Swiss-Prot中等数据库同源证据
Q69QA6水稻DNA helicase MCM941.176%Swiss-Prot低置信数据库同源证据
B8B406水稻Probable DNA helicase MCM941.176%Swiss-Prot低置信数据库同源证据

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