基因详情
输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
基因概览
LXL04_018851
当前版本: OH-1004
染色体: Chr04
坐标: 19151395-19168022
链方向: -
类型: protein_coding
cDNA / CDS / 蛋白序列
cDNA
下载 cDNA FASTA11865 bp · LXL04_018851|LXL04_018851|OH1004|cDNA
ATGAATACTTTTTTCTCATCATCTCTCCCCACCTCCTCTTCCTCTAAGAGGAAACGGGATGAGAATTCTGTTGATAAACCCGTTTGTAGAAGGCCAAAATATGACTTGTTTGTGAATTATTTGTACGAAGATATTGGCAAAAGCTTCATAAGCCATGTCTATGGAGCACTAGATCGGAACGGTTTTACCATATCCGACCACACCAAAGTCCCTGTAGGCCAGGAAGTAAGTTCGGAGGTGTTGAAAGCTATTGAGGGGTC...
CDS
下载 CDS FASTA11865 bp · LXL04_018851|LXL04_018851|OH1004|CDS
ATGAATACTTTTTTCTCATCATCTCTCCCCACCTCCTCTTCCTCTAAGAGGAAACGGGATGAGAATTCTGTTGATAAACCCGTTTGTAGAAGGCCAAAATATGACTTGTTTGTGAATTATTTGTACGAAGATATTGGCAAAAGCTTCATAAGCCATGTCTATGGAGCACTAGATCGGAACGGTTTTACCATATCCGACCACACCAAAGTCCCTGTAGGCCAGGAAGTAAGTTCGGAGGTGTTGAAAGCTATTGAGGGGTC...
3954 aa · LXL04_018851|LXL04_018851|OH1004|PROTEIN
MNTFFSSSLPTSSSSKRKRDENSVDKPVCRRPKYDLFVNYLYEDIGKSFISHVYGALDRNGFTISDHTKVPVGQEVSSEVLKAIEGSEIYVIVFSIRYASSVRCLEELVDIMDCKDKFDDQKKVFPVFLNVNPSDVKKQEGPFKEAFEAHMNNSDPKRVQKWRKALNDAGQLSGQHYKNGDEEGFVREIVKQLQSMRKPPQLYTKEHHVGVESRADELISRLRLDLEDVSIVAVLGIGGIGKTTIARAVYDRISAEFDVS...
上下游序列下载
序列方向与下载说明
上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。
多版本 ID 对照
| 输入 ID | LXL04_018851 |
|---|---|
| 版本 | OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0 |
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004
展开后加载该基因的变异记录。
基因基本信息与功能注释
| 基因 ID | LXL04_018851 | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 位置 | Chr04:19151395-19168022 (-) | |||||||||
| 描述 | Similar to Retrovirus-related Pol polyprotein from transposon TNT 1-94 | |||||||||
| 拟南芥 / 水稻参考基因与文献 |
拟南芥
水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。 | |||||||||
| 功能注释来源 | 查看注释来源功能注释来源：OH1004 · | |||||||||
| GO 注释（OH1004 来源） | GO:0006281 DNA repair 生物过程 GO:0006508 proteolysis 生物过程 GO:0015074 DNA integration 生物过程 GO:0071897 DNA biosynthetic process 生物过程 GO:0042575 DNA polymerase complex 细胞组分 GO:0003676 nucleic acid binding 分子功能 GO:0003964 RNA-directed DNA polymerase activity 分子功能 GO:0004190 aspartic-type endopeptidase activity 分子功能 GO:0004519 endonuclease activity 分子功能 GO:0005524 ATP binding 分子功能 GO:0008270 zinc ion binding 分子功能 | |||||||||
| KEGG 基因交叉引用 | 暂无功能描述 |
基因表达
查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。
数据来源与对应关系说明
表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。
亚细胞定位 Top 5
以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。
细胞质0.511
细胞核0.440
细胞膜0.070
线粒体0.065
内质网0.057
LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果
预测功能结构域
结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
PF01582.26TIR33-201 aaPF13676.12TIR_237-133 aaPF00931.29NB-ARC214-392 aaPF23282.2WHD_ROQ1458-504 aaPF13961.13DUF4219692-717 aaPF14223.15Retrotran_gag_2703-867 aaPF22936.2Pol_BBD1019-1097 aaPF13976.12gag_pre-integrs1127-1194 aa| 基因 ID | 结构域编号 | 结构域名称 | 起始 aa | 终止 aa | E 值 | 评分 |
|---|---|---|---|---|---|---|
| LXL04_018851 | PF01582.26 | TIR | 33 | 201 | 6.5e-36 | 124.5 |
| LXL04_018851 | PF13676.12 | TIR_2 | 37 | 133 | 1.2e-07 | 33.0 |
| LXL04_018851 | PF00931.29 | NB-ARC | 214 | 392 | 2.4e-14 | 54.0 |
| LXL04_018851 | PF23282.2 | WHD_ROQ1 | 458 | 504 | 3.1e-11 | 44.0 |
| LXL04_018851 | PF13961.13 | DUF4219 | 692 | 717 | 1e-08 | 35.4 |
| LXL04_018851 | PF14223.15 | Retrotran_gag_2 | 703 | 867 | 1.4e-57 | 194.9 |
| LXL04_018851 | PF22936.2 | Pol_BBD | 1019 | 1097 | 1.5e-51 | 173.3 |
| LXL04_018851 | PF13976.12 | gag_pre-integrs | 1127 | 1194 | 2.3e-32 | 111.3 |
| LXL04_018851 | PF00665.33 | rve | 1210 | 1309 | 1.8e-25 | 89.9 |
| LXL04_018851 | PF29688.1 | TnsB_C | 1272 | 1327 | 2.4e-16 | 60.5 |
| LXL04_018851 | PF25597.2 | SH3_retrovirus | 1383 | 1446 | 3.2e-45 | 152.5 |
| LXL04_018851 | PF07727.20 | RVT_2 | 1603 | 1846 | 1.4e-170 | 565.9 |
| LXL04_018851 | PF23598.2 | LRR_14 | 2115 | 2176 | 3.2e-22 | 79.5 |
| LXL04_018851 | PF25013.1 | LRR_Zer-1 | 2115 | 2177 | 1.2e-10 | 42.3 |
| LXL04_018851 | PF23598.2 | LRR_14 | 2163 | 2313 | 3.2e-22 | 79.5 |
| LXL04_018851 | PF13855.13 | LRR_8 | 2198 | 2253 | 7.8e-14 | 51.9 |
拟南芥 / 水稻蛋白同源
仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。