LXL04_018823 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_018823

当前版本: OH-1004 染色体: Chr04 坐标: 18667888-18675569 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1926 bp · LXL04_018823|LXL04_018823|OH1004|cDNA

ATGGATTCTACTGCACAAAATCGTGTGCACTCAATCAAGCTATGGCCTCCAAGCCAAAACACAAGGCAAGTACTTATAGACCGCATAATAAATAACCTCACAAGTCCTTCACTTTTATCCAGAAAATGCGGTATTTTAACcaaagaagaagcagaagaagaagcTAAACGAATAGAATCTTTAGCTTTTGTTACTGCAAATCAACTCTTTGAAAAAGAACCAGATAGTGATGGAGCTTCTTCTGTCCAAGTTTATGCTAA...

CDS

下载 CDS FASTA

1926 bp · LXL04_018823|LXL04_018823|OH1004|CDS

ATGGATTCTACTGCACAAAATCGTGTGCACTCAATCAAGCTATGGCCTCCAAGCCAAAACACAAGGCAAGTACTTATAGACCGCATAATAAATAACCTCACAAGTCCTTCACTTTTATCCAGAAAATGCGGTATTTTAACCAAAGAAGAAGCAGAAGAAGAAGCTAAACGAATAGAATCTTTAGCTTTTGTTACTGCAAATCAACTCTTTGAAAAAGAACCAGATAGTGATGGAGCTTCTTCTGTCCAAGTTTATGCTAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

641 aa · LXL04_018823|LXL04_018823|OH1004|PROTEIN

MDSTAQNRVHSIKLWPPSQNTRQVLIDRIINNLTSPSLLSRKCGILTKEEAEEEAKRIESLAFVTANQLFEKEPDSDGASSVQVYAKESSTLMVETVKRGPKIKQEENQNQNQNESQSHHTYFDISGGDRAFLDAEKAQELLKPLQDPQNKFTKICFSNTSFGVDAARVAVPILTSVKHQLKEVNLSDFIAGRPEEEALEVMSMFSKALEGSNLRYLCLSNNALGEKGVRAFSELLSSQNTLEELFLINNGISEEAAKAV...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_018823`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_018823

位置 Chr04:18667888-18675569 (+)

描述 Similar to RANGAP1: RAN GTPase-activating protein 1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g63130`	用作核Ras相关调节蛋白Ran的GTP酶激活因子，将其转化为推测的不活跃GDP结合状态。	Plant RanGAPs are localized at the nuclear envelope in interphase and associated with microtubules in mitotic cells.2002 · DOI: 10.1046/j.1365-313x.2002.01324.x RanGAP1 is a continuous marker of the Arabidopsis cell division plane.2008 · DOI: 10.1073/pnas.0806157105
`At5g19320`	用作核Ras相关调节蛋白Ran的GTP酶激活因子，将其转化为推测的不活跃GDP结合状态。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_018823 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000911 cytokinesis by cell plate formation 生物过程

GO:0006606 protein import into nucleus 生物过程

GO:0006913 nucleocytoplasmic transport 生物过程

GO:0007165 signal transduction 生物过程

GO:0007249 canonical NF-kappaB signal transduction 生物过程

GO:0031396 regulation of protein ubiquitination 生物过程

GO:0032496 response to lipopolysaccharide 生物过程

GO:0032687 negative regulation of interferon-alpha production 生物过程

GO:0032688 negative regulation of interferon-beta production 生物过程

GO:0032691 negative regulation of interleukin-1 beta production 生物过程

GO:0032695 negative regulation of interleukin-12 production 生物过程

GO:0032715 negative regulation of interleukin-6 production 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G63130

ath:AT5G19320

mmu:268857

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.584

排名 1 · LXL04_018823 · OH-1004

细胞核0.500

排名 2 · LXL04_018823 · OH-1004

线粒体0.066

排名 3 · LXL04_018823 · OH-1004

细胞膜0.036

排名 4 · LXL04_018823 · OH-1004

内质网0.029

排名 5 · LXL04_018823 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13943.12WPP11-106 aa

PF27087.1LRR_TMOD-LMOD178-278 aa

PF29265.1LRR_CARMIL209-490 aa

PF29255.1LRR_NLRC3213-464 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_018823	`PF13943.12`	WPP	11	106	3.2e-32	111.8
LXL04_018823	`PF27087.1`	LRR_TMOD-LMOD	178	278	7.1e-12	45.9
LXL04_018823	`PF29265.1`	LRR_CARMIL	209	490	2.2e-19	70.2
LXL04_018823	`PF29255.1`	LRR_NLRC3	213	464	1.7e-34	119.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9LE82`	拟南芥	RAN GTPase-activating protein 1	61.554%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9M651`	拟南芥	RAN GTPase-activating protein 2	61.905%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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