LXL04_018790 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_018790

当前版本: OH-1004 染色体: Chr04 坐标: 18271295-18276208 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1707 bp · LXL04_018790|LXL04_018790|OH1004|cDNA

ATGGAGAATTATGAAATATTAGAGCAGATTGGAAAGGGCTCCTTTGCTTCTGCTTTACTTGTTAAGCATAAACGTGAAAAGAAAAAGTATGTATTGAAGAAAATTCGACTTGCAAGACAGTCTGATAGGACCCGTAAATCTGCACTCTTGGAGATGGACCTTATTTCCAAAGTGCAAAATCCTTTTATAGTCGAATACAAAGATTCATGGGTAGAAAAGGGTTGCTATGTGTGTATTATTATAGCCCATTGTGAAGGTGG...

CDS

下载 CDS FASTA

1707 bp · LXL04_018790|LXL04_018790|OH1004|CDS

ATGGAGAATTATGAAATATTAGAGCAGATTGGAAAGGGCTCCTTTGCTTCTGCTTTACTTGTTAAGCATAAACGTGAAAAGAAAAAGTATGTATTGAAGAAAATTCGACTTGCAAGACAGTCTGATAGGACCCGTAAATCTGCACTCTTGGAGATGGACCTTATTTCCAAAGTGCAAAATCCTTTTATAGTCGAATACAAAGATTCATGGGTAGAAAAGGGTTGCTATGTGTGTATTATTATAGCCCATTGTGAAGGTGG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

568 aa · LXL04_018790|LXL04_018790|OH1004|PROTEIN

MENYEILEQIGKGSFASALLVKHKREKKKYVLKKIRLARQSDRTRKSALLEMDLISKVQNPFIVEYKDSWVEKGCYVCIIIAHCEGGDMTEAIKRANGTHFSEEKLCKWLVQLLVALDYLHVNHILHRDVKCSNIFLTRDQEIRLGDFGLAKMLTSDDLASSVVGTPSYMCPELLADIPYGSKSDIWSLGCCIYEMMAFKPAFKAFDMQALINKINKCIVAPLPTMYSGAFRGLVKSMLRKNPETRPNAADLLKHSHLQP...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_018790`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_018790

位置 Chr04:18271295-18276208 (-)

描述 Similar to NEK2: Serine/threonine-protein kinase Nek2

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g04810`	可能参与植物发育过程。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os12g0604700`	可能参与植物发育过程。	暂无已核实直接文献
`UniProt: A2ZMH2`	可能参与植物发育过程。	暂无已核实直接文献
`Os03g0636800`	可能参与植物发育过程。	暂无已核实直接文献
`Os07g0176600`	可能参与植物发育过程（可能）。	Cytoplasmic male sterility-related protein kinase, OsNek3, is regulated downstream of mitochondrial protein phosphatase 2C, DCW11.2009 · DOI: 10.1093/pcp/pcp026

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_018790 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0004674 protein serine/threonine kinase activity 分子功能

GO:0005524 ATP binding 分子功能

GO:0106310 protein serine kinase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G04810

dosa:Os03g0636800

dosa:Os07g0176600

dosa:Os12g0604700

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.707

排名 1 · LXL04_018790 · OH-1004

细胞核0.266

排名 2 · LXL04_018790 · OH-1004

细胞膜0.092

排名 3 · LXL04_018790 · OH-1004

高尔基体0.045

排名 4 · LXL04_018790 · OH-1004

溶酶体／液泡0.042

排名 5 · LXL04_018790 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00069.32Pkinase4-257 aa

PF07714.24PK_Tyr_Ser-Thr6-254 aa

PF14531.13Kinase-like89-246 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_018790	`PF00069.32`	Pkinase	4	257	5.6e-62	210.2
LXL04_018790	`PF07714.24`	PK_Tyr_Ser-Thr	6	254	3.9e-36	125.4
LXL04_018790	`PF14531.13`	Kinase-like	89	246	6e-06	26.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9CAU7`	拟南芥	Serine/threonine-protein kinase Nek2	54.173%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q2QMH1`	水稻	Serine/threonine-protein kinase Nek2	57.380%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`A2ZMH2`	水稻	Serine/threonine-protein kinase Nek2	57.380%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q10GB1`	水稻	Serine/threonine-protein kinase Nek1	57.492%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q6ZEZ5`	水稻	Serine/threonine-protein kinase Nek3	54.125%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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