LXL04_018852 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_018852

当前版本: OH-1004 染色体: Chr04 坐标: 19171748-19177834 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2709 bp · LXL04_018852|LXL04_018852|OH1004|cDNA

ATGGATCCGAAGCCGTGGCTACATCCGGCTCCAACTTATTTCCCATTGGAGACGTTTTGGGACACAGACGACGACTCCCCTGGCCCTCGCTGTGGCCACACTCTTACCGCCGTTGCCCCAACCAAATCTCACGGACCTCGGCTTGTTTTATTCGGTGGCGCTACAGCCATTGAAGGCGGAACCTCCTCCGGCATCCGATTAGCCGGAGTGACAAATTCTGTTCACTCGTATGATGTTCTAAATAAGAAATGGACAAGGTT...

CDS

下载 CDS FASTA

2709 bp · LXL04_018852|LXL04_018852|OH1004|CDS

ATGGATCCGAAGCCGTGGCTACATCCGGCTCCAACTTATTTCCCATTGGAGACGTTTTGGGACACAGACGACGACTCCCCTGGCCCTCGCTGTGGCCACACTCTTACCGCCGTTGCCCCAACCAAATCTCACGGACCTCGGCTTGTTTTATTCGGTGGCGCTACAGCCATTGAAGGCGGAACCTCCTCCGGCATCCGATTAGCCGGAGTGACAAATTCTGTTCACTCGTATGATGTTCTAAATAAGAAATGGACAAGGTT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

902 aa · LXL04_018852|LXL04_018852|OH1004|PROTEIN

MDPKPWLHPAPTYFPLETFWDTDDDSPGPRCGHTLTAVAPTKSHGPRLVLFGGATAIEGGTSSGIRLAGVTNSVHSYDVLNKKWTRLLQFYTVIALKLPILLGNRMLIYENYFRMRPAGEAPSPRAAHAAAAVGTMVVFQGGIGPAGHSTDDLYVLDLTNDKYKWHRVVVQGQGPGPRYGHVMDLVAQRYLVTFSGNDGKKVLSDTWALDTAQKPYQWLKLNTEGDKPSARMYATACARSDGMFLLCGGRDTSGTPLDDA...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_018852`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_018852

位置 Chr04:19171748-19177834 (+)

描述 Similar to BSL1: Serine/threonine-protein phosphatase BSL1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g03080`	参与伸长过程的磷酸酶，可能通过作为油菜素内酯信号调控因子。	暂无已核实直接文献
`At1g08420`	参与伸长过程的磷酸酶，可能通过作为油菜素内酯信号调控因子。	暂无已核实直接文献
`At1g03445`	正向调控油菜素甾醇（BR）信号转导的磷酸酶。	Nuclear protein phosphatases with Kelch-repeat domains modulate the response to brassinosteroids in Arabidopsis.2004 · DOI: 10.1101/gad.1174204

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os05g0144400`	丝氨酸/苏氨酸蛋白磷酸酶BSL1同源物。	暂无已核实直接文献
`Os12g0617900`	丝氨酸/苏氨酸蛋白磷酸酶BSL2同源物。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_018852 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009742 brassinosteroid mediated signaling pathway 生物过程

GO:0032880 regulation of protein localization 生物过程

GO:1900459 positive regulation of brassinosteroid mediated signaling pathway 生物过程

GO:0005576 extracellular region 细胞组分

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0004722 protein serine/threonine phosphatase activity 分子功能

GO:0046872 metal ion binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G03445

ath:AT1G08420

ath:AT4G03080

dosa:Os05g0144400

dosa:Os12g0617900

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.577

排名 1 · LXL04_018852 · OH-1004

细胞核0.362

排名 2 · LXL04_018852 · OH-1004

细胞膜0.110

排名 3 · LXL04_018852 · OH-1004

溶酶体／液泡0.076

排名 4 · LXL04_018852 · OH-1004

高尔基体0.067

排名 5 · LXL04_018852 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13415.13Beta-prop_FBX42111-213 aa

PF24681.2Kelch_KLHDC2_KLHL20_DRC7114-301 aa

PF13854.13Kelch_HCF118-372 aa

PF13415.13Beta-prop_FBX42217-325 aa

PF13418.13Beta-prop_TYW4228-323 aa

PF24981.2Beta-prop_ATRN-LZTR1246-326 aa

PF00149.34Metallophos591-807 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_018852	`PF13415.13`	Beta-prop_FBX42	111	213	2.7e-33	116.1
LXL04_018852	`PF24681.2`	Kelch_KLHDC2_KLHL20_DRC7	114	301	2.8e-42	145.2
LXL04_018852	`PF13854.13`	Kelch_HCF	118	372	6.8e-16	59.2
LXL04_018852	`PF13415.13`	Beta-prop_FBX42	217	325	2.7e-33	116.1
LXL04_018852	`PF13418.13`	Beta-prop_TYW4	228	323	1.2e-09	39.2
LXL04_018852	`PF24981.2`	Beta-prop_ATRN-LZTR1	246	326	8.6e-22	78.5
LXL04_018852	`PF00149.34`	Metallophos	591	807	2.1e-36	126.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8L7U5`	拟南芥	Serine/threonine-protein phosphatase BSL1	71.521%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9SJF0`	拟南芥	Serine/threonine-protein phosphatase BSL2	57.673%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9LR78`	拟南芥	Serine/threonine-protein phosphatase BSU1	50.561%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q60EX6`	水稻	Serine/threonine-protein phosphatase BSL1 homolog	69.556%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q2QM47`	水稻	Serine/threonine-protein phosphatase BSL2 homolog	73.474%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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